雷船，以海军将领统之，不隶旧制协标之内。
其内河水师船，始于同治间，仿长江水师之制，设督标水师中营，管带官一人，哨官三十二人，水师四百七十六人，舢板战船三十二艘，驻三岔河口，亲兵总哨官一人，哨官十四人，水师二百二人，舢板战船十四艘，驻西沽河口。
山东，顺治元年，始于登州府设水师营，领以守备、千总等官，凡沙唬船、边江船十三艘，水兵三百八十六人，驻扎水城，分防东西海口。十五年，移沂州镇于胶州，改胶州水师为陆营。十八年，移临清镇于登州，以隶属城守营之水师，改为前营水师。康熙四十三年，增设游击二员及守备以下各官，增水师为千二百人，改沙唬船为趕缯船二十艘，分巡东西海口，东至宁海州，西至莱州府，分为前后二营，各专其职。四十五年，以前营水师移驻胶州，巡哨南海，后营水师驻水城，巡哨北海。五十三年，裁后营经制员弁，裁水师七百人，拨趕缯船十艘赴旅顺口，仅存前营水师游击等官，趕缯船十艘，分南北二汛，以游击、守备分辖兵船之半。雍正七年，每船增兵十人，两汛共增兵百人，增双篷艍船七艘，每艘配兵三十人，南汛艍船三艘，北汛艍船四艘，北汛增将弁一人。九年，又增设艍船三艘，增兵一百九十人，每艍船共配兵四十人，南北汛各五艘。十二年，增将弁六人，又于成山头增设东汛水师，抽拨南北汛趕缯船各一艘，双篷艍船各一艘，分配战守兵，拨南北汛将弁四人，配船巡哨成山、马头嘴一带，与各汛会旗，总归水师前营管辖，以本镇统之。列定制于后：
前营水师，游击、守备各一人，千总二人，把总四人，外委千总二人，外委把总四人，水战兵八百人，守兵二百人，趕缯船十艘，双篷艍船十艘，每船各带脚船一艘。南汛驻胶州之头营子，游击一人，把总二人，外委千总、把总各一人，趕缯船四艘，双篷船四艘，共配战守兵四百人，南境巡哨至江南交界之莺游山，东至荣成县马头嘴，与东汛会旗。东汛驻养鱼池，千总、把总各一人，外委千总、把总各一人，趕缯船四艘，双篷艍船四艘，共配战守兵四百人，南境巡哨至马头嘴，与南汛会旗，北境巡哨至成山头，与北汛会旗。北汛驻登州府水城，中军守备、千总、把总各一人，外委把总二人，趕缯船四艘，双篷艍船四艘，共配战守兵四百人，南境巡哨至成山头，与东汛会旗，北境巡哨至隍城岛，与直隶水师、盛京水师分界。
江南水师，顺治初年，江苏松江等营，各有捕盗小快船四十艘，常州、镇江等营，各有一、二十艘不等。自康熙七年，查毁沿江海各营出海之船，其内河快船，亦从裁汰。嗣巡抚马祜、提督杨捷疏请苏、松、常、镇四府，各塘汛设水师巡船三百二十五艘，以靖水盗。雍正元年，江苏、浙江督抚会商，以太湖连跨二省，夙为盗薮，乃于湖滨各口，增设水师营汛巡船，分界巡防。其湖内各地，系二省交会者，令参将各率水师会同巡缉。五年，令京口八旗营仿天津水师之制，设京口水师营，分拨京口大小战船二十艘至江宁练习。其驻宁水师，凡满洲、蒙古兵千人，设协领四人，佐领、防御、骁骑校各十二人。是为江南水师之始。
镇守京口左右两路水师，设统兵官二人，分统左右营，各置沙船二十八艘，水艍船八艘，犁缯船八艘，舵椗手二百二十人，水手、匠役四百九十二人。康熙二十一年，改隶江南提督标下，分为中、左、右三营。三十六年，裁总兵官，设副将以下各官，每营设沙船二十三艘，唬船七艘，小巴船四艘，水手四百六十八人。自雍正二年后，迭有改拨，每营存唬船二艘，小巴唬船七艘，渡马浅船六艘。
江南提督水师标兵，顺治四年，始设参将以下各官，分为中、左、右、前、后五营及城守六营。中营唬船一艘，巡船十五艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘。左营唬船三艘，巡船十五艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘。右营浦江游巡哨船四艘，改设哨船一艘，桨船一艘，二橹哨船一艘，巡船七艘。前营中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船二十二艘。后营唬船一艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船八艘。
松江城守营唬船一艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船一艘。
金山营巡船十三艘。
柘林营巡船四艘。
青村营巡船二艘，小哨船一艘。
南汇营大罟船二艘，小哨船四艘。
川沙营捕匪大罟船三艘，放大罟船三艘，大罟船二艘，小哨船二艘，小号二橹哨船二艘。
刘河营巡船八艘。
吴淞营沙船三艘，艍犁船四艘。
福山营沙船四艘，官渡船四艘，巡船十六艘，后改为福山镇标，设总兵以下各官。
太湖营沙船、快船、巴唬船共三十二艘，后改为太湖协标，设副将以下各官。
常州营巡船二十九艘。
江阴营唬船二艘，巡船七艘。
靖江营唬船二艘。
杨舍营巡船二艘。
镇江城守营，顺治十五年，设镇守苏、松水师总兵官，分中、左、右水师三营，各设沙船九艘，趕缯船五艘，寻改为参将等官，设巡船二十三艘。<