位出文华上，文华恚，则连疏劾经，谓“其才足办贼，特以闽人避贼雠，故纵贼耳。”帝大怒，会台谏亦有言者，趣官校逮捕经。时倭寇自柘林犯嘉兴，经遣参将卢镗督狼、土兵水陆攻之，大败贼于石塘湾。贼北走平望，俞大猷邀击，奔平望至王江泾，永顺宣慰官舍彭翼南攻其前，保靖宣慰使彭荩臣蹑其后，遂大败之。斩首二千级，溺死者称是。余众奔柘林，纵火焚其巢，驾舟二百余艘出海遁。自有倭患来，此为战功第一。而文华论经之疏已上矣。捷闻，兵科言：“宜留经平倭以自赎。”不听，并李天宠、汤克宽俱逮至京，以纵寇论死。文华既疏劾经，奏以巡按御史胡宗宪为佥都御史，代天宠巡抚。而以周充代经。未几，复罢充，以南京户部侍郎杨宜为总督。
倭寇自海洋突犯苏州，南京都督周于德来援，一战而败，镇抚苏宪臣被杀。贼中分其众：一由齐门、撞马头而北，转掠浒墅关、长洲、五都地。一由胥门、木椟而南，转掠吴县、横镇，蔓延尝熟、江阴、无锡之境。出入太湖，莫能御者。
御史屠仲律上言：“宜守平阳港，拒黄花澳，据海门之险，则不得犯温、台。塞宁海关，绝湖口湾，遏三江之口，则不得窥宁、绍。扼鳖子门，则不得近杭州。防吴淞江，备刘家河，则不得掩苏、松、嘉兴。责江南守令，以训练土兵，保全境内为殿最。沿海沙民盐徒及打生手，宜收录并力御贼。”诏从之。
川沙洼倭贼犯闸港、周浦，佥事董邦政、游击周藩击之，遇贼惊溃，藩被创死。贼屯石塘桥，流劫昆山、石浦。六月，倭寇苏、常诸县，尝熟知县王秩、江阴知县钱钅享及居乡
参政钱泮各督士民出御，力屈死之。旋复寇苏州，民争入城。门不启，号呼震野，乘陴者望之而叹。攀援上者，又缒绝而下。任环还自仪真，曰：“奈何坐视之？纵有觇谍，我在无患也。”乃出辟门，令男女以列进，所活盖数万人。复率解明道兵出城力战，贼退入太湖。遣舟师邀之，乃弃所获逸去。环以功进副使。环复击贼马迹山，围逃倭嘉定民家，投火之，尽死。既而环有亲丧，诏留之，任事如故。
八月，倭贼百余自上虞爵溪所登岸，犯会稽高埠，夺民居据之。知府刘锡、千户徐子懿围之。贼潜缚木筏由东河夜渡，溃围而出。居乡御史钱鲸，遭于蛏浦见杀。贼自杭州西掠于潜、昌化，至严州淳安。以浙兵迫急，突入歙县，流劫至南陵，趋太平，操江兵扼之。贼引而东，犯江宁镇，指挥朱襄率勇士数百人御之。是时贼已至板桥，襄等不知，方袒裼纵酒。突遇，尽为所歼。遂由安德、凤台、夹冈沿乡抢掠，趋秣陵关。时应天府推官罗节卿、指挥徐承宗率兵千人守关，望风奔溃。贼过关而去，自南京出秣陵，流劫溧水、溧阳，趋宜兴、无锡，一昼夜奔一百八十里至浒墅关。南直巡抚曹邦辅虑与柘林贼合，且为大患。乃亲督兵备王崇古，会集各部兵，扼其东路，四面蹙之，随地与战。亲召佥事董邦政、指挥楼宇以沙兵助剿，一战斩首十九级。贼始却奔吴舍，欲走太湖。觉之，追及于杨家桥，尽歼其众。贼自绍兴高埠流劫杭、严、徽、宁、太平，犯南都，六七十人经行数千里，杀伤无虑四五千人，历八十余日始灭。邦辅以捷闻，归功佥事邦政。时赵文华闻寇且灭，欲攘功，急趋赴之。比奏，则邦辅己先之。文华怒，会柘林贼进据陶家港，文华乃悉简浙兵，得四千人。文华及胡宗宪亲将之，营于松江之砖桥。约邦辅以直兵会剿。浙兵分四道，直兵三道，东西并进。贼悉锐冲浙兵，诸营皆溃，损失军士千余人。直兵亦陷贼伏中，死者二百余人，贼势大张。文华恨邦辅。至是，乃以罪委之，及佥事邦政。诏下邦政总督逮问。既而刑科给事中孙浚言：“后期之罪，不在直兵。今苏、松士民交称邦辅实心任事。而流劫留都之倭，又为邦辅所灭，功绩显然。遽请罪斥，文华非是。”兵科给事中夏┉亦言之。上乃申饬文华“秉公视师，以图大效”。已而邦政及指挥楼宇赏竟不及，文华恶之也。邦辅旋亦谪戌边，巡按直隶御史张云路为论奏，不报。
十一月，止征狼、土诸兵。土兵瓦氏等至浙，骄悍不受约束。所过残掠，百姓苦之。于是总督杨宜力请止征，从之，命两广督臣随路掣止。闰十一月，给事中孙浚上言：“防倭诸臣既有巡抚、督兵，又有
总督及都察重臣，事权不一，牵掣靡定，迄无成功。”兵部覆奏：“诸臣职守：督察主竭忠讨寇，实核布闻；总督主征集官兵，指授方略；巡抚主督理军务，措置粮饷；总兵主设法教练，身亲战陈。至于有司，责在保安地方，固守城隍。”帝然之，命行诸臣，各遵敕谕施行。
十二月，赵文华疏乞还京，许之。文华初奉命至浙，适狼兵瓦氏等至，知倭厚畜，锐意请战。文华惑之，亟趋张经进战，不得，则上书痛诋。经被逮，代经者周充、杨宜皆无远略，贼势益炽。及瓦氏战败，攻陶宅余倭，复大衄。始知贼未易图，有归志。至是，川兵破周浦贼，俞大猷复有海洋之捷。文华遽言：“水陆成功，请还。”然是时海洋回倭泊浦东、川沙洼旧巢。及嘉定、高桥皆倭据如故。
副使任环率永顺、保靖土兵剿新场倭寇。时贼众二千人，皆伏不出，而诈令人举火于数里外，若将引去者。上舍彭翅先入尝之，不见