、又推为户部左侍郎。宏光帝皆不许。士英终畏良玉，阮大铖请增矶堡以备之，名曰西防（详「左兵之叛」）。然诸堡徒供大铖指；尝衣素蟒、围碧玉带，祭江金山，观者讶为梨园。
礼部尚书顾锡畴以斥温体仁恶于马士英，至是蹴张孙振力颂体仁，请复谥；遂勒锡畴致仕。
礼部侍郎管绍宁失其印，请于士英；尽改铸各官印，去「南京」字。从之。
是月，戮大悲于市。
三月，太子至，马士英承旨以为王之明（详「太子之谳」）。大铖飞书告士英，令兴狱。士英遂拟旨，责高成、穆虎主使附逆，实繁有徒，执下狱；将以中高宏图、姜曰广诸人。都下愤嫉，士英不顾。俄以上游警而止。时童妃亦至，士英语大铖，言『吾辈视上指，上不顾则杀之』（详后）。
士英复以私憾逮陈潜夫，以国亡不及。阮大铖再荐马锡为京营总兵官。士英又尝以被勘推官黄端伯为礼部主事。星士林翘决士英当大用，遂授中书舍人；寻以一品武阶蟒玉趋事。值新殿工成，加士英太保；管绍宁、高倬各增衔，及内监韩赞周等五十余人。郭维经、贺世寿先后以病乞归；大铖使人劫之江中，去世寿耳。恶进士潘应斗言时政，授广东万州知州。诬富商某以罪，没赀巨万。方以智见马、阮诸状，曰：『是尚可为耶』？褫衣散发，卖药岭南。时为语曰：『要妆假，莫问马』；又曰：『马、阮、张、杨，国事速亡』。
戊申，左良玉举兵反；驰疏劾马士英大罪八，再檄讨之。士英大惧。以阮大铖、朱大典为督师。大典以贪败，徐石麒言『大典虽墨，其才可用；宜使抚湖南，练兵集食』。士英觊其贿，拟旨切责。大典不得已，使乞援于马、阮，乃命为兵部侍郎。御史郑瑜劾之；士英复拟旨，言『大典披立军府岁饷纔几，毋妄渎』。旋以为兵部尚书，提督军务。至是，为督师；檄刘良佐、黄斌卿诸军以御左。
夏四月癸丑朔，马士英使史可法入援。可法因请朝，士英不许。已伪乞退，诏留之；使阮大铖以兵巡江上，与大典合。大铖实不出。
周镳、雷演祚在狱，士英再使朱统■〈金类页〉劾周锺罪宜族，镳从死、演祚亦当死；阮大铖又使王懩等劾之，比之成粹。会左良玉檄至，士英谓镳、演祚实召兵，遂杀周锺、光时亨，赐镳、演祚死。故事：小臣不赐死；马、阮以左兵故，急杀之。镳、演祚死，诸拟旨斩者改戍金齿、绞罪戍广西边卫；徒流已下，尽弛不问。
虑良佐不能军，与其党罗拜黄得功邸，乞出兵。旋暴良玉罪，尽檄兵御之。廷臣姚思孝、吴希哲、钱增皆请备淮扬；宏光帝亦谕士英：『良玉固未反，宜守淮扬』；乔可聘复争之。士英怒甚，叱诸臣为东林党：『借口防河，纵左入犯。北兵至，犹可以款；使良玉入，则若辈高官，我君臣死耳』。遂瞑目呼：『敢议守淮者斩』！宏光帝惧。宁河王孙邓文昌力请防河，马士英呵斥；文昌弃官去。
牟文绶纵兵哗掠，建德、东流遂不守；方国安日攻击铜陵、南陵间，荼毒无艺。吴适严劾之，蔡奕琛拟票下适狱。张孙振言『适为东林嫡派，又复社魁，宜速诛之』。俄国亡，适得脱。
五月壬午朔，宏光帝不视朝；责马士英戴己：『今若此，将焉置我』！士英无一策，惟请召黔兵走贵阳。越数日，群臣集内阁议降，士英与焉（详前）。
庚寅，马士英以宏光帝去，亦尽室遁。以黔兵四百自卫，称奉太后；遇钱谦益，言『有母在，不获死』，遂遁之溧水。诸人掠其家及其子锡所，立尽。阮大铖亦被掠，姬妾星散。杨维垣遁，为怨家所杀。张捷闻王铎被殴状，惧而自缢。刘孔昭走入海，钱谦益、蔡奕琛、李沾以下则皆降；赵之龙尤首祸（见前）。
士英走至广德，知州赵景和曰：『彼不奉王而奉太后，诈也』。拒不纳。士英攻破之，杀景和，大掠而去。迂道吉安，浙江巡抚张秉贞询其状，知州黄翼圣以为真，乃备法驾迎太后，以总兵署为行宫，召籍诸臣。彭遇颽亦逃至，以为佥都御史，募兵两浙。俄而刘宗周、熊汝霖自浙至，痛责士英，无以应，惟日盼江上捷。居数日，阮大铖、方国安、杨文骢先后至，为言宏光帝已被执；士英秘之。
六月，黄道周言：『自五月十一迄今再旬矣，行在未知所适。首辅马士英拥兵自卫，士民诘问，则云上在黄得功军。士英知上在而轻离，则不臣；不知而讹言，则罔上苟生：神人所共愤也』。俄闻多铎兵进嘉、湖，士英走绍兴，至于杭州。原任九江佥事王思任疏：『南都之败，由主上宽仁，信用奸相马士英，尽天下大计付之。而士英公窃太阿，肆无忌惮，窥上之微有以中之：上嗜饮，则进■〈酉灵〉醁；上悦色，则献妖淫；上喜音，则供优鲍；上好玩，则列珍奇。以为君逸臣劳，尽推疆事于史可法；而又忌之，事事掣肘。每一出朝，招集无赖，卖官鬻爵。四方狐狗愿出其门者，一望见费千金、一注籍费千金；乃至文选、职方乘机打劫，巡抚、总督现兑即题。其余编头修脚、服锦横行，又不足数。皆由士英独任朝