四川司
山西清吏司
分管
山西布政司 山西都司
山西行都司
带管在京各卫、各仓、及各边镇
燕山前卫 永清左卫
永清右卫 兴武卫
镇南卫 燕山前卫仓
永清左卫仓 永清右卫仓
山西镇 宣府镇
大同镇
旧有立威营、神机营左哨。嘉靖二十九年、併神机营内。旧管在京北草场仓。万历三年、归广西司。直隶保安州、延庆州、保安卫、寧山卫、平定千户所、广昌千户所、归福建司。南京龙江左卫、兴武卫、镇南卫、江阴卫、苏州府、苏州卫、镇海卫、太仓卫、嘉兴千户所、归四川司。河东盐运司、归山东司
河南清吏司
分管
河南布政司 河南都司
带管在京卫所、各仓、及直隶卫所
裕陵卫 大兴左卫
燕山右卫 府军前卫
牧马千户所
裕陵卫仓 大兴左卫仓
燕山右卫仓 北府军前卫仓
府军前卫南新仓
潼关卫 蒲州千户所
旧有效勇营、五军营右哨。嘉靖二十九年、併五军营内。旧管南京飞熊卫、英武卫、
孝陵卫、广武卫、松江千户所、汝寧千户所、松江府、凤阳府、睢阳卫、归德卫、潁川卫、泗州卫、寿州卫、宿州卫、中都留守司、凤阳卫、凤阳右卫、凤阳中卫、留守左卫、留守中卫、长淮卫、怀远卫、
皇陵卫。万历三年、归四川司。汤山草场仓、归广西司
陕西清吏司
分管
陕西布政司 陕西都司
陕西行都司
带管在京各衙门俸粮、并各仓、及各边镇 【俸粮、旧係各衙门收纳、嘉靖四十二年题准、总归禄米仓关支】
宗人府 中军都督府
左军都督府 右军都督府
前军都督府 后军都督府
吏部 户部
礼部 兵部
刑部 工部
都察院 通政使司
大理寺 翰林院
詹事府 太僕寺
尚宝司 鸿臚寺
六科 中书舍人
行人司 钦天监
太医院 【嘉靖四十二年、併本司】
中兵马司 东城兵马司
西城兵马司 南城兵马司
北城兵马司 京卫武学
文思院 皮作局 【以上二衙门嘉靖四十年、归本司】
留守右卫
长陵卫
献陵卫
景陵卫
献陵卫仓
景陵卫仓 神枢营
随侍营 延绥镇
寧夏镇 甘肃镇
固原镇
旧有奋武营。嘉靖二十九年、併五军营内。三千营、改神枢营。旧管直隶定边卫、归福建司。南京横海卫、留守右卫、寧国府、滁州、徐州、滁州卫、徐州卫、宣州卫、徐州左卫。万历三年、归四川司。陕西灵州、盐课司、并西和漳县、归山东司
四川清吏司
分管
四川布政司 四川都司
四川行都司
带管两京衙门、并各仓、及直隶府州卫所
彭城卫 武德卫
腾驤左卫 腾驤右卫
府军后卫 武功左卫
武功右卫 武功中卫
神策卫 忠义后卫
金吾右卫 忠义后卫仓
府军后卫仓 金吾右卫仓
彭城卫仓 彭城卫南新仓
应天卫 天策卫
神策卫 武德卫
府军后卫 金吾右卫
龙驤卫 龙虎卫
应天卫 羽林右卫
留守左卫 水军左卫
龙虎左卫 豹韜卫
豹韜左卫 和阳卫
飞熊卫 英武卫
广武卫
孝陵卫 旗手卫
济川卫 金吾左卫
金吾前卫 金吾后卫
江淮卫 府军卫
府军左卫 府军右卫
虎賁左卫 横海卫
留守右卫 留守前卫
瀋阳左卫 瀋阳右卫
锦衣卫 龙江左卫
兴武卫 镇南卫
江阴卫 广洋卫
羽林左卫 鹰扬卫
留守中卫 水军右卫
龙江右卫 虎賁右卫
驍骑右卫 【自天策卫以下、俱万历三年、归本司】
安庆府 苏州府
松江府 常州府
镇江府 徽州府
寧国府 池州府 【旧止有此府】
太平府 庐州府
凤阳府 淮安府
扬州府 广德州
徐州 和州
滁州 苏州卫
镇海卫 太仓卫
金山卫 安庆卫
新安卫 建阳卫
宣州卫 庐州卫
六安卫 宿州卫
高邮卫 沂州卫
徐州卫 徐州左卫
寿州卫 睢阳卫
归德卫 潁川卫
邳州卫 仪真卫