科，曰建筑科，曰窑业科，曰机器科，曰电器科，曰电气化学科，曰土木科，曰矿业科，曰造船科，曰漆工科，曰图稿绘画科，各授以本科原理、原则、应用方法及补助科目，多者至三十馀门，得斟酌地方情形，择合宜数科设之。均三年毕业。中等实业学堂程度视中学堂，亦分豫科、本科，课目较高等为略。初等实业学堂程度视高等小学堂，分普通、实习两种科目。均三年毕业。商船学堂亦分三等，以授航海机关之学术及驾运商船之知识技术。五年或三年毕业。实业补习普通学堂，以简易教法授实业必须之知识技能，并补习小学科目。艺徒学堂，授平等程度之工筑技术，俾成良善工匠，均可于中、小学堂便宜附设。
其不在学堂系统内者，曰译学馆，曰进士馆。先是同文馆并入大学堂，设英、法、俄、德、日本五国语文专科，后由大学分出，名译学馆。仍设英、法、俄、德、日本文各一科，无论习何国文，皆须习普通及专门学。普通科目：人伦道德、中国文学、历史、地理、算学、博物、物理及化学、图画、体操。专门科目：交涉、理财、教育。五年毕业。进士馆令新进士用翰林部属、中书者，入馆肄业，讲求实用之学。课目：史学、地理、教育、法学、理财、交涉、兵政、农政、工政、商政、格致。得选习农、工、商、兵之一科或两科。西文、东文、算学、体操为随意科。三年毕业。
各学堂管理通则之规定，与旧章大体相同。月朔，监督、教员集诸生礼堂，宣读圣谕广训一条。皇太后、皇上万寿节，至圣先师孔子诞日，春、秋上丁释奠，为庆祝日。堂中各员率学生至万岁牌前或圣人位前行三跪九叩礼。毕，各员西乡立，学生向各员行三揖礼，退。开学、散学或毕业，率学生至万岁牌前、圣人位前行礼如仪。学生向监督、教员行一跪三叩礼。监督等施训语，乃散。月朔，率学生至圣人位前行礼如仪。每日讲堂授课，多者不得过六小时。房、虚、星、昴日为休息例假，庆祝日、端午、中秋节各放假一日。每年以正月二十日开学，至小暑节散学，为第一学期。立秋后六日开学，至十二月十五日散学，为第二学期。学生赏罚，由教员、监学摘出，监督核定。赏分三种：曰语言奖励，曰名誉奖励，曰实物奖励。罚分三种：曰记过，曰禁假，曰出堂。学生以端饬品行为第一要义，监督、监学及教员随时稽察，详定分数，与科学分数合算。
学堂考试分五种：曰临时考试，曰学期考试，曰年终考试，曰毕业考试，曰升学考试。临时试无定期，学期、年终、毕业考试分数与平日分数平均计算。年考及格者升一级，不及格者留原级补习，下届再试，仍不及格者退学。评定分数，以百分为满格，八十分以上为最优等，六十分以上为优等，四十分以上为中等，二十分以上为下等，谓之及格，二十分以下为最下等，应出学。
毕业考试最重，视学堂程度，由所在地方官长会同监督、教员亲莅之，照乡会试例。高等学毕业，简放主考，会同督、抚、学政考试。大学分科毕业，简放总裁，会同学务大臣考试。分内、外二场：外场试，就学堂举行。择各科讲义精要一二条摘问，令诸生答述。内场试，择地扃试。分两场：首场以中学发题，经、史各一，经用论，史用策。二场以西学发题，政、艺各一，西政用考，西艺用说。通儒院毕业，不派员考试，以平日研究所得各种著述，评定等第，进呈，候钦定。其奖励章程，比照奖励出洋游学日本学生例，通儒院毕业，予以翰林升阶，或分用较优京、外官。大学分科毕业，最优等作为进士出身，用翰林院编修、检讨。优等、中等均作为进士出身，分别用翰林院庶吉士、各部主事。大学选科，比照分科大学降等给奖。大学豫备科及各省高等学毕业，最优等作为举人，以内阁中书、知州用。优等、中等均作为举人，以中书科中书、部司务、知县、通判用。中学毕业，分别奖以拔贡、优贡、岁贡。高等小学毕业，分别奖以廪、增、附生。初等小学属义务教育，不给奖。优级师范毕业，最优等、优等、中等均作为举人，分别以国子监博士、助教、学正用。初级师范毕业，分别奖以拔贡、优贡、岁贡，以教授、教谕、训导用。高等实业学堂毕业，最优等、优等、中等均作为举人，分别以知州、知县、州同用。中等实业学堂毕业，奖励视中学。奏定章程规定之概要如此。
三十一年，诏以各省学堂次第兴办，必须有总汇之区，以资董率而专责成。特设学部，命荣庆为尚书，熙瑛、严修为侍郎。裁国子监，归并学部。明年，学部奏请宣示教育宗旨，略言：“今中国振兴学务，宜注重普通教育，令全国之民无人不学。尤以明定宗旨，宣示天下，为握要之图。中国政教所固有，亟宜发明以距异说者有二：曰忠君，曰尊孔。中国民质所最缺，亟宜箴砭以图振起者有三：曰尚公，曰尚武，曰尚实。”上谕照所陈各节通饬遵行。寻奏定学部官制，于本部各司、科分掌教育行政事务外，设编译图书局、调查学制局、京师督学局。又拟设高等教育会议所，属学部长官监督。其议员选派部员，及直辖学堂、各省中等以上学堂监督，暨京、外官绅，学识宏通，于教育素有经验者充任。又拟设教育研究所，延聘精通教育之