，遣家仆夏泽间道出于关，道路间阻，逾年始抵京，寓书内阁学士富鸿基。鸿基上之，圣祖特嘉其忠，下兵部。录其疏以示领兵王大臣，而大兵已由仙霞、杉关长驱入闽矣。超授侍读学士，行至福州，丁父忧归。同安奸人蔡寅伪称明裔，裹白巾号「白头贼」，从之者二万人，再围安溪县城，几不守。光地招乡里健儿百余人扼险拒守，戒诸乡毋资贼粮。贼饥，解兵去。未几，郑锦遣伪总统刘国轩陷海澄、漳平、同安、惠安诸县，犯泉州，断万安、江东二桥以绝救援。泉州人汹惧。光地遣善泅者董升、翁已从水关入，语守者曰：『勉之，救兵至矣』！是时将军喇哈达驻师漳州，巡抚吴兴祚驻师福州，光地乃使从兄光斗由西道迎将军之师于漳平，弟光垤由北道迎巡抚之师于仙游。光地具糗粮、备牛酒以犒军。两路师并达泉州，大破贼，贼走入海。自闽随机数年，山谷颇多啸聚，至是廓然。事闻，迁翰林学士。服阕，至京授内阁学士。时海上不靖几四十年台湾为郑成功所据；成功死，子锦据之；锦又死，子克塽幼，部下争权，民不堪命，祖欲乘机剿平之，而朝士犹持招抚之说。光地因赞决大计，荐施琅提督水师，台湾平；眷遇益厚，命奏进家居所着文字。光地汇其读书笔录及论学文字为一卷先进之。
当是时，圣祖临御日久，仁泽周浃，四海乂安无事，万几之暇，潜心河洛象数之学，下逮濂洛关闽之书，旁及历算声音之埋。圣哲天纵，将以远追羲文周孔。而以廷臣罕喻精微，光地非程朱之书不敢观，旁通易范理数律历之说，发舒所学，以备顾问。圣心冲抑，以为河洛之理，非光地莫辨也。光地因奏秦汉以后礼坏乐缺，六经虽经宋儒阐明，然永乐间所修大全，未免芜杂疏漏，宜大征天下之士，搜罗群言，讨论编纂。以至礼乐制度，亦当稽古论定。于是周易折中、性理精义、音韵阐微、朱子全书次第奉敕修撰。遂荐德格勒、徐元梦论易学，卫既济、汤斌论实学，余姚之学则李容，淹博之学则李因笃，耿介之笃行、仇兆鳌之厉志、杨文言之历算，亦皆以名闻。贤才奋起，文治昌明。而光地亦由是大用矣。历官翰林院掌院学士、经筵讲官，以母病乞归省。逾年至京，以谒孝庄文皇后梓宫迟延，部议夺官，诏勿问，改通政使，擢兵部右侍郎。偕侍郎博霁、徐廷玺、靳辅往江南视河工归，提督顺天学政。患俗学浅陋，谕生童有能诵三经及古文百篇以上者拔擢之；士知向学矣。旋丁毋忧，仍留任，为给事中彭鹏所纠，解任，在京守制；事具彭鹏传。服除，复督顺天学政，迁工部左侍郎，授直隶巡抚。
光地清勤自厉，恤民之隐，尤尽心于农田水利。几辅运道之北有桑干诸水，为永定河；运道之南有漳滏滹沱诸水，为子牙河。时漳河数为患，上欲开漳河故道入运河，于运河东开河入海。令光地往视。光地疏言：『漳河已分为三：一自广平经魏元城至山东馆陶入卫归运；一老漳河自山东邱县东北经南宫及青县与完固口合，至鲍家嘴归运；一小漳河自邱县西北经广宗巨鹿合于滏，又经束鹿冀州合于滹沱。由衡水至献县完固口复分为两支：小支与老漳河合流而归运；大支经河间大城静海入子牙河而归淀；皆分流入运。今入卫之河与老漳河流浅而弱，应量加疏浚。其完固口小支应筑坝逼水入河，以达之运。更于静海、阎留二庄挑河筑堤，束水归淀，俾无泛滥』。上韪之，报可。次第讫工。因奏霸州、永清、宛平、良乡、固安、高阳、献县浚新河占民田一百三十九顷，请豁其赋额；从之。上又以子牙河屡泛滥，令光地于献县河东西两岸筑长堤，西接六城，东接青县静海。又于广福楼之焦家口开新河，引水入淀。由是下流益畅，无水灾。请开诸州县水田引漳、滏、滹沱、大陆诸水以灌溉之。荐管河同知许天馥为河间知府，仿江南水田之法开垦，插秧种稻。明年，诏修永定河工。自郭家务至柳坌口开河筑堤凡二百余里。堤成，饬所属州县广兴水利。近山者导泉通沟，近河者引流酾渠。去水远者凿井溉田。其水道应修浚者俱听借帑兴工。邦畿密迩宸居，凡所兴筑，得仰承圣训以要其成。昔时荒废之地，皆为沃壤矣。后又有议筑广平县堤工及大开河道合为一流者，光地皆奏寝之。自开永定河，部议召家居督、抚、道员三十余人至工所，出资为助；河督王新命又请开永定河工捐纳事例；至是悉奏罢焉。畿甸为翠华临幸之所，民苦供亿，请从简省，以纾民力。诏令扈从之人，敢罔法扰民者，先按治，后以闻；由是群下清肃，即有求者，吏对曰：『非不欲与，巡抚不我许也』！东西翼马厂为八旗牧地，与民田相错，岁久，民多占垦。光地请令民按则输粮，免隐漏之罪。又请红剥船运丁、田亩遇灾，一体蠲赋。又请平粜常平仓谷，奏报即发，不必由部议。又请免征之年，并停征旧逋。皆报可。光地于官方士习，整饬尤力。是时地方有司因循亏空，光地请立法清厘。凡亏丁钱至五千两以上、正供至六千石以上者，皆拟流，不准折赎及援赦减免。前任江南布政司张霖矫诏贩盐百六十万，光地劾之，置于法。上以大臣子弟乡试中式者多，恐妨孤寒进身之阶，另编字号、定额数；下九卿议。光地又推广三条，以杜关节、传递、连络之弊。及议学校，又推广四条，择学政、考教