，驻金积堡；增灵武营参将一。五月，复河州，分起安插续抚陕回于平凉、会宁、静宁、隆德、安定等处。六月，搜捕零匪净尽，甘南肃清。七月，宗棠进驻兰州。八月，刘锦棠进规西宁，迭破白彦虎等。十月，复西宁。
十二年正月，克向阳堡回巢。二月，复大通，崔伟、禹得彦等就抚，分起安插平凉、秦安、清水等处；陈湜复巴燕、戎格、西宁，逆首马桂源等伏诛。三月，白彦虎窜肃州，为徐占彪所败，狂窜出关。四月，陈湜复循化、撒拉，叛回平。六月，请升固原州为直隶州，仍归平庆泾道辖；增州判一，驻硝河城。下马关设知县、训导、典史各一，同心城设巡检一，归新设知县辖。裁平凉府盐茶同知，改设知县一，增训导一；改原设照磨为典史，打拉城增县丞一。下马关新设县名平远，盐茶厅改设县名海城，俱归固原直隶州辖。七月，宗棠赴肃州督剿。时徐占彪由甘州高台转战抵肃，尽平城外堡垒，破其外城。九月，复肃州，逆酋马四等伏诛；关内肃清。自是，甘、凉、安、肃一带二千余里无回族聚处。捷闻，谕曰：『陕甘逆回扰乱十有余年，势极狓猖；自简任左宗棠总督陕甘，数年以来；不辞艰苦，次第剿除。此次亲临前敌，督饬将士克复坚城，关内一律肃清；朕心实深嘉悦。自应特沛殊恩，用昭懋赏。左宗棠着以陕甘总督，协办大学士。该大臣前赏给骑都尉世职，着改为一等轻车都尉世职』。寻以关外回匪窜扰，派兵西进；命宗棠督办出关粮饷转运一切事宜。十月，覆陈金顺一军整顿需时，请派张曜十二营、副都统额尔庆额马队出关，并户部堂官总司关外转运粮台。奉旨：『转运采买，非得地方大吏办理，呼应不灵。该大臣素顾大局，朕所倚畀；不必再派部院大员；以期事权归一。并命将兵事、饷事统筹全局，详细奏闻』。十二月，奏言：『由肃州出嘉峪而西，本汉、唐师行大道。安西、玉门、敦煌近遭白逆扰掠一空，然使关内之粮足供裹带、车驮驼只足供周转，出关之兵何惮不进。安西抵哈密，计程十一站，千里而遥；经由戈壁，无台站、无水草，沙砾纵横，人马每多困踬。中间仅安西城北四站马莲井支帐小憩，以备汲饮，未可久留；过此七站抵哈密，为缠头回族聚居之所。军兴以来，音耗阔绝；近被白逆窜扰，是否有粮采买，更无从知。臣前在肃与诸军集议，分起次第行走，必先将甘、凉采买种料运存肃州，又由肃州出关运至玉门，然后头起开拔至玉门；又用其私驼转般玉门存粮赴安西，腾出官驮、官车转运第二起军粮。而后第二起继进，余军仿照办理。比抵安西州作一停顿，又裹粮进哈密。如此层递衔接，人畜之力稍舒，士气常新，可免意外之虑。至由哈密前进粮运事宜，断非臣力所及。自古至今，未有运凉、甘、肃之粮济哈密以西军食者。金顺等至安西州般齐粮料，必一面遣人赴哈密，询访就近堪资采买者若干？以定进止。如有可设措，不须转般安西存粮，以节劳费。张曜进哈密，即藉资其粮。时距麦熟之期亦当不远，后此续进之军相时而动，自可不误师期』。又奏：『甘、凉、肃素称腴地自诸军戡定河湟，甘凉道路渐清；农安耕获，幸获中稔。两年探买，集有成数：通计凉、甘、肃三郡订买市斗军粮十六万三千余石（石重三百余斤），给银四两，以供金、张、额三军食用及运粮车驮驼只。算至明年六月新熟，尚短粮料市斗二万余石；拟括额征本色及各标营季粮，陆续填补。凉州至安西千四百余里，路多沙石，转运宜驼，臣派弁出口采驼三千；暂以重价雇用民车，调集各营官赢，先后起运。通计粮百斤，需银十一两七钱内外。劳费如此，若不筹撙节，动言用众，恐官军之饷运不继，糈台之储峙早空。不但后时不能保此不竭之源，即目前出关之师亦忧饥溃。自古关塞用兵，在精不在多；承平无事，官私充足时，尚不能用众，矧祸乱十年，人物雕残、财用匮绝之日乎？臣在肃时，汰疲乏冗杂以求精，资遣伤残成废弁丁以省累。察张曜一军锐气方新，作为头起；金顺一军次之，额尔庆额又次之；宋庆一军整理需时，俟明年秋后继发。并拟于所部整锐足恃诸军内精选数营，届时慎择统将率之同行。如天之福，甘、凉、安。肃明岁丰稔，西师饱腾，再分起层递而前，如行衽席；庶边塞肃清，可操全算』。上嘉纳之。
十三年正月，请甘肃省城添建贡院，与陕西分闱乡试；并分设学政。二月，奏改甘肃茶务；略言：『国家按引收课，东南惟盐、西北惟茶。盐可改票，茶何不可？前拟仿淮盐之例，以票代引；官商尚形裹足。应改拟商贩并招，正课照定例征收、杂课并归厘税项下征收；商贩领票，先纳正课。并添设南柜，招徕湖茶；其无票私茶，设卡盘验，令补领官票』。均下部议，如所请行。七月，授大学士，仍留陕甘总督任。八月，补东阁大学士。十一月，河州抚回闵殿臣复叛，檄刘锦棠讨平之。
光绪元年三月，命以钦差大臣督办新疆军务。六月，宗棠奏陈筹划情形；略云：『北路归化、包头至射台、大巴一带十数站，大巴至巴里坤十六站，产粮之处甚多，雇驼价亦平减。北局设于归化，分局设于包头；已运四十余万斤至巴里坤，每百斤合银八两内外。宁夏采运，雇驼数百，由察