。故谕总督满保，令其暂停进兵。汝等若即就抚，自谅原尔罪；若执迷不悟，则遣大兵围剿，俱成灰烬矣。台湾止一海岛，本地所产，不敷所用，祗赖闽省钱粮养生。前海贼占踞六十余年，犹且剿服，不遗余孽；今匪类数人，又何能为？谕旨到时，即将困迫情由诉明，改恶归正，仍皆朕之赤子。朕知此事非汝等本愿，必有不得已苦情，意谓坐以待毙，不如苟且偷生，因而肆行掳掠。原其致此之罪，俱皆不肖官兵。汝等俱系朕历年豢养良民，朕不忍剿除，故暂停进兵。若总督、提督、总兵官统领大兵前往围剿，汝等安能支持？此旨一到，谅必就抚，不得执迷不悟，妄自取死！特谕』。又敕浙江将军塔拜，以甲二千赴闽协防。巡抚吕犹龙按察使董永芠迎劳于浦城，办理夫船。永芠素有才名，方严不阿，一路问民疾苦，捐俸钱恤灾伤，多方抚慰，故兵行而民不扰。浙兵至闽，欲借宿民居，吕犹龙不可。召两司计议。永芠曰：『靖乱以安民为本，若宿民居，民不堪也』！命署福州府冯璼分拨诸佛寺居之。于是浙兵驻闽者数月，得相安一无所苦。
上谕至闽，则六月二十有五日也。总督满保檄委兴泉道陶范亲赍谕旨，往台湾安抚百姓，并署理台厦道事。调汀州知府高铎知台湾府，分委建宁通判孙鲁往署台湾府同知并台湾知县事，海澄知县刘光泗往凤山，漳浦知县汪绅文往署诸罗，俱随大兵安辑流亡，慰抚各庄社民番。
伊时台郡既平，提督施世骠、总兵官蓝廷珍分遣大兵扩清南北二路。以至王万化、林政、边士伟、魏天锡带领官兵剿抚南路逸贼，收复南路营凤山县，擒斩贼目颜子京、郑定瑞等，安抚下淡水、大昆麓各处人民社番，而南路五百里地方俱皆平复矣。以林秀、薄有成、范国斗、齐元辅、郭祺、胡璟、李祖、郑文祥、刘永贵、董方、林君卿及游全兴带同张彦贤等十四员往北路剿抚逸贼。原任游击刘得紫先于壬子乘间投大师，施世骠、蓝廷珍嘉其抗贼不屈，优待之。得紫募丁壮百五十人，请杀贼报仇雪耻，是行与焉。戊午，败贼于大穆降，斩获甚多，贼党降者散者十之九。朱一贵率数千人走湾里溪。大军追至茅港尾、铁线桥，收复盐水港。朱一贵走下加冬。
俸满千总林君卿率外委千总张佛等二十人先大军二十里前行，追杀贼众，夺牛车、马匹、炮械。与陈尚珍、杨秀计议，潜通张岳，欲擒朱一贵，先谋去伪军师王君彩。一贵收君彩杀之。而漳浦人王仁和素往来沟尾庄，与庄民杨石友善，知其族杨旭、杨雄等为一方巨擘，可与谋。以言餂之，石许焉。仁和密告于蓝廷珍。廷珍给仁和外委守备，并杨旭、杨石、杨雄等守备、千总各衔札，令谋擒朱一贵。复有苏山、黄遵为李祖赍书与杨旭，亦令计擒一贵。于是杨旭与王仁和、杨石、杨雄、陈尚珍、杨秀等密纠沟尾前庄、后庄、小槺榔、新埤、佳走、后潭等庄乡壮以待。
闰六月五日甲子，一贵率千人至沟尾庄索饭食，杨旭等椎牛饷之，许号召六庄乡壮相助。一贵往月眉潭，乏食。乙丑夜，其党散去六百余人。丙寅，杨雄绐一贵复回沟尾庄。薄暮霖雨，旭备馆舍，将一贵等分宿民家，传集六庄乡壮，佯为守护。潜以水灌贼炮。夜五鼓，大哗，称官兵至，金鼓火炮齐鸣。诸贼仓皇惊起，不知所措。杨雄、杨旭、杨石、王仁和等遂擒朱一贵、王玉全、翁飞虎、张阿山等四人，散其余众。吴外、陈印各率党逸出。旭缚一贵等置牛车，赴八掌溪交游击林秀，王仁和驰报蓝廷珍。廷珍令解赴施世骠军前，而自往会讯。一贵尚自尊大，欲与提军抗礼，昂然而立。廷珍至，叱之跪，一贵犹妄称「孤家」，词甚不逊。廷珍怒，命捶其足。于是一贵及其党皆跪，伏罪请死。乃槛送厦门，听总督觉罗满保解京正法。又有大排竹人民斩杨来首级献林秀，秀函至府，竿示藁街。复据林秀等官兵、李必第、杨雄等乡壮报获吴外、陈印、李勇、陈正达、卢朱及就抚之林曹、林骞、林琏、郑惟晃、张看等，俱先后解至军前。
分遣朱文、谢希贤、吕瑞麟、洪平及自澎调至之守备闫威，以兵收复北路营诸罗县，擒斩贼目万和尚等。北路营千总陈徽、把总郑高率乡兵来迎。先是陈徽等于六月丙辰起民兵攻复诸罗县，斩贼目赖元改头祭罗参将，因王师未至，县治复为翁飞虎、江国论所夺，仍入山。至是乃出。招抚贼目曾贤、李德，随朱文等安辑各庄社民番。
分遣汀州镇中营游击景慧带领官兵收复笨港。又遣林亮、魏大猷、洪平以舟师赴笨港接应，平定沿海上下。而援淡之游击张駥、守备李燕、刘锡、千总李郡、淡水营守备陈策等，引兵南下半线。时朱文等已平诸罗，谢希贤引兵北上，与张駥等合。而北路千余里地方尽皆平复矣。
元凶既擒，余党解散。尚有当日倡谋渠魁伪称国公如杜君英、陈福寿、刘国基、江国论、薛菊、王忠、陈成、郑文苑及君英之子杜会三等未获。总督满保檄蓝廷珍擒抚之。重悬赏格，遣目弁外委分途缉捕。
方朱一贵作乱时，有下淡水客庄民人侯观德、李直三等建大清义民旗，奉皇帝万岁牌，联络乡壮拒贼。一贵遣陈福寿、刘国基、薛菊、王忠、刘育等领贼众数万