其能。世祖急于富国，试以事，颇有成绩。又见其与丞相线真、史天泽争论，屡为所诎，由是奇其才，授以政柄，言无不从，阿合马遂专复益甚。丞相安童言于帝曰：“臣近言尚书省、枢密院、御史台，宜各循常制奏事，其大者从臣等议定奏闻，已奉命俞允。今尚书省一切以闻，似违前奏。”帝曰：“汝所言是。岂阿合马以朕信用，敢如是耶！不与卿等议非是，宜如卿言。”安童又言：“阿合马所用者，左丞许衡以为多非其人，然已奉命咨请宣付，如不与，恐异日有辞。宜试其能否，久当自见。”帝然之，五月，尚书奏括天下户口，既而御史台言：“所在捕蝗，百姓劳扰，括户事宜少缓。”遂止。
初立尚收省，时凡铨选各官，吏部拟定资品，呈尚书省，由尚书咨中书闻奏。至是，阿合马用私人，不由部拟，亦不咨中书。丞相安童以为言，帝问阿合马。对比：“事无大小，皆委之臣，所用之人，臣宜自择。”安童因请：“自今惟重刑及迁上路总管，属中书，余并付尚书省，庶事体明白。”帝从之。
八年三月，尚书省再以阅实户口事，奏条画诏谕天下。是岁，增太原盐课，以千锭为常额，仍令本路兼领。九年，并尚书入中书省，又以阿合马为中书平章政事。明年，以其子忽辛为大都路总管，兼大兴府尹。安童见阿合马擅权日甚，乃奏都总管以下多不称职，乞选人代之。又奏：“阿会马挟宰相权为商贾，以纲天下大利，民困无所诉。”阿合马曰：“谁为此言？臣等与廷辩。”安童进曰：“左司都事周祥，中木取利，罪状明白。”帝曰：“若此者，征毕当显黜之。”既而枢密院奏以忽辛同签枢密院事，帝不允曰：“彼贾胡，不可以机务责之。”
十二年，伯颜伐宋，既渡江，捷报日至。帝命阿合马、姚枢、徒单公履、张文谦、陈汉归、杨诚等议行盐、钞法于江南，及鬻药材事。阿合马奏：“枢云‘江南交会不行，必致小民失所。’公履云：‘伯颜尝榜谕交会不换，今亟行之，失信于民。’文谦谡：“可行与否，当询伯颜。’汉归及诚皆言：“以中统钞易交会，事便可行。’帝曰：“枢与公履，不识时机。朕尝以此问陈岩，岩亦以交会速宜更换。今议之定，当依汝言行之。”阿合马又奏：“北盐、药材，枢与公履皆言可使百姓从便贩鬻。臣等谓此事若小民为之，恐紊乱不一。拟于南京、卫辉等路，括药材，蔡州发盐十二万斤，禁诸人私相贸易。”帝从之。
十三年，阿合马奏：“军兴之后，减免征税，又罢转运司官，令各路总管府兼领课程，以致国用不足。臣以为莫若验户口之多寡，远以就近，立都转运司，量增旧额，选廉干官分理其事。广行鼓铸，官为局卖，仍禁诸人毋私造铜器。如此，则民力不屈，而国用充矣。”乃奏立诸路转运司，尽以其私人为使。
十五年正月，帝以西京饥，发粟万石赈之。又谕阿合马宜广贮积，备缺乏。阿合马奏：“自今御史台非白省，毋擅召仓库吏，毋究钱谷数。及集议中书不至者，罪之。”俱报可。四月，江淮行省中书左丞崔斌入观，奏曰：“先以江南官冗，委任非人，命阿里等前往察汰。今蔽不以闻，是为罔上。杭州地大，委寄非轻，阿合马溺于私爱，以不肖子抹剌虎充达鲁花赤，佩虎符，此岂量才授任之道。”又道：“阿合马先自陈乞免其子弟之任，今身为平章，而子若侄或为行省参政，或为礼部尚书、将作院达鲁花赤、领会同馆，一门悉处津要，自背前言，无以示天下。”诏并罢之，然终不以为是阿合马罪。
帝尝谓淮西宣慰使昂吉尔曰：“宰相者，明天道，察地理，尽人事，兼此三者，乃为称职。阿里海牙、麦术丁等，亦未可为相，回人中阿合马才任宰相。”其为帝倚重如此。
十六年四月，中书奏立江西榷茶运司，以卢世荣为使，又以诸路转运盐使司秩尊禄重，改宣课提举司。未几，以忽辛为潭州行省中书右丞。明年，中书省奏：“阿塔海、阿里言，今立宣课提举司，官吏至五百余员。左丞陈岩、范文虎等言其扰民，且侵盗官钱，乞罢之。”阿合马奏言：“立提举司未三月而请罢，必行省有奸弊，故先发制人。”乃诏御史台遣能臣往案其事，具以实闻。
未几，崔斌迁江淮行省右丞，阿合马修旧怨，乃奏理算江淮钱谷，遣孛罗罕、刘思愈等往检覆之，诬构斌与平章阿里伯盗官粮四十万，擅易命官八百余员，及铸铜印等事，二人竟坐诛。
阿合马在位日久，援引奸党郝祯、耿仁，聚升同列，罔上剥下以济其私。庶民有美田宅，辄攘为已有。内通货赂，外以威劫，群臣人人切齿恨之。皇太子尤恶阿合马，尝以弓击其颊。阿合马创甚，口张不能阖，奏于帝，为马蹴伤。皇太子适至，面诘其欺。又尝于帝前殴之，帝不问。
十九年三月，帝在上都，皇太子从。有益都千户王著者，素任侠，因人心愤怨，密铸大铜锤，誓碎阿合马首。与妖僧高和尚合谋，以戊寅日，诈称皇太子还都作佛事，结八十余人，夜入京城。旦遣二僧诣中书省，令市斋物，省中疑而讯之，不伏。及午，著又遣崔总理矫传令旨，使枢