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先是，佛朗机横海上，和兰与之争雄，汛舟攻破美洛居国，与佛郎机分地而守，出泊澎湖筑城，渐为求市计。守臣惧祸，说以毁城远徙，即许互市。和兰从之。已而互市不成。和兰怨，复筑城澎湖，寻犯厦门。官军御之，俘斩数十人。乃诡词求款，而修筑如故。又泊舟风柜，出没浯屿、甲洲间，要求互市，招海寇李旦等为助，滨海郡县戒严。
四年春，福建巡抚南居益遣兵攻澎湖屿，和兰败走，获其渠帅高文律等。
巡抚商周祚罢，以南居益代之。居益初至，谋讨和兰，因列上调兵足饷方略，部议从之。是年正月，遣将先夺镇港筑城。和兰悉众争。官兵且筑且战。和兰退守风柜。相持数月，泛舟去。独渠帅高文津等十二人据高楼自守。诸将破擒之，献俘于朝。澎湖之警以息。
厦五月甲寅朔，福宁州变，有司抚定之。
是年，诏安乌山贼麦有章、金目寇县城，百户易弥光讨平之。
官军密令附山居民为乡导，侦贼粮尽复出，设伏扼其归路。弥光冒险深入，乡勇翼以长戟劲弩，遂荡其巢。
海寇颜思齐等入台湾，据之。
思齐，海澄人，为势家所凌，殴其仆致毙，虑罪逃入日本。久之，积蓄颇饶。晋江杨天生、莆田洪升、南安张宏、同安林福、南靖李俊臣、海澄陈衷纪等皆贾贩在日本，与思齐善。思齐见日本兵防怠弛，集诸人谋作乱。事泄航海奔入台湾。诸番散居，无君长。初悉居海滨。自嘉靖未遭倭焚掠，稍避居山后。至是，思齐率众据其地，勾引亡命，时出劫掠，为闽浙患。
六年春三月，海寇郑芝龙犯漳浦县。
芝龙，南安县石井人。少落魄，与弟芝虎、芝豹游广东。其母舅黄程行贾香山澳，遇芝龙，留之。已而为程贩货至日本，遂与颜思齐等相习。思齐之逃入台湾也，芝龙兄弟与之偕。及思齐死，众无所归，乃推芝龙为魁。三月，芝龙连■〈舟宗〉浮海，自龙井登岸，袭漳浦镇，杀守将，进泊金门、厦门，竖旗招兵。饥民及游手悉往投之，旬日间众至数千。所在勒富民助饷，谓之「报水」，惟不许掳妇女、焚房屋，颇与他贼异。
夏四月，郑芝龙犯海澄县。
初，都督俞咨皋请于巡抚朱钦相，招抚海寇杨禄、杨策。禄、策既降，芝龙亦欲返正，托禄、策以达咨皋。禄、策要芝龙，不为通。芝龙怒，遣贼将曾五老泊海澄，寻大掠芦坑、溪尾、九都诸处，海澄村落无幸免者。
秋，福建巡抚朱钦相遣巡海道蔡善继招抚郑芝龙。芝龙降。寻复叛去。
先是，善继知泉州府。芝龙幼戏掷瓦石越府墙，误中善继帽。善继遣役捕至署。芝龙父绍祖，府吏也。入跪请罪。善继笑而释之。及芝龙陆梁海上，善继已罢归。巡抚朱钦相欲得素识芝龙者遣往抚谕。有告其事，遂奏起善继为泉州巡海道，令作书招芝龙。芝龙听命。陈衷纪等不欲降，自以船十二艘回台湾，惟芝龙兄弟率众诣泉州。善继待芝龙颇倨，且促其缴报战船兵器。芝虎谓芝龙曰：『道宪不过欲散我党与耳，安望其有格外恩乎。苟失势，祸福未可知，兄宜图之』。芝龙然其言，夜三鼓乘潮而去。
都司洪先春率兵击郑芝龙，先春败走。
时芝龙船泊铜山，沿海戒严。新巡抚朱一冯至，檄先春率把总许心素、陈文廉同进剿。遇芝龙于将军澳。先春鏖战，自辰至酉未决。晚潮风起流逆，心素、文廉二船漂泊不能回■〈舟宗〉。先春收入旧澳镇。芝龙遣弟芝豹阴度盐墩，绕先春营后。芝龙自统大队登岸攻击。先春腹背受敌，乘潮遁入金门。
冬，金门游击卢毓英率兵剿郑芝龙，兵败被执。
朱一冯闻先春败，檄毓英与先春合剿。芝龙令弟芝虎带五艘诡作商船，陆续泊岛尾、浯岛。芝龙率战船八艘至陆鹅迎敌。甫交兵，芝龙佯败退。毓英乘势追之。芝虎尾其后，顺风而下。毓英转■〈舟宗〉不及，师遂溃，为芝虎所擒。芝龙亲释其缚，厚礼之，且告曰：『某非敢拒官军，不得已耳。苟得一爵相加，当为朝廷效死力。东南半壁，可高枕矣』。毓英许之游扬。芝龙乃纵归。
七年夏六月，都督俞咨皋率舟师讨郑芝龙，大败而返。
咨皋，大猷子也。时以都督镇厦门。卢毓英自芝龙处归，入谒咨皋。咨皋责以失机，辞色俱厉，然亦畏葸不敢出兵。抚臣一冯促咨皋刻期扑灭。咨皋遣千户马胜、百户杨世爵领船二十艘出港剿捕。胜、世爵皆战殁。复遣副总兵陈希范率降贼杨禄、杨策往击芝龙。甫交兵，希范先遁，把总洪应斗、张选举力战，禄、策不敢前。应斗见势急，发火自焚。选举抱唝铳赴水死。咨皋闻报，调闽安、兴化、泉、漳诸镇兵集中左。芝龙闻之，笑曰：『咨皋纨夸子耳。徒读父书，安知兵』？已而咨皋出战，大败，逃至三叉河；闻芝龙兵不登岸，乃入厦门。
崇祯元年春正月，武平贼苏阿婆等犯上杭县，指挥刘震、百户李中季等死之。
二月，海寇郑芝龙犯厦门，同安知县