，无论漕运不通，转恐决出之水东西奔荡，不可收拾。今乃欲寻禹旧迹，重加疏导，势必别筑长堤，较之增卑培薄，难易晓然。且河流挟沙，束之一，则水急沙流，播之九，则水缓沙积，数年之后，河仍他徙，何以济运？”上然其言，乃于丁家寨凿渠引流，以杀水势。
是年，复决邳州，又决祥符硃源寨。户部左侍郎王永吉、御史杨世学均言：“治河必先治淮，导淮必先导海口，盖淮为河之下流，而滨海诸州县又为淮之下流。乞下河、漕重臣，凡海口有为奸民堵塞者，尽行疏濬。其漕堤闸口，因时启闭，然后循流而上。至于河身，剔浅去淤，使河身愈深，足以容水。”议皆不果行。十一年，复决大王庙。给事中林起龙劾方兴侵冒，上解方兴任，遣大理卿吴库礼、工科左给事中许作梅往按。起龙坐诬，复方兴任。十三年，塞大王庙，费银八十万。
十四年，方兴乞休，以吏部左侍郎硃之锡代之。是年决祥符槐疙疸，随塞。十五年，决阳柴沟姚家湾，旋塞。复决阳武慕家楼。十六年，决归仁堤。先是御史孙可化疏陈淮、黄堤工，事下总河。之锡言：“桃源费家嘴及安东五口淤淀久，工繁费钜。且黄河谚称‘神河’，难保不旋濬旋淤，惟有加意修防，补偏救弊而已。”之锡陈两河利害，条上工程、器具、夫役、物料八弊。又言：“因材器使，用人所亟。独治河之事，非澹泊无以耐风雨之劳，非精细无以察防护之理，非慈断兼行无以尽群夫之力，非勇往直前无以应仓猝之机，故非预选河员不可。”因陈预选之法二：曰荐用，曰储才；谙习之法二：曰久任，曰交代。又条上河政十事：曰议增河南夫役，曰均派淮工夫役，曰察议通惠河工，曰建设柳园，曰严剔弊端，曰釐覈旷尽银两，曰慎重职守，曰明定河工专职，曰申明激劝大典，曰酌议拨补夫役。均允行。
十七年，决陈州郭家埠、虞城罗家口，随塞。康熙元年五月，决曹县石香炉、武陟大村、睢宁孟家湾。六月，决开封黄练集，灌祥符、中牟、阳武、杞、通许、尉氏、扶沟七县。七月，再决归仁堤。河势既逆入清口，又挟睢、湖诸水自决口入，与洪泽湖连，直趋高堰，冲决翟家坝，流成大涧九，淮阳自是岁以灾告。二年，决睢宁武官营及硃家营。三年，决杞县及祥符阎家寨，再决硃家营，旋塞。四年四月，河决上游，灌虞城、永城、夏邑，又决安东茆良口。
五年，之锡卒，以贵州总督杨茂勋为河道总督。六年，决桃源烟墩、萧县石将军庙，逾年塞之。又决桃源黄家嘴，已塞复决，沿河州县悉受水患，清河冲没尤甚，三汊河以下水不没骭。黄河下流既阻，水势尽注洪泽湖，高邮水高几二丈，城门堵塞，乡民溺毙数万，遣官蠲赈。冬，命明珠等相视海口，开天妃、石闼、白驹等闸，毁白驹奸民闭闸碑。
八年，决清河三汊口，又决清水潭。副都御史马绍曾、巡盐御史李棠交章劾茂勋不职，罢之，以罗多为河道总督。九年，决曹县牛市屯，又决单县谯楼寺，灌清河县治。是岁五月暴风雨，淮、黄并溢，撞卸高堰石工六十馀段，冲决五丈馀，高、宝等湖受淮、黄合力之涨，高堰几塌，淮阳岌岌可虞。工科给事中李宗孔疏言：“水之合从诸决口以注于湖也，江都、高、宝无岁不防堤增堤，与水俱高。以数千里奔悍之水，攻一线孤高之堤，值西风鼓浪，一泻万顷，而江、高、宝、泰以东无田地，兴化以北无城郭室庐。他如渌阳、平望诸湖，浅狭不能受水。各河港疏濬不时，范公堤下诸闸久废，入海港口尽塞。虽经大臣会阅，严饬开闸出水，而年深工大，所费不赀，兼为傍海奸灶所格，竟不果行。水迂回至东北庙湾口入海，七邑田舍沈没，动经岁时。比宿水方消，而新岁横流又已踵至矣。”御史徐越亦言高堰宜乘冬水落时大加修筑。于是起桃源东至龙王庙，因旧址加筑大堤三千三百三十丈有奇。腊后冰解水溢，沿河村舍林木剷刷殆尽。
十年春，河溢萧县。六月，决清河五堡、桃源陈家楼。八月，又决七里沟。以王光裕总督河道。光裕请复明潘季驯所建崔坝镇等三坝，而移季太坝于黄家嘴旧河地，以分杀水势。是岁，茆良口塞。十一年秋，决萧县两河口、邳州塘池旧城，又溢虞城，遣学士郭廷祚等履勘。十二年，桃源七里沟塞。十三年，决桃源新庄口及王家营，又自新河郑家口北决。十四年，决徐州潘家塘、宿迁蔡家楼，又决睢宁花山坝，复灌清河治，民多流亡。十五年夏，久雨，河倒灌洪泽湖，高堰不能支，决口三十四。漕堤崩溃，高邮之清水潭，陆漫沟之大泽湾，共决三百馀丈，扬属皆被水，漂溺无算。上遣工部尚书冀如锡、户部侍郎伊桑阿访究利病。是岁又决宿迁白洋河、于家冈，清河张家庄、王家营，安东邢家口、二铺口，山阳罗家口。塞桃源新庄。
十六年，如锡等覆陈河工坏溃情形，光裕解任勘问。以安徽巡抚靳辅为河督。辅言：“治河当审全局，必合河道、运道为一体，而后治可无弊。河道之变迁，总由议治河者多尽力于漕艘经行之处，其他决口，则以为无关运道而缓视之，以致河道日坏，运道因之日梗。河水裹沙而行，全赖各处清水并力助刷，始能奔趋归海。今河身所以日浅，皆由从前归仁堤等决口不即堵塞之所致。查自清江