。寻以柯公夏卿与孙公交荐,改监察御史,仍兼职方。张国柱劫王鸣谦由安海入内地,纵兵大掠,诸营大振;廷议欲封以伯。公曰:如此则益横矣,何以待后?请署为将军。监国从之。陈总兵梧败于檇李,渡海至姚,虏掠乡聚;王职方正中方行县事,遣兵击之,乡聚犄角,杀梧。行朝忌正中者,以此声讨。公谓:梧之见杀,犯众怒也。正中为国保民,不当罪。上疏救之,乃止。公力陈西渡之策,熊公再以所部西行,攻下海盐,军弱不能前进而返。五月,孙公嘉绩以所部火攻营卒尽付公,公与王正中合军得三千人,遂偕太仆寺卿陈潜夫、职方查继佐渡海,札潭山;适尚宝司卿朱大定、兵部主事吴乃武皆从浙西来会师,将由海宁取海盐。百里之内,牛酒日至。整军抵乍浦,约崇德义士孙奭等为内应;会大兵已纂严,不得前。六月朔日,浙河兵溃,监国由海道至闽。公归入四明山,余兵愿从者五百人,结寨自固(公有四明山寨记)。公驻军杖锡寺,微服潜出,欲访监国消息,为扈从计。山民畏祸,突焚其寨,部将茅瀚(字飞卿,归安人)、汪涵(字叔度,梅溪人)死之。公归而迹捕之檄累下,奉太夫人徙居化安山丙舍(次年返故居)。慈水刘瑞当先生至,唁慰凭吊,悲啸震空谷。
四年(丁亥),公三十八岁。
居山中,甘露降。注授时历;王侍御仲撝自郡城来,受之而去(公在穷岛空山,古松流水间布算簌簌,自谓屠龙之技,无可与语者。所着有春秋日食历、授时历故、大统历推法、授时历假如、回回历假如、公历假如、气运算法、勾股图说、开方命算、测圆要义诸书,在此数年中)。
五年(戊子),公三十九岁。
刘瑞当先生访公于竹浦,信宿而去。十月辛丑(十日),季弟司舆公卒(公有志,年二十有七)。
六年(己丑),公四十岁。
监国还至海上,公赴行朝,晋左佥都御史,再晋左副都御史。六月,定西侯张名振由南田复健跳所。七月壬戌,公与大学士沈公宸荃、刘公沂春、尚书吴公钟峦、李公向中、侍郎孙公延龄、右佥都御史张公煌言扈监国次健跳所。壬午,北师围健跳;荡胡伯阮进救,却之。王翊却北师,发使贡方物于监国;张名振以表贡不由己达,颇忮之。公上言:诸营文则称侍郎、都御史,武则称将军、都督,惟翊乃心王室,不自张大,而兵又最强;宜优其爵,使之总临诸营,以捍海上。监国乃授翊右佥都御史。明年,晋翊兵部右侍郎。时国事尽归定西侯,即阁臣张公肯堂亦不得有所豫。诸帅之悍,甚于方、王;文臣稍异同其间,立致祸。公既失兵,日与吴尚书霞舟钟峦正襟讲学;暇则注授时、泰西、回回三历。已而,中朝以胜国遗臣不顺命者,令有司录家口上闻。公闻而叹曰:主上以忠臣之后仗我,我所以栖栖不忍去也。今方寸已乱,不能为姜伯约矣。乃陈情监国,得请间行归家。吴公驾三板船,送之二十里外,呜咽涛中。八月,四十初度;有句云:先公殉国余三载(忠端公殉难,时四十三岁),孔子悬弧易一辰(公禄命与至圣只换一时)。是年所作诗,名「穷岛集」。山中乱,奉太夫人徙居邑城(明年返故居)。十月,监国由健跳至舟山,复召公偕冯侍郎跻仲京第副澄波将军阮美乞师日本,抵长崎,不得请。公为赋式微之章,以感将士(是冯公第二次乞师事);有日本乞师纪、海外恸哭纪(案全氏祖望曰:公日本乞师纪,但载冯公奉使始末,而于己无与。惟避地赋有曰:历长崎与萨斯玛兮,方粉饰夫隆平;又曰:返余旆而西行兮,胡为乎泥中。则是公尝偕冯以行,而后讳之。又案神道碑所载有赣州失事纪、绍武争立纪、舟山兴废、沙定洲纪乱、赐姓本末各一卷,皆此数年间所纪。后合隆武、鲁监国、永历纪年为行朝录。又有汰存录一卷)。
七年(庚寅),公四十一岁。
时,大帅治浙东,凡得名籍与海上有连者,即行名捕。公弟晦木公以参冯侍郎军事被获,待死牢户中;公潜至甬,与万履安、高旦中、冯济道诸公以计活之(详见鲒埼亭集鹧鸪先生神道表)。三月,公至常熟,馆钱氏绛云楼下,因得尽翻其书籍。返至崇德,访孙子度方,欲与之剧谈;而陆丽京闻公至,强之入城,同宿吴子虎家。公有句云:桑间隐迹怀孙爽,药笼偷生忆陆圻。熊公夫人将逮入京,公为调护而脱之。冬,自西园移居柳下;故次庚寅至乙未之诗为「老柳集」,犹昔人之伤心于枯树也(宅前向有老柳,为大风拔去三株,仅存其一;故云)。外舅叶六桐先生迁葬邑东西黄浦,公送葬。
八年(辛卯),公四十二岁。
住柳下,王侍御仲撝来访。夏秋之交,遣间使入海告警。九月丙子(二日),大兵下翁洲(即舟山);城陷,监国再入闽。是年,季子寿生。
九年(壬辰),公四十三岁。
着律吕新义;王仲撝侍御来,受之而去。
十年(癸巳),公四十四岁。
五月,华亭申山人自然浦南从汴梁苏氏来访,梅雨连绵。苏氏述其昨梦,有裨旧史;山人间戏为江湖相士,膏唇调笑,以破寂寞。太夫人六旬寿辰,甬上万履安先生以所作正气堂寿燕序来祝,阳羡陈少保于庭、定生贞慧父子,皆有诗为寿。
十一年(甲午),公四十五岁。
元夕,悼周侍者。