一员、把总一员、兵一百五十名、战船三只、炮架八座。
一、分防内海盐水港汛把总一员、兵一百二十名。
一、分防外海蚊港汛兼辖外海北门屿、马沙沟、青鲲身等汛千总一员、兵九十五名、战船二只、炮台四座、烟炖六座。
一、分防外海大港汛兼辖外海鲲身头、蛲港等汛把总一员、兵六十名、战船一只、炮台三座、烟墩五座。
一、拨随副将出洋总巡兵九十名、战船二只。
一、分巡鹿耳门外中路洋面游击一员、兵一百六十名、战船四只。
一、贴防北路营半线汛兵五十名。
左营：游击一员、守备一员、千总二员（内一员，雍正十一年添设）、把总三员（内一员，十一年添设）、步战守兵八百名（内地按班拨戍，饷有定额）、战船一十八只（定一、定二、定三、定四、定五、定六、定九、定十、定十一、定十二、定十三、定十四、定十五、定十六、定十七、定十八、波五、波六）、炮架八座、炮台七座、烟墩十一座。
一、驻防安平镇汛游击一员、千总一员、兵一百名、战船六只。
一、随防安平镇城兵七十名。
一、分防内海安平镇汛兼辖内海水城海口千总一员、兵一百三十名、战船七只。
一、分防内海笨港汛守备一员、把总一员、兵二百三十名、战船三只、炮台一座、烟墩一座。
一、拨防内海猴树港汛并海丰港炮台兵十名、炮台一座、烟墩一座。
一、分防内海三林港汛兼辖三林港炮台把总一员、兵五十名、战船一只、炮台一座、烟墩一座。
一、分防内海鹿仔港汛兼辖鹿仔港炮台把总一员、兵九十名、战船二只、炮台一座、烟墩一座。
一、拨随副将出洋总巡游击一员、兵四十名、战船一只。
一、拨巡本汛洋面兵一百八十名、战船四只。
右营：游击一员、守备一员、千总二员、把总三员（内一员，雍正十一年添设）、步战守兵八百五十名（内地按班拨戍，饷有定额）、战船一十九只（澄一、澄二、澄三、澄四、澄五、澄六、澄七、澄八、澄九、澄十、澄十一、澄十二、澄十三、澄十四、澄十五、澄十六、澄十七、澄十八、波八）、炮架七座、炮台五座、烟墩二十一座。
一、驻防安平镇汛游击一员、千总一员、兵一百名、战船六只。
一、随防安平镇城把总一员、兵七十名。
一、轮防内海鹿耳门汛把总一员、兵一百五十名、战船三只、炮架七座。
一、分防外海打狗汛兼辖岐后、万丹、西溪、东港、淡水港、茄藤港、放■〈纟索〉、大昆麓等汛把总一员、兵一百三十名、战船二只、炮台五座、烟墩十一座。
一、分防打狗、岐后、西溪、东港、淡水港汛洋面千总一员、兵一百二十名、战船三只。
一、拨随本标左营游击出洋总巡兵五十名、战船一只。
一、分巡本汛洋面守备一员、兵一百八十名、战船四只。
一、贴防北路营半线汛兵五十名。
澎湖水师协镇标左、右二营：副将一员，驻札澎湖。
左营：游击一员、守备一员、千总二员、把总四员、步战守兵一千名（内地按班拨戍，饷有定额）、战船一十八只（绥一、绥二、绥三、绥四、绥五、绥六、绥七、绥八、绥九、绥十、绥十一、绥十二、绥十三、绥十四、绥十五、绥十六、绥十七、绥十八）、炮台六座、烟墩六座：
一、驻防内海妈宫汛游击一员、千总一员、把总二员、兵二百二十七名、战船七只。
一、轮防妈宫澳、新城内海港口把总一员、兵二十八名。
一、拨防内海妈宫澳、新城、东港并港口兵七十八名、战船一只、炮台一座。
一、分防外海八罩汛兼辖外海八罩、挽门、水埯、将军澳等汛并将军澳炮台把总一员、兵二百八十四名、战船二只、炮台三座、烟墩三座。
一、分防外海莳里汛兼辖双头跨、风柜尾、文良港、■〈句上黾下〉黾港等汛千总一员、兵一百三十五名、战船二只、炮台二座、烟墩三座。
一、拨随副将出洋总巡兵一百一名、战船二只。
一、分巡八罩洋面守备一员、兵一百四十七名、战船四只。
右营：游击一员、守备一员、千总二员、把总四员、步战守兵一千名（内地按班拨戍，饷有定额）、战船一十八只（宁一、宁二、宁三、宁四、宁五、宁六、宁七、宁八、宁九、宁十、宁十一、宁十二、宁十三、宁十四、宁十五、宁十六、宁十七、宁十八）、炮台四座、烟墩六座：
一、驻防内海妈宫汛游击一员、千总一员、把总二员、兵三百三十三名、战船九只。
一、拨防妈祖澳、新城并内海新城、