守兵六十名。官自备马二匹。战船一只。
分防文良港汛兼防龟鳖港等澳屿：千把总一员（按季轮换），步战守兵五十名。战船一只。
巡防各澳屿：千把总一员（按季轮拨，带领兵船巡防），步战守兵五十名。战船一只。
巡防妈祖澳港口：千把总一员（按季轮拨，带领兵船巡防），步战守兵五十名。战船一只。
来台押运粮米：千把总一员，步战守兵五十名。战船一只。
——以上俱系左营轮换。
分防西屿头、内外堑、竹篙湾、缉马湾等澳屿（每年十月起至正月止，系游守轮月扼守，单月游击、双月守备，二月起至五月止，系游击带领兵船，分巡本汛洋面；六月起至九月止，系守备带领兵船，分巡本汛洋面）：千把总一员（按季轮换），步战守兵二百四十名。战船四只。
分巡大北山、瓦硐港、通梁港、赤嵌澳等澳屿：千把总一员（按季轮换），步战守兵二百名。官自备马二匹。战船二只。
巡防各澳屿：千把总一员（按季轮拨，带领兵船巡防），步战守兵一百名。战船二只。
巡防马祖澳港口：千把总一员（按季轮拨，带领兵船巡防），步战守兵五十名。战船一只。
来台押运粮米：千把总一员，步战守兵一百名。战船二只。
——以上俱属右营轮换。
·炮台、墩台
鹿耳门：炮台二座（康熙五十六年奉文筑造，安炮十位。水师三营轮拨千总一员，带兵防守），墩台三座，望高楼一座。
柴头港海口：炮台一座（康熙五十六年奉文筑造，安炮三位。镇标左营拨兵防守）。
鲲身蛲港汛：炮台一座（康熙五十六年奉文筑造，安炮一位。水师中营拨兵防守），墩台一座，望高楼一座。
鲲身头汛：炮台一座（康熙五十六年奉文筑造，安炮一位。水师中营拨兵防守），墩台一座，望高楼一座。
澎湖炮台、墩台
新城一座（在妈祖宫西。伪时所筑，年久倒坏。康熙五十七年，闽浙总督觉罗蒲捐俸，委右营守备林亮重新建筑，安炮一十二位）。千把总一员（两营轮拨，带兵防守），步战守兵二十八名。
新城东港口：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。左营拨兵二十八名防守）。
挽门澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。左营拨兵二十八名防守），墩台一座。
水垵澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。左营拨兵二十八名防守），墩台一座。
将军澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。左营拨兵二十八名防守），墩台一座。
嵵里澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。左营拨兵一十五名防守），墩台一座。
风柜尾澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。左营拨兵一十名防守），墩台一座。
文良港澳：炮台一座（康熙五十六年修筑，安炮三位。左营拨兵一十名防守）。
新城西港口：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。右营拨兵二十八名防守）。
内堑澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。右营拨兵二十八名防守），墩台一座。
外堑澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。右营拨兵一十五名防守）。
小门澳：炮台一座（原有基址；康熙五十六年奉文重修，安炮三位。右营拨兵三十名防守）。
附澎湖各小澳屿：暗澳、小管港、东西卫、案山仔、洪蓝罩、网垵、金鸡澳、港尾、城前、中墩、后寮、镇海港、小赤嵌、崎头、吉贝屿（以上各澳屿俱有民居）、虎井屿、桶盘屿、鸡笼屿、四角仔、林投澳、香炉屿、阴屿、阳屿、椗齿屿、马鞍屿、铁砧屿、头巾屿、半平屿、碀仔屿、大屿、船帆屿、东吉、西吉、北崎屿、白沙仔屿、湾贝屿、目屿、空壳屿、姑婆屿、险礁屿、蓝笨仔屿、大烈屿、小烈屿、鸟屿、大仓仔屿、南白沙仔屿、花屿、猫屿（以上各澳屿俱无人居）。
·教场
一在镇北坊，镇营操阅之所。
一在宁南坊，道标操阅之所。
一在澎湖妈宫澳，协营操阅之所。
·武职
总兵官
杨文魁，辽东人，正黄旗。参领陞受。康熙二十三年任，二十六年陞本旗副都统。
王化行，陕西咸宁县人，庚戌武进士。康熙二十七年任，秩满，调湖广襄阳总兵。
穆维雍，辽东人，镶黄旗，参领。康熙三十年任。德威翔洽，兵民辑怀。将满代，玺书预擢入典禁军，兵民浮海吁留者无虚日。
王国兴，陕西宁夏人，将材，康熙三十三年由澎湖协奉旨陞补，康熙三十四年任。
王万祥，陕西会宁县人，行伍。兴化镇调补。康熙三十六年任，秩满，陞本省陆路提督。
张玉麒，陕西榆林卫人，世袭阿达哈哈番。温州镇调补。康熙三十七年任，秩满，改调福宁镇。
李友