氏谗杀护良亲王。初，拜护良为将军，后囚之廉，令足利直义监守，直义遂杀之。尊氏益凶行无忌，自移兵开府镰仓，诬奏新田义贞。义贞奏辨，且暴尊氏八大罪，有诏夺官爵，尊氏遂举兵反。北条高时子时行招余党攻镰仓，尊氏击时行，走之。诏促班师，不听，自称征夷大将军关东管领，移书西道诸国发兵，以讨新田氏为名。楠正成等战死，尊氏人京，帝逃睿山。尊氏立丰仁亲王为帝，建号改元，是为北朝光明帝。足利氏拥立光明帝，初阳尊之，及南军屡败，大得其志，不复禀敬。肆割膏腴以赏功臣，或至夺公卿食邑，虽供御阙乏不问。有将吏途遇光严上皇，不下，前驱呵之日："院也!"日："院耶？犬耶？犬则我射之。"令环射乘舆，折轭截辐而去。足利氏论其罪，武人相谓曰："院且下之，苟遇将军，不将膝行乎？"帝之立也，民间又相语日： "王并无一战功，将军何赐之，天予也。"尊氏佯请降，诱还后醍醐帝，幽之。幽帝于花山院，尊氏迫请传器于新主，以伪器授之。寻潜逃于吉野。诸军勤王者皆败，义贞战死，两皇子亦见弑，后醍醐仅保吉野，对北朝而称南朝。后人以神器在南，尊为正统。后醍醐在位二十一年，改元八：曰元应，曰元亨，日正中，日嘉历，日元德，日元宏，曰建武，曰延元。崩于吉野。第八子义良立，是为后村上天皇。母新待贤门院藤原氏。即位之兴国元年庚辰，北朝光明帝历应三年也。越九年，光明帝禅位于从子兴仁，为崇光帝。又三年，尊氏因内乱，令子义诠佯降于南朝，将纾南兵而专事东海。南朝许之，义诠遂废崇光帝，奉南朝年号。后村上帝密令诸路兵讨尊氏，收复京师，收废帝、废太子及光严、光明二上皇，送吉野幽之。义诠复败南兵，取京师，立弥仁亲王，是为后光严帝。众议无神器不可践祚，关白藤原良基曰："尊氏，剑也；良基，玺也。何不可!"遂立之。南朝还所幽诸帝。南北两军厥后互有胜败，所争皆在京师，臣子亦各叛服不常。尊氏死，义诠为将军，义诠死，子义满为将军。后村上帝迭与北军战，有宗良亲王、源亲房、楠正行、新田义兴等辅之，屡擐甲御马，控御劲敌。在位三十年改元二：日兴国，日正平。崩，子宽成立，是为长庆天皇。母氏不详。即位之年戊申，北朝后光严帝应安元年也。越四年，后光严禅位于太子绪仁，为后圆融帝。斯时北军益强。长庆在位五年，改元二：日建德，曰文中。禅位于弟熙成，是为后龟山天皇。母嘉吉门院某氏。越十年，北朝帝禅位于太子干仁，为后小松帝。于时南朝地尽失，独吉野属行宫，新田氏子孙先败灭，寻楠氏、菊池氏亦亡全族。遂议和，从义满请，授神器于后小松帝。义满来请和曰："驾还、授器，则两统更立如故事。"许之。元中元年十月，车驾发行宫，群臣以戎服从，至京，义满欲用来降礼，帝曰："朕欲用父子礼相授，否则以神器毙，安肯屈臣下以辱祖宗乎？"或谓义满曰："神器在彼，彼即真主，不可违也。"称后龟山为太上皇，后龟山在位二十年。改元三，曰天授、日宏和、曰元中。南朝为龟山统，凡四世。北朝为后深草统，凡六世。至是成和，义满仍请两统更立。自后醍醐即位之元年至壬申一统，凡七十四年。自北朝光严帝即位之元年至壬申一统，凡六十一年。两统之议，定于北条贞时，遂授后世奸人取富贵之柄。然南朝土地甲兵，不及北朝什之一，卒能相持数十年者，赖楠氏、新田氏数家孙子相继以忠义号召人心，故能屡扑屡起，定于一尊，非独神器有在为然也。
后小松天皇讳干仁，后伏见玄孙，母通阳门院藤原氏。帝于北朝者凡十年，受神器于后龟山帝，嗣位。征夷大将军足利义满自为太政大臣，朝议以平相国以还，武家无升此官者。义满怒日："天子，我家所立，而不我听，则废而自立，以细川、岛山二臣为摄家，谁能禁我者!"遂许之。寻辞任，请以其子义持袭职，削发称道义，宫室、舆服皆奢僭，义满营别业于北山，起金阁徙居之，称北山殿；又造一殿于禁内，称小御所。每进朝，公卿皆下阶拜跪，尝游睿山，拟上皇行幸仪。遣使称臣于明，受太宗皇帝封为日本王。及薨，诏赠太上皇号。帝在位十九年，在北朝时改元四，南北合一后改元一，日应永。禅位于太子实仁，是为称光天皇。母光范门院藤原氏。始背更立之约，南朝遣臣请如约，立后龟山帝之子，不听。于是南朝余孽所在起兵，寻皆平。镰仓管领足利持氏，为其执事上杉氏宪所逐，义持援持氏，攻上杉。义持辞职，诏以其子义量袭，自削发称道诠，既义量卒，义持再视事，寻薨，义教袭职。帝在位十六年崩，初袭用应永年号，改元一，日正长。后花园天皇讳彦仁，后伏见五世孙，北朝崇光曾孙，父贞成亲王，母敷政门院源氏。年十岁即位。义教遣使贡于明，明宣宗皇帝赐之永乐钱三十万绝，自后称臣奉正朔，世以为常。足利持氏、结城氏朝皆以攻镰仓执事上杉氏作乱伏诛。赤松满袼弑将军义教，亦伏诛。子义胜袭职，薨，弟义政为将军。南朝旧臣常拥龟山裔为乱，至入禁内夺神器。帝之立也，后龟山皇子以不得立，怒奔伊势，或奉之起兵，足利氏击平之，置之嵯峨。将军义教之弟义照与之善，时关东兵乱，劝其乘时举事，事觉，杀义照。至是藤