养性、白显忠三人为其爪牙,分三路出寇。即养性出东路,据浙之温、台;显忠出西路,据江西之广信、建昌、饶州;九玉出中路,据浙之金、衢。又约台湾郑经,与潮州总兵刘进忠内外夹击广东,声援甚盛。十三年六月,以康亲王杰书为奉命大将军、贝子博喇塔为宁海将军,赴浙进讨,旷岁无功。朝廷数遣敕使招抚,悉见拒不受。会精忠与郑经有隙,经夺其漳、泉、汀、邵诸府,杰书等乘其内乱,遂以十五年九月进攻九玉于衢州,破其众数万。同时白显忠亦为安亲王岳乐所困,穷蹙乞降。精忠既覆两路之师,又内迫于郑氏,闽地几失其半
,恇惧不知所为;乃遣其子显祚诣大军献总统印,自请随官军剿「海寇」赎罪。曾养性闻之,亦以温州降。郑经遂以翌年为闽师所迫,弃漳、泉诸府,退守厦门。浙、闽告平。
尚之信之叛方十四年精忠与郑经同盟侵掠广东沿海,同时吴三桂亦遣故广西提督马雄进兵肇庆,夹攻可喜。可喜自三桂举兵以来,始终与之反对,尝执其使者,奏其诱降之书;又虑之信不可恃,疏请以次子之孝袭封,朝廷深倚赖之,进封亲王。至是可喜东西受敌,又内制于之信,力不支,因自陈衰病将不起,乞江西官军往援,诏以将军觉罗舒恕及副都统莽依图赴之。军至而之信已变,受三桂招讨大将军号,改帜易服,严兵守可喜府,移檄诸郡。是时尚之孝军惠州,两广总督金光祖及舒恕军高州,莽依图军肇庆,精锐不下二、三万,足以合力制之信。而光祖阴受三桂密札,牵制诸军,使不得进。之信势大振,江西援师引还,光祖遂与抚臣佟养巨并降于三桂,三桂封之信辅德亲王,趣之出师,恃为后劲,可喜竟以忧愤卒。
广西之战局孙延龄以十三年春据桂林附三桂;未几,提督马雄亦以柳州应之。三桂封延龄临江王,以雄为东路总督。延龄故与雄有怨,虽共事而畏其逼己,猜忌日深。延龄妻孔四贞,故定南王有德女也;日夜以朝廷恩德为言,劝之反正,延龄意动。马雄讦诸三桂,谓延龄有异志,当急图之。三桂乃使其从孙世琮,引兵赴广西。世琮遂以十五年十二月入桂林,擒杀延龄。先是庆阳知府傅宏烈当三桂未叛时,尝劾奏其不法状,坐妄言流徙苍梧。及三桂反,广西响应,宏烈阳受三桂职,而阴募义勇,图恢复;寻集兵五千人,移檄讨贼,自请任广西军事。诏授宏烈广西巡抚、抚蛮灭寇将军,增募义勇,便宜行事。会尚之信反正,官军集韶州,得分兵赴援,宏烈领所部兵万余,累克浔、梧诸郡。援军乘之,进围平乐,与世琮相持。
江西、广东之复定高大节既陷吉安,使其党韩大任守之,而自率所部乘间出战,以少击众,官军当之者辄挫。大节寻与大任不相能,屡为所谗,发愤竟死。大任不敢出战,吉安遂为官军所围。十六年(一六七七年)四月,大任溃围出,寻降。时耿精忠、郑经先后或降或走,闽地全定。而尚之信亦苦三桂征饷,颇萌悔志,阴通款于江西官军。诏以莽依图为镇南将军,自赣州入广东受之信降,而又令都统赖塔领漳、汀守兵赴潮州应之。于是江西、福建之师同时入粤,之信遂以十六年六月率军民迎降军前。
三桂之末路三桂既失陕西、福建、广东三大援,又失江西,其领地自云、贵而外,独有四川、湖南及广西之一部而已。又自军兴以来,东西调发,财用渐竭,川、湖赋税不足以供军需,情见势绌,恐诸将解体,欲伪示威,重维人心。乃以十七年(一六七八年)三月建号即位,以衡州当兵冲,自长沙徙都之,改为定天府,置百官,封诸将。是时,诸道官军专力湖南,安亲王岳乐复浏阳、平江,将军穆占以陕西、荆州精兵进拔永兴等县,简亲王喇布遂自南昌进屯茶陵。于是湖南东南边境诸州县,自平江至蓝山悉为官军所得。而永兴为衡州门户,相距仅百余里,三桂所必争,乃遣马宝等悉锐环攻,昼夜不息;至八月,城垂陷,而三桂暴卒。诸将解围赴衡州,聚谋迎其孙世璠于云南立之。初,十四年陕、甘之变,四方骚乱,圣祖欲亲征,驻跸荆州,就近调度;而廷臣以为京师根本重地,车驾远出,恐有讹言奸宄窃发,固请毋行。及三桂僭号,圣祖慨军旷日持久,复下亲征之令。廷臣又以贼势日蹙,无劳远出为请,帝未决,会三桂死,乃止。
三路入滇世璠既立,不敢留衡州,退居贵阳,恃川、湖、广西为屏蔽。然自三桂殁,部下失措,无能定战守之策者,官军势益振。于是湖南则安亲主,广西则传宏烈、莽依图、赖塔,四川则平凉提督王进宝、陕西提督赵良栋皆累战累捷。十八年(一六七九年)正月,吴应麒自岳州走常德,寻复弃城遁,长沙、衡州相继下。同时,宏烈等亦克桂林,走世琮。而王屏藩守汉中,以饷运不继,又为王进宝所迫,退守保宁;翌年(一六八○年)正月,遂自杀。良栋亦以是月克成都,三省略定。是年三月,诏安亲主率所部大军之半凯旋,而以贝子彰泰代之。三道之师合趋云、贵,即彰泰以平定湖南之师,自沅州出其东;赖塔以闽、粤之师,自南宁出其南;而良栋以川师出其北。十月,湖南官军由平越趋贵阳,世璠偕诸将走云南,官军乘胜西进。翌二十年(一六八一年)正月,与赖塔军会于曲靖。二月,抵云南;世璠据五华山宫城,誓死守御,累月不下。至九月,