人赴救，亦被擒。唯钱芹微服脱去，许忠等搜寻不获，遂将公与贞木解至阙下。燕王叱公曰：“若一郡守，竟敢举兵抗朕么？”姚公善发尽冲冠，厉声应曰：“我生不能斩汝之首，死当为厉鬼戮汝之魄！”燕王震怒，命断其舌，剜其心，抽其筋，碎剐而死，并屠戮全家。
俞贞木亦以死殉。时钱芹返在金陵，潜收公与贞木之骸骨，不知所之。姚公有友黄钺，曾为给事中，誓同许国，闻公殉难，乃登参川桥，酹酒恸哭，西向再拜曰：“我忍独生，背君负友乎！”遂跃入水。时家人俱已窜伏，公友杨福，日夜泣于桥侧，捞尸不得。越数日，公尸忽自出，端立水中，福以礼葬之，弃家逃去。
又乐平县尹张彦方兴起义师，与燕兵战败自刎，燕王令暴尸于谯楼。大暑经旬，肌容润泽如生，无一蝇蚋来集，父老窃尸葬之。燕王按户抄捉，多自尽于彦方墓前乃止。袁州太守杨任暗募勇士，谋求旧君以图大举，未发而事泄，被同僚擒送至京，磔于市曹。子礼益枭斩，并夷全族，亲戚庄毅衍等百余家，皆戍边徼。徽州府太守陈彦回、松江府同知周继瑜，各募义勇，合兵进讨，被燕将朱能、丘福等生擒以去，皆凌迟处死，抄洗全家。陈公之妻屠氏，发入教坊。蓟州镇抚司曾氵睿起兵讨燕，为部下所杀，献首于燕。又有宁波府太守王琎募兵勤王，渡江至临安，为守将邀截混战，不克而遁。
燕王见人心不服，乃谋于道衍曰：“京中大势虽定，其奈草野兴兵反乱者甚多，恐为患不小，须豫以制之，计将安出？”
道衍即取笔在砚上，疾书百来个“杀”字，说：“草野怕他恁么？只这建文的人拿一个，杀一个，凡其子若孙，皆永远禁锢，则无倡首之人，更有何患？”燕王深善其言，严行各省郡县，凡在建文时做过官者，每月朔日按名查点，不许离家出外，子孙亦不许应举出仕。又先经挂冠遁去者，内外官员计五百四十余人，饬令所在有司，搜拿家口，并悬赏格，召人首告，有藏匿者以谋叛论，知情不举者一体坐罪。
有户部侍郎郭任，设建文帝位于家，朔望朝贺，曰：“君在，臣未敢死也。”为有司侦知，密奏燕王。立发缇骑拿解，与长子经对面受刑，少子金山保拷掠下狱，三女皆发教坊。又大理寺丞刘端、刑部郎中王高，早同弃官，访求乘舆所在，为人出首被获。燕王曰：“汝等潜逃，意欲何为？”端与高齐应曰：“存其身以讨贼。”燕王令割下二人鼻子，笑曰：“如此面目，还成人否？”端、高齐骂曰：“我犹有面目，即死可见高皇帝。汝反贼有何面目见人耶？”燕王惭忿之极，令割其舌，剜其眼而杀之，并将二公妻子发配边塞。诚意伯刘公之子，长名璟，次名璿，挂冠家居，燕王罪以逃叛，逮至京师。璟抗言曰：“造反者是殿下，怎说我等逃叛？”燕王怒曰：“若不看汝父元勋之面，立行斩首，且下锦衣卫狱定罪。”弟兄相谓曰：“我与汝岂可向逆贼案下，对簿求生耶？”于是争欲自杀，苦五金刃。璿曰：“汝为长子，才智超群，可以继武先人之遗烈，且有老母，宜延性命。弟无能，唯有殉国也。”是夜，辫发自经而死。宗人府经历宋徵，在建文时已谢官归里，因尝上疏请削有罪宗藩属籍以防祸衅，为怨家举出，械至阙下。燕王责问：“汝疏也有用否？”徵对曰：“今汝已反，我言已验，千古流传，怎说无用？”燕王令碎剐之，并毁其疏，灭其宗族。辽府长史程通，曾上防御燕兵诸策，为卫士纪纲首告，械通拷死，全家皆戍辽阳。宁国府知府黄希范，传闻建文驾崩，遂素服不治事，悲恸竟日，解组而去，亦被人讦告到官，解至京师。燕王杀之，并抄其家。北平佥事汤宗，曾奏廉使陈瑛为燕心膂，建文帝因谪瑛广西。燕王即位，召瑛为副都御史，逮宗至，下狱论死。候补知府叶仲惠，私修建文帝实录，斥靖难师为逆党，亦论死，并毁其史，戍其家口。
又穷搜方孝孺之党，如监察御史王度与郑公智，常有孝孺往来书札及誓死社稷之盟，坐罪边戍。而二公大骂“无父无君之贼？，皆枭首于市，并至赤族。刑部侍郎胡子昭，坐方党受戮，临刑朗吟曰：”两间正气归泉壤，一点丹心在帝乡。“其弟佥事子义，挈兄之子与己之子，逃于西川，蜀献王怜而匿之，得免于难。太常少卿卢原质，少从方孝孺游，名重于世，燕王初欲召用之。公曰：”乱贼慎毋污我。“遂被害，全家受戮。公之乡人教授刘政，闻卢公殉节，亦不食而卒。又镇抚司牛景先，素交于方、卢二公，后从帝出亡，无处缉拿，乃执景先之妻妾，俱发教坊。
燕王又憾贵戚中多不附己者，先召徐魏公辉祖，公不受诏。
徐妃亲至其第，亦闭门不纳。遂捕下廷尉，必欲杀之，究以妃言，止于削爵。公终其身谨守臣节，常曰：“我未殉国，有遗恨也。”梅驸马名殷，尚太祖之女长公主，与魏公同受顾命，建文帝令守淮安，已募得新卒数万。燕王倩公主啮指血作书，召令还朝。陈瑛密告驸马私匿女秀才刘氏，行巫蛊诅咒之术。
未几，有都督谭琚指挥赵曦，刺死梅驸马于笪桥之下。公主恸哭不止，王令法司勘问，二人直对曰：“此奉上密旨，非我等敢于行刺。”燕王羞赧无措，立令武士以