是命芝龙书谕成功，许赦罪授官，并听驻原地方防剿浙、闽、广东海寇，管理往来洋船。诏封芝龙同安侯、成功海澄伯、鸿逵奉化伯，授芝豹左都督，使至闽。惟芝豹同嫡母颜氏入京，成功不受封，掠如故。
秋九月，延平府守备柴自新讨将乐贼吴赛娘，斩之。
冬十月，邵武麻布贼犯建宁县，防将萧永芳、千总孔应贤追之，贼乃降。
贼以麻布为旗，故名。
十二月，成功陷漳州，诸属县悉叛。
先是千总刘国轩潜通成功。是月初一夜，伪将甘辉、洪旭等直至南门，国轩开城纳之。总兵张世耀、知府房星华、龙溪知县周琼等皆降，诸县悉附成功。于是分所部为七十二镇，伪设六官理事，假故明桂王由榔号便宜封拜。
宁化僧善度作乱，知县李可侨诱执之，率兵围临田寺土堡，诸僧皆逸去。
自僧即登为黄通伪千总后，僧徒以劫掠为事，善度实赞其恶。即登既诛，善度招纳亡命，掠黎坊民，杀数命。可侨揭于总镇，诱善度投诚而系诸狱，发兵攻其土堡，竖木城围之，僧徒潜遁；其老弱火堡屋自焚死，善度毙于狱。
十二年春正月，成功遣伪将甘辉等陷仙游县，知县陈有虞、典史沈显卿、游击王家桢死之。进玫兴化府，越日去。
成功遣甘辉等率兵索饷，有虞不许，辉等遂围城。东门外有三官堂颇宽广，贼乘城濠涸，暗于堂内开掘地道，埋滚地炮发之，城遂陷，大肆屠戮，血流有声。辉等挈邑绅唐显悦全家入厦门。显悦，芝龙姻也。
三月，漳平知县师若玮弃城遁。
诏遣定远大将军世子济度率师入闽，讨郑成功。
伪将黄万陷诏安溪南堡。
夏六月，成功奔还厦门，堕漳州及漳浦、南靖、长泰、平和、诏安各县城。
先是芝龙置第于安平镇，开通海道，直至卧内，亭榭楼台甲天下。至是成功闻大兵将至，尽毁居第镇城，先将家眷移送金门，复堕诸属县城，惟存海澄一县，以伪将郝文兴守之。自敛众回厦门。文兴寻死，以王秀奇代之。
冬十月，宁化贼黄允会伏诛。
允会既为标官，益横恣。生员巫建勋索租巫坊，允会所部卒杀之而劫其租。府县置不问，列罪款呈于南赣巡抚宜永贵。永贵密行巡道郁之章。知府涂应泰遣人诱致允会入上杭，郁之章椎牛置酒，置之于辕门，允会率亲兵百五十人垂櫜而入，悉擒斩之。
定远大将军世子济度同浙闽总督李率泰统大军至泉州，修复漳州及诸县城池。
先是郑成功略泉州属邑，泉州副将韩尚亮坚守不下，世子济度大奖之，擢海坛总兵。
建宁县黄坑贼黄黑作乱，游击余宁、徐登督兵讨擒之。
是年，山寇郑鹏陷宁洋县，知县曹耿源抚降之。
建安县南雅口民张建作乱。
十三年春三月，官军自泉州出攻厦门，为暴风所阻；分兵攻金门白沙寨，弗克。
夏六月，成功伪将黄梧、苏明以海澄来降。
梧，平和人，与明俱为郑成功部将。梧偕苏茂陷揭阳，为广东平南王尚可喜所败，成功斩茂，罚梧铠甲五百领，令代王秀奇守海澄。梧以茂故，惧不自保。约明同内附。明，茂族弟也。总督李率泰遣提督马得功往受降。贼将甘辉等率众至，而得功已先入海澄矣。辉等遂取五都土城粮糗以去。世子济度大喜，具奏，诏封梧为海澄公，驻漳州。授明哆李机昂邦内大臣。梧乃斩成功所置五官商之为民害者。成功既失险要，又丧军实，漳民稍得息肩。
秋七月，建宁府千总董世满作乱，兵备道李元萃抚平之。
寇犯宁化归化二县。
贼数百无主名，蹂躏归宁界内，月余乃撤兵。
山贼林日胜作乱，安溪义士李日燝击走之。
先是日胜纳款于郑成功，伪授伯爵，据帽顶山，四出劫掠。日燝季弟日熺尝捕之，贼以为憾，夜掩李家堡劫老稚十二人以去。日燝在福州，闻难奔归，乃练家僮并佣食者纔百人，欲攻贼，未得窽要。有僧锐峰者与日燝善，四月十九夜大雨，锐峰使其徒悔昙导日燝从山后削土级缘萝而登。天微明，抵贼巢。先至仅二十八人，乃吹蠃大呼。贼睡梦中惊起，又雾厚不辨众寡，狼仓奔保旁山别寨，队崖死者无算。日燝夺日熺及从子，余犹被絷他寨。日胜合贼党万余昼夜攻夺故垒。日燝用百人者据其阻与之战，无不摧者。历七十余日，贼散亡略尽，十口次第拔归。日胜势蹙至漳州归诚，后絫官总兵。
八月，宁化贼黄素禾逃赴赣州投诚。
素禾，允会弟也。允会既诛，素禾等仍据留猪坑为虐。把总邹胜、高耀于正月十四日雪夜捣其穴，擒黄赤、黄沙禾诛之。素禾亡入广东，至赣州投诚；命以守备衔管事。
郑成功陷闽安镇，遂围福州。巡抚宜永贵同前布政使周亮工御败之。成功退屯闽安