，宜联合浙江省水师会操，官制则仍循其旧。
九年，以广东内河之肇庆河面县长六百馀里，仅有小巡船二十馀艘，不敷分布，九龙洋面水浅，大船难于行驶，乃于二处各增设浅水兵轮船。十年，试造尖底舢板船，分布海口。旋以船质弱小，罢之。十一年，彭玉麟以海防日亟，议设水师总统于吴淞，分设二镇：一驻直隶大沽，凡盛京、直隶、山东、江南各海口战船隶之；一驻福建厦门，凡浙江、福建、台湾、广东各海口战船隶之。两镇每年周巡海口，会哨于吴淞。是为南北洋水师建议之始。十二年，议裁减浙江沿海水师。旋浙抚刘秉璋以旧额战船二百五十馀艘，粤寇乱后，购造不及半数。光绪八年，裁水师船十三艘，停修旧船三艘，已符裁兵三成之数。惟巡洋之红单船十一艘，不在额设裁减之例。十四年，因台湾疆土日辟，改安平水师副将为台东陆路副将，改鹿港游击为安平水师游击，任新设地方镇守之职。十五年，以福建内河水师砲船旧额共九十八艘，频年裁撤，实存三十艘。每船配置水师六人，专任巡缉内洋。十六年，调拨福建海坛水师驻防福清县属，以靖海盗。十七年，于湖南选锋水师中、前、后、左、右营内，拨一千六百馀人，分防省城及岳州等处，拨长胜、毅安水师四百馀人，分防辰州、沅州、常德等处，拨澄湘水师三百馀人，分防衡州等处，以专责成。是年，因奉天辽河下游旧有巡船，上游则仅有陆队兼巡，未有水师。乃增置长龙砲船一艘，舢板船八艘，于练军内选拨弁勇，梭巡辽河上下及省南之洋河。
十九年，令提督黄翼升校阅长江提标五营，上江十三营，下江四营，定训诫之规，禁陆居，戒嗜好，勤练艺，屏虚文，不得蹈绿营之习，日久玩生。闽、浙疆臣会议，以浙江省有元凯、超武二兵轮，福建省有伏波、琛航、靖远三兵轮，与沿海水师协力缉捕。而浙省水师船自裁减后，仅存五十馀艘，闽省自马江战后，仅存艇船二十九艘，乃在宁波海口赁用红单等船八艘，酌拨弁兵，以靖海盗。二十四年，令江苏省之外海、内洋、里河、太湖四支水师，一律酌裁水勇。二十五年，以安徽省江防在下游者为东西梁山，建有砲堤砲台，在上游者为阑江矶前江口及省城之江心洲，咸有砲台，而缺乏水师，乃拨澄清营砲船二十五艘，及长江水师之芜湖、裕溪、大通、安庆、华阳各营，联络防守。又令长江五省督抚，各派将领，不分畛域，严密设防。二十六年，以奉天凤凰沿海一带，素称盗薮，曾由北洋拨兵轮巡洋，其支港各处，宜屯泊水师，乃于大孤山、太平沟、沙河三口岸，各造兵船三艘，酌配水师巡缉。三十四年，因浙江杭、嘉、湖三府捕匪兵单，于原有水师中，抽练游击一队，驻嘉兴府，增练游击三队，分布嘉兴、湖州各河港，以游击小队驻杭州省城，赁用上海商人之小轮船十艘，曳带兵梭船巡水道，以期迅捷。在南洋船坞造浅水兵轮船四艘，配快砲八尊，江苏亦制浅水兵轮船四艘，协同内河水师，仿欧西各国章程，编为联队，以资防剿。此整治水师之概略也。
其兵额之增减，船械之配置，各省随时编定。外海水师，北自盛京，南讫闽、广，凡拖缯、红单等船隶焉。内河水师，各省巡哨舢板等船隶焉。奉天、直隶、山东、福建水师船均属外海。江西、湖广水师船均属内河。江南、浙江、广东水师船分属外海、内河。其别练之师，有巡湖水师、巡盐水师、亲兵营、练军营。同治以后，增定长江水师、太湖水师之制，视旧制加详矣。
其巡防之规，外海水师巡防盛京，以协领为总巡，佐领、防御、骁骑校为分巡。直隶等沿海各省，以总兵官为总巡，副将以下为分巡。各于所治界内，率水师沿海上下，更番往来，诘奸禁暴，两界相交之处，戒期会哨，以巡缉情形，申报所属将军、总督、提督，委员稽察。若因风阻滞，各厂到界之日具报。其每岁定期，以二月、四月、五月为始，至九月事竣回营。有引避不巡，或巡而不周遍者，论如军律。其内河水师巡防之制，长江自四川巫山而东，出三江口，至湖广界，经岳州、武昌、兴国至江西界，经九江、江宁、京口等处，东至于海，各省将军、总督、提、镇分委旗标弁兵，沿江游巡，及界而还。
自康熙以后，以外海利用巨舰，内河利用轻舟，故船制屡改，而辖境辽阔，水师兵额，时有增加，遇有战事，增舰尤多。征吴三桂之役，命尚善率舟师入洞庭湖取岳州。及鄂鼐统水师，增造鸟船百艘，沙船四百三十八艘，置水师三万人。征台湾之役，命万正色督率湖南、浙江战船二百艘，由海道赴福建。姚启圣亦修战船三百艘，水师二万人。施琅之克澎湖，用战船三百艘，水师二万人。施世骠之平硃一贵，用大小战船六百馀艘。乾隆间，征缅甸之役，命湖广船匠造船于蛮暮，取道金沙江以攻缅甸，兼调福建、广东水师助之。李长庚之剿海寇，在福建造大船三十艘，名曰霆船，配置大砲四百尊，合闽、浙水师全力，转战重洋，遂平蔡牵。
道光以后，海警狎至，木质旧船不敌外洋铁舰之坚利。同治五年，始仿欧洲兵轮船式，于福建省开厂制造轮船。江苏初设轮船四艘。十一年，广东、山东各设轮船一艘，奉天设小轮船一艘，咸配置水师。