防盐水港；以五百名，驻札淡水厅治；以五十名，分防中港；以一百名，分防后垄；以五十名，分防南嵌、淡水等汛）。
淡水营：都司一员（驻防淡水港）、千总一员（驻防淡水港）、把总二员（内一员，雍正十一年添设。一员分防炮台汛，兼辖港北、小鸡笼等塘；一员分防大鸡笼城，兼辖大鸡笼港、金包里塘），步战、守兵共五百名（内地按班拨戍。内以二百九十名，驻防淡水港；以五十名，分防炮台汛，兼辖港北、小鸡笼等塘；以一百六十名，分防大鸡笼城，兼辖大鸡笼港、金包里塘）。战般六只（淡水港四只；大鸡笼城二只；波一、波二、波三、波四、定七、定八）。
安平水师协标中、左、右三营：副将一员（驻札安平镇汛）。中营游击一员（分巡鹿耳门外中路洋面）、守备一员（轮防内海鹿耳门汛）、千总二员（内一员分防内海安平镇汛；一员分防外海蚊港汛，兼辖外海北门屿、马沙沟、青鲲身等汛）、把总四员（内一员分防内海安平镇汛；一员轮防内海安平鹿耳门汛，一员分防内海盐水港汛；一员分防外海大港汛，兼辖外海鲲身头、蛲港等汛），步战、守兵八百五十名（内地按班拨戍。以四十名，随防安平镇；以八十五名，分防内海安平镇汛；以一百五十名，轮防内海鹿耳门汛；以一百二十名，分防内海盐水港汛；以九十五名，分防外海蚊港汛，兼辖外海北门屿、马沙沟、青鲲身等汛；以六十名，分防外海大港汛，兼辖外海鲲身头、蛲港等汛；以九十名，拨随副将出洋总巡；以一百六十名，分巡鹿耳门外中路洋面；以五十名，贴防北路营半线汛）。战船一十九只（内海安平镇汛七只，鹿耳门汛三只，外海蚊港汛二只，大港汛一只，拨随副将出洋总巡二只，分巡鹿耳门外中路洋面四只；平一、平二、平三、平四、平五、平六、平七、平八、平九、平十、平十一、平十二、平十三平十四、平十五、平十六、平十七、平十八、波七）。炮架八座（鹿耳门汛）、炮台七座（外海蚊港汛四座、大港汛三座）、烟墩十一座（外海蚊港汛六座、大港汛五座）；左营游击一员（驻防安平镇汛）、守备一员（分防内海笨港汛）、千总二员（内一员，雍正十一年添设。一员驻防安平镇汛；一员分防内海安平镇汛，兼辖内海水域海口）、把总四员（内一员，十一年添设。一员分防内海笨港汛，一员分防内海三林港汛；一员分防内海鹿子港汛，兼辖鹿子港炮台），步战、守兵八百名（内地按班拨戍。内以一百名，驻防安平镇汛；以七十名，随防安平镇城；以一百三十名，分防内海安平镇汛，兼辖内海水域海口；以一百三十名，分防内海笨港汛；以十名，拨防内海猴树港汛并海丰港炮台；以五十名，分防内海三林港，兼辖三林港炮台；以九十名，分防内海鹿子港汛，兼辖鹿子港炮台；以四十名，拨随副将出洋总巡；以一百八十名，拨巡本汛洋面）。战船一十八只（安平镇汛七只，笨港汛三只，三林港汛一只，鹿子港汛二只，拨随副将出洋总巡一只，拨巡木汛洋面四只；定一、定二、定三、定四、定五、定六、定九、定十、定十一、定十二、定十三、定十四、定十五、定十六、定十七、定十八、波五、波六）、炮架八座（安平镇汛内有铜炮一座，伪郑所遗）、炮台七座（安平镇汛三座、笨港汛一座、海丰港汛一座、三林港一座、鹿子港一座）、烟墩十一座（安平镇汛七座、笨港汛一座、海丰港一座、三林港一座、鹿子港一座）；右营游击一员（驻防安平镇汛）、守备一员（分巡本汛洋面）、千总二员（一员驻防安平镇汛，一员分防打鼓、岐后、西溪、东港、淡水港汛洋面）、把总四员（内一员，雍正十一年添设。一员随防安平镇城，一员轮防鹿耳门汛；一员分防外海打鼓汛，兼辖岐后、万丹、西溪、东港、淡水港、茄藤港、放■〈纟索〉、大昆麓等汛），步战、守兵八百五十名（内地按班拨戍。内以一百名，驻防安平镇汛；以七十名，随防安平镇城；以一百五十名，轮防内海鹿耳门汛；以一百三十名，分防外海打鼓汛，兼辖岐后、万丹、西溪、东港、淡水港、茄藤港、放■〈纟索〉、大昆麓等汛；以一百二十名，分防打鼓、岐后、西溪、东港、淡水港汛洋面；以五十名，拨随本标左营游击出洋总巡；以一百八十名，分巡本汛海面；以五十名，贴防北路营半线汛）。战船一十九只（安平镇汛六只，鹿耳门汛三只，打鼓汛二只，分防打鼓、岐后、西溪、东港、淡水港汛洋面三只，拨随本标左营游击出洋总巡一只，分巡本汛洋面四只；澄一、澄二、澄三、澄四、澄五、澄六、澄七、澄八、澄九、澄十、澄十一、澄十二、澄十三、澄十四、澄十五、澄十六、澄十七、澄十八、波八）、炮架十四座（鹿耳门汛七座、安平镇汛七座）、炮台五座（打鼓汛）、烟墩二十一座（安平镇汛十座、打鼓汛十一座）。
澎湖水师协标左、右二营：副将一员（驻札澎湖）。左营游击一员（驻防内海妈宫汛）、守备一员（分巡八罩洋面）、千总二员（一员驻防妈宫汛；一员分防外海嵵里汛，兼辖双头跨、风柜尾、文良港、龟鼊港等汛）、把总四员（二员驻防妈宫汛，一员轮防妈宫澳、新城内海港口；一员分防外海八罩汛，兼辖外海八罩