诸叛复拥振为主，出库仗火器，列置陴，婴城拒命。日劫掠诸富家，搜杀诸定变有功者，一言不相入及素睚眦者，咸灭族矣。后永攻南关，破之，杀戮亦众，然皆愚痴守里不去者。永乃为长围守之。天既寒冻，官兵皲疲，贼乘间突战，数不利。初官兵始至也，辽东兵乘胜入其南城门，以永未至，令未下驰而出，至是咸惜之。十一月，朱振既主军事，上言乞救叛者请斩首恶以献，缚乞丐者十余人以至。源清乃檄召振计事。先是诸叛遣人赍金帛使北虏，逻徼获其二人，源清簿讯之。具得振受诸叛拥立，及为规画城守拒命使为已请节钺诸奸谋，振不知也。及至，源清诘之，不服，出逻获者证之。振震惧，是夜饮药死。
十三年春正月，叛兵以北虏入寇。初，诸叛使人以金币啖北虏，有邢通事者，素盗马徼外，颇知虏驻牧所，率数人往。虏初疑之，既而知戕总兵是实。虏酋吉囊、黄台吉、青台吉等以五万骑至。宫军坚壁不敢战，而饷道断绝。源清兵驻聚落堡，与虏角不利。永屯城南，不能相援也。中外大震。诸叛以虏使十数人入城，指代王官示之曰：“此与汝王子居。”虏使咬指称死，扣头去。诸叛欲尽纳虏入城。城中人不听，乃止。已而虏自解去。或曰有陕西游击某者，潜出塞袭其辎重，虏闻之乃退。
尝论十三年之役有三失焉：主兵不睦；几断不早；进攻太逼也。夫二卿相恶，楚师以败；将相交欢，汉祚斯安。源清号称忠正，而遇事颇疏；永则阴险贪婪之资，而济之以弥缝钻剌之奸者也。二人共事，同执兵权。则举动何能无掣肘，臂指何能悉如意乎？且永曾建节上谷矣，源清两疏论罢之，则相为猜忌也深矣。夫以阴险贪婪之人而重之以夙昔猜嫌之深，此其人能如李临淮、范文正忻然相得戮力平贼也邪！是故羽檄甫驰于诸道，而科索已闻于四境，校佐未谒其牙纛，而贽货已满其私囊。殆夫进兵无谋，辽阳尽锐而无继，驭军失律。南关纵戮以邀功，则源清已不能制永。而付之浩叹矣！古曰将帅不睦，其兵可禽，此之谓也。裴度平蔡，惟断乃成；亚夫制楚，从天而下。方大同之初变也，建议盈庭，莫能适主。然究其指归，不过二端：曰抚，曰剿而已。乃若抚矣，而首恶之诛必严剿矣，而胁从之罪宜宥，则适中之说也。夫蔡天者，世所谓应变之才，大同人深信而诚服之者也。使决于抚矣，则天可用也。匹马叩关，无不解甲，首恶可以渐禽，余党可使解散，盖不特免朱振之纷扰，缚乞丐以希恩，亦且无聚落之仓皇，挟腥膻以危众也。又大同一城生齿甚庶，爨薪食米仰给他方，神器火药发自内帑，居常推挽输之辙结毂系尚且不支，而绝源俟涸，断哺待饥，彼鸟能与我持久邪。况初变之时，人心摇抗，事势未一，首恶未敢讼言以主谋，肋从未至一心以效力。盖闻十日之外，且犹未断行旅，亲藩宗室相继逊奔，诸司吏长往返省视，使决于剿矣，则间可用也，或募人入城以烧其仓廪，或购中伺便以焚其戎揣，刻日齐发，百炬并热，比其戒严，灰烬遍矣。而众论纷舛以莫定，主者观望以徘徊，则虽源清辈亦莫有一定之见，而况其他乎！古曰当断不断，反受其乱，此之谓也。又用兵之道，量敌而后进，虑胜而后战，胜于战先，谋于事始。夫大同为西北之极徼，自韩信、陈倚外援以中陵，卢绾、卢芳视穷荒为逋薮，不待今日始知之也。彼变一闻，则我备宜预。连精骑于塞下，而重募逻徼之人，申守备于三关，而大严出入之禁。夫大同之边有限，通虏之使微行，付心膂于忠诚，重恩赏于捕获，彼岂能飞越邪！外备既严，内间用命，徐以偏师壁其四面，去城二三十里不必造郊，连营十四五屯不必合网，巡哨则骑兵递相往来，设伏则步卒互为耳目。夫锡腊沟之炭不入则爨釜不鸣，诸城堡之米不继则枵腹莫赈，军器火药焚于内，楼橹阵毁于外，然后县格军门，射书城上，束手者皆为良民，斩级者必书上绩，严首恶则询访必实，谨根蔓则缉捕必尽，名姓有定稽，形貌有定识。逮夫凶恶尽诛，然后恩宥大布。诸军解严以旋镇，抚臣建节而入城。除彼苛烦，与之更始，已前之事置不复言。斯或抚剿之中庸，恩威之极致也。而乃议未成谋，备未周险，仓卒配发，轻用大众。五六万骑顿之坚城，欲战不能，欲攻不克。夫未有陷坚之议也，而云梯冲车罗列于阵前；未有悉屠之说电，而婴孩白首横戮于南郭。坚肋从之心，实狂之口，卒之虏骑再南，人情忄匈惧，举天下精兵几尽歼于一旦，所失岂细故邪！古曰“急而走险，将失厥鹿”，此之谓也。
辽东巡抚吕经委指挥武勋、经历郝人英审编定辽左等二十五卫均徭。武勋妄将老幼一概编役，又将原帮壮丁拨出徵银。吕经又听广宁中军都指挥袁、刘尚德修筑城墙，栽柳种田，不得休息，月粮失期，众军怨愤。有左所马军赵憨儿倡乱，众军拥入都察院喊叫，先将刘尚德捉打。吕经越墙走苑马寺避之。憨儿等遂放火劫狱，将肃清等九门关闭，仍在狱中劫出高大恩。寻至苑马寺围经采打，抬送都司霸住。时巡按御史曾铣在栾古驿，闻变即趋辽阳。出示晓渝本城军人等各安生业，毋得惊疑，各官旗依旧操防，及将经所行不便事件尽行除革。憨儿等听信散讫，铣疏参经激变，乞为罢黜，另