五月，又谕各直省督、抚，将各省府、、州、县大、小书院，一律改为兼习中、西学之学校，其阶级，以省会之大书院为高等学，郡城之书院为中学，州、县之书院为小学。颁给京师大学章程，令仿照办理。各书院经费，侭数提作学堂经费。绅民如能捐建学堂，或广为劝募，准奏请给奖。有独立措捐钜款者，予以破格之赏。民间祠庙不在祀典者，一律改为学堂，以节糜费而隆教育。是时管学大臣之权限，不专管理京师大学堂，并节制各省所设之学堂。实以大学校长兼全国教育部长之职权。
又以同文馆及北洋学堂多以西人为总教习，于中学不免偏枯。且外国文不止一国，学科各有专门，非一西人所能胜任。必择学贯中、西，能见其大之中国学者，为总教习，破格录用，有选派分教习之权。盖以管学大臣必大学士或尚书充任，而总教习则不拘资格，可延揽新进之人才也。学生分两班，已治普通学卒业者为头班，现治普通学者为二班，犹是南洋公学之旧法。课程分普通、专门两类。普通学，学生必须通习；专门学，人各占一门或二门。普通学科目为经学，理学，掌故学，诸子学，初级算学，初级格致学，初级政治学，初级地理学，文学，体操学，语言文字学。专门学科目为高等算学，高等格致学，高等政治学、法律属之，高等地理学、测绘属之，农学，矿学，工程学，商学，兵学，卫生学、医学属之。考验学生，用积分法。学生月给膏火银两有差。上海设编译局，各学科除外国文外，均读编译课本。筹办大学章程之概要如此。
未几，八月政变，由旧党把持朝局，卒酿成庚子之祸。逮二十七年，学校渐有复兴之议。其首倡者，则山东巡抚袁世凯也。初，世凯奏陈东省开办大学堂章程，有旨饬下各省仿办，令政务处会同礼部妥议选举鼓励章程。寻议言：“东西各国学堂，皆系小学、中学、大学以次递升，毕业后始予出身，拟请按照办理。小学毕业生考试合格，选入中学堂。毕业考试合格，再选入大学堂。毕业考试合格，发给凭照。督、抚、学政，按其功课，严密扃试。优者分别等第，咨送京师大学堂覆试，作为举人、贡生。其贡生留下届应考，原应乡试者听。举人积有成数，由京师大学堂严加考试，优者分别等第，咨送礼部。简派大臣考试，候旨钦定，作为进士，一体殿试，酌加擢用，优予官阶。查世凯办法，以通省学堂一时未能遍举，先于省城建立学堂，分斋督课，其备斋、正斋，即隐寓小学、中学之规制。既经谕令各省仿办，应酌照将来选举章程，用资鼓励。”报可。所议混合科举、学制为一事，谓之学堂选举鼓励章程，各省多未及实行而罢。
辛丑，两宫回銮。以创痛钜深，力求改革。十二月，谕曰：“兴学育才，实为当今急务。京师首善之区，尤宜加意作育，以树风声。前建大学，应切实举办。派张百熙为管学大臣，责成经理，务期端正趋乡，造就通才。其裁定章程，妥议具奏。”旋谕将同文馆并入大学堂，毋庸隶外务部。二十八年正月，百熙奏筹办大学堂情形豫定办法一条，言：“各国学制，幼童于蒙学卒业后入小学，三年卒业升中学，又三年升高等学，又三年升大学。以中国准之，小学即县学堂，中学即府学堂，高等学即省学堂。目前无应入大学肄业之学生，通融办法，惟有暂时不设专门，先设立一高等学为大学豫备科。分政、艺二科，以经史、政治、法律、通商、理财等事隶政科，以声、光、电、化、农、工、医、算等事隶艺科。查京外学堂，办有成效者，以湖北自强学堂、上海南洋公学为最。此外如京师同文馆，上海广方言馆，广东时敏、浙江求是等学堂，开办皆在数年以上，不乏合格之才。更由各省督、抚、学政考取府、州、县高材生，咨送来京，覆试如格，入堂肄业。三年卒业，及格者升大学正科。不及格者，分别留学、撤退。大学豫科与各省省学堂卒业生程度相同，由管学大臣考验合格，请旨赏给举人。正科卒业，考验合格，请旨赏给进士。惟国家需材孔亟，欲收急效而少弃才，则有速成教员一法。于预备科外设速成科，分二门：曰仕学馆，曰师范馆。凡京员五品以下、八品以上，外官道员以下、教职以上，皆许考入仕学馆。举、贡、生、监，皆许考入师范馆。仕学三年卒业，择尤保奖。师范三年卒业，择优异者带领引见。生准作贡生，贡生准作举人，举人准作进士，分别给予准作小学、中学教员文凭。盖豫科生必齲年岁最富、学术稍精者，再加练习，储为真正合格之才。速成生则取更事较多、立志猛进者，取其听从速化之效。至增建校舍，附设译局，广购书籍、仪器，尤以宽筹经费为根原。经费分两项：一，华俄道胜银行存款之息金，全数拨归大学堂；一，请饬各省筹助经费，每年大省二万金，中省一万金，小省五千金，常年拨解京师。”从之。
七月，百熙遵拟学堂章程，疏言：“古今中外，学术不同，其所以致用则一。欧、美、日本诸邦现行制度，颇与中国古昔盛时良法相同。礼记载家有塾，党有庠，州有序，国有学。比之各国，则国学即大学，家塾、党庠、州序即蒙学、小学、中学。等级盖甚分明。周以前选举、学校合而为一，汉以后专重选举，及隋设进士科以来，士皆殚精