重整水师，尽易旧制，仿长江营制，设太湖协标二营，舢板战船三十六艘。此江南水师之制也。
其长江水师之在江南省者，为瓜洲镇标，辖瓜洲营、孟湖营、三江营、江阴营，战船兵额，与各省长江水师同。
河道总督标营凡二十营，雍正七年，以漕标右营改隶河标设，巡船九艘。山清里河上营，康熙十七年设，船六十八艘。里河下营，雍正六年，由里河营分设，船十三艘。外河上营，船一百十四艘。山安海防河营，雍正七年，由外河营分设，船五十四艘。高堰上营，康熙三十八年，由盱眙营分设，船三十四艘。山盱下营，雍正七年，由高堰营分设，船十七艘。桃源安清营，康熙三十八年设，船二十三艘。扬河上营，康熙十七年设，船八十二艘。扬河下营，雍正七年设，船十四艘。徐河南北营，雍正六年设，船三十艘。邳睢河营，顺治初年设，船七十五艘。宿虹南北营，顺治初年设，船百艘。桃源南北营，顺治初年设，船六十八艘。宿迁运河营，雍正六年设，船十九艘。凡河防各营，设守备以下各官，大小各船，分浚船、柳船二类，修防河工，以营制部勒之。
漕运总督水师标营，分中营、左营、右营、城守四营，以中、左、右三营任护漕之责，以城守四营任地方之责，驻山阳境及漕运所经之地。其运輓漕粮，则以卫卒任之。
浙江水师，杭州协钱塘水师营，顺治初年，设守备各官，兵一百十五人，鳖子门汛兵七十九人，新城汛兵三十一人，塘栖汛兵九十三人，钱江汛兵七十七人，富阳汛兵一百五十人，防守河庄山唬船四艘，运河内河快唬船十一艘，钱塘江渡马船六艘。
乍浦水师营，雍正二年，以定海镇右营改归乍浦，设参将各官，水战兵二百四十人，守兵二百七十六人，战船十艘，内洋岑港辖洋面汛三十三，内洋沥港辖洋面汛十五，内洋岱山辖洋面汛十九。
嘉兴协营，设副将各官，驻防府城，兵四百三十二人，快唬船五艘。海盐汛兵一百七十五人，快唬船三艘。乍浦汛兵二百十三人，快唬船二艘。澉浦汛兵百人，快唬船一艘。石门汛兵一百十人，快唬船四艘。桐乡汛兵七十六人，快唬船二艘。濮院汛兵六十一人，快唬船三艘。新城汛兵四十人，快唬船一艘。平湖汛兵九十九人，快唬船三艘。嘉善汛兵七十人，快唬船二艘。嘉兴汛兵六十九人，快唬船二艘。王江泾汛兵五十六人，快唬船二艘。雍正十年，裁撤快唬船二十艘，改造大号巡船二十艘，小号巡船二十艘，分配各汛。
湖州协营，设副将各官，驻防府城，兵四百七十六人，快巡船十三艘。左营分防双林汛兵五十人，快巡船三艘，德清汛兵三十四人，快巡船四艘，新市汛兵四十二人，快巡船四艘，含山汛兵四十二人，快巡船四艘，菱湖汛兵三十九人，快巡船五艘。右营分防泗安汛兵五十人，快巡船三艘。长兴汛兵四十四人，快巡船二艘。武康汛兵二十人，快巡船一艘。马要汛兵二十人，快巡船一艘。乌镇汛兵二十四人，快巡船一艘。南浔汛兵五十八人，快巡船六艘。菁山汛兵十六人，快巡船一艘。梅溪汛兵八十人，快巡船二艘。
绍兴协营，设副将各官，水师一千八百七十二人，用卫所之制，设临海、观海二卫，沥海、三江二所。雍正十年，设周家路水师汛，置绍字一、二号巡船二艘。
宁波府，顺治三年，设水师营参将二人，分左右二营，水战兵四百人，守兵四百人。十四年，设宁台温水师总兵官及以下各官。康熙九年，设水师提督及左右二路总兵官，七年罢之。设总兵官一人，辖中左右水师三营，兵三千人。春秋二汛，率战船出洋巡缉。其战船之数，随时增改。顺治三年，水师左右二营，大小战船五十二艘。九年，定海镇左右二营，战船四十九艘。十四年，水师左右前后四营，战船二百二艘。康熙元年，水师前左右三营，战船一百七十三艘。九年，定海镇中左右三营，战船八十艘，增设哨船二十艘。历年裁汰，定为水艍船十二艘，犁缯船七号水艘中艍船一艘，中号犁缯船五艘，沙船七艘，双篷艍船十三艘，唬船二艘，哨船二十艘。象山城守营，设副将各官，哨船四艘，海口汛兵一百五十人，哨船十艘。雍正四年，裁存四艘。昌石营，设都司等官，汛兵五百六十五人，战船六艘。镇海营，原设定海水师左右二营。雍正二年，改设镇海营参将各官，汛兵二百三十五人，哨船八艘。
台州府，顺治十四年，设宁台总镇。十五年，改水师提督。寻改总兵。设黄岩镇标三营，水师二千七百七十五人，战哨船二十五艘。海门驻游击等官。前所驻都司等官。右营分防海洋七汛：玉环山、干江、鸡齐山、标桃屿、石塘、龙王堂、沙护。中营分防海洋六汛：郎几山、黄礁门、深门、三山、老鼠屿、川礁。左营分防海洋八汛：圣堂门、米筛门、白岱门、牛头门、靖寇门、狗头门山、茶盘山、迷江山。
温州府，顺治三年，设副将各官。十三年，改总兵官，设镇标中左右水师三营，战哨船二十二艘。中营水战兵六十五人，守兵一百五十二人，战船九艘，快哨船二艘，钓船三艘。分巡二处：一专防三盘口，水师百六十二人，战船二艘；一专防长沙海洋，水师一百二十八人，沙战船二艘。分