之王振、汪直、曹吉祥、刘瑾、魏忠贤辈，专权擅政，陷害忠良，出镇典兵，流毒边境，煽党颂功，谋为不轨，覆败相寻，深可鉴戒。朕裁定内官职掌，法制甚明。如有窃权纳贿，交结官员，越分奏事者，凌迟处死。特立铁牌，俾世遵守。”
秋七月癸未朔，日有食之。壬辰，复遣廷臣恤刑。辛亥，命直省绘进舆图。
八月丙辰，免灵丘县灾赋。癸亥，以阿尔津为宁南靖寇大将军，同卓罗驻防荆州，祖泽润防长沙。乙丑，以多罗安郡王岳乐为左宗正，贝勒杜兰为右宗正。癸酉，谕曰：“畿辅天下根本，部臣以运河决口，议徵逋赋。朕念畿内水旱相仍，人民荼苦，复供旧税，其何以堪。今悉与蠲免。工筑之费，别事筹画。”免曹、城武等七州县及临清卫、齐河屯上年灾赋。
九月癸未，免凤阳灾赋。壬寅，定武会试中式殿试如文进士。硃玛喇、敦拜师还。丙午，颁御制资政要览、范行恆言、劝善要言、儆心录，异姓公以下，文三品以上各一部。戊申，免两当、宁远二县灾赋。
冬十月辛亥朔，设尚宝司官。壬子，免蔚州及阳和、阳高二卫灾赋。己未，免甘州、肃州、凉州、西宁灾赋。辛酉，命每年六月虑囚，七月覆奏，著为令。癸亥，免磁、获嘉等八州县灾赋。甲子，免隆平十一年以前逋赋、淄川等八县灾赋。丙寅，免宣府、大同灾赋。戊辰，诏曰：“帝王以德化民，以刑辅治。苟律例轻重失宜，官吏舞文出入，政平讼理，其道曷由。朕览谳狱本章，引用每多未惬。其以现行律例缮呈，朕将亲览更定之。”辛未，以祝世允为镶红旗满洲固山额真。癸酉，以孙廷铨为兵部尚书。乙亥，修玉牒。丙子，龚鼎孳以罪免。
十一月壬午，免滨、堂邑等十三州县灾赋。癸未，郑成功将犯舟山。乙酉，巡按御史顾仁坐纳贿，弃市。丁亥，谕曰：“国家设督抚巡按，振纲立纪，剔弊发奸，将令互为监察。近来积习，乃彼此容隐。凡所纠劾止末员，岂称设官之意。嗣有瞻顾徇私者，并坐其罪。”郑成功将陷舟山，副将把成功降于贼。戊子，幸南苑。免郧阳、襄阳逋赋，汲、淇、胙城等县灾赋。戊申，免临漳灾赋。
十二月丙辰，免耀州、同官、雒南灾赋。癸亥，免安吉、仁和等十州县，宣化八卫灾赋。乙丑，颁大清满字律。免临清、齐河等十州县，东昌卫灾赋。丙寅，于时跃、祖泽远平九团两都瑶、僮一百九十二寨。己巳，多罗敏郡王勒度薨。癸酉，免涿、庆云等三十三州县，永平卫灾赋。甲戌，以宜尔德为宁海大将军，讨舟山寇。以秦世祯为安徽巡抚，提督操江，陈应泰为浙江巡抚，白如梅为山西巡抚。免临海等十八县，祥符、兰阳二县，怀庆、群牧二卫灾赋。
是年，喀尔喀部额尔德尼诺穆齐台吉、门章墨尔根楚虎尔台吉、伊世希布额尔德尼台吉、额尔克戴青台吉来朝。朝鲜，喀尔喀部毕席勒尔图汗、俄木布额尔德尼、泽卜尊丹巴胡土克图、丹津喇嘛、车臣汗、土谢图汗、土谢图汗下喇嘛塔尔达尔汉诺颜，厄鲁特部杜喇尔浑津台吉、都喇尔浑津阿里录克三拖因、阿巴赖诺颜、鄂齐尔图台吉、噶尔丹霸，索伦部马鲁凯，讷墨礼河头目伊库达，黑龙江头目库拜，班禅胡土克图，俄罗斯察幹汗遣使均来贡。朝鲜三至。厄鲁特阿巴赖、鄂齐尔图台吉再至。
十三年春正月庚辰朔，幸南苑。癸未，谕修通鉴全书、孝经衍义。丙申，免汉中、凤翔、西安上年灾赋。己亥，郑成功将犯台州，副将马信以城叛，降于贼。庚子，免广德上年灾赋十之一。甲辰，免富阳等六县上年灾赋。乙巳，免江西八年逋赋。
二月戊午，免荆州、安陆、常德、武昌、黄州上年灾赋。庚申，免广平上年灾赋。丙寅，免岢岚、五台上年灾赋。戊辰，命两广总督移驻梧州。官军败李定国于南宁。庚午，定部院满官三年考满、六年京察例。以李率泰为浙闽总督，王国光为两广总督。甲戌，以赵布泰为镶黄旗固山额真。丙子，幸南苑，较射。免东平、濮、长山上年灾赋。己卯，大学士冯铨致仕。
三月庚辰，幸瀛台。癸未，免景陵等九县上年灾赋。癸巳，以费雅思哈为议政大臣，马之先为川陕三边总督。乙未，陈之遴有罪，以原官发盛京閒住。癸卯，谕曰：“朝廷立贤无方，比来罢谴虽多南人，皆以事论斥，非有所左右也。诸臣毋歧方隅，毋立门户，毋挟忿肆诬，毋摭嫌苛讦，庶还荡平之治。”丙午，谕曰：“朕亲政以来，夙夜兢业，每期光昭祖德，蚤底治平，克当天心，以康民物。方睿王摄政，斥忠任奸，百姓怨嗟，望朕亲政。乃者冬雷春雪，陨石雨土，所在见告。六载之中，康乂未奏，灾祲时闻。是朕有负于百姓也。用是恐惧靡宁，冀昭告于上帝祖宗，实图省戒，有司其涓日以闻。”
夏四月辛亥，广西故明永安王硃华堧及土司等来降。乙卯，以灾变祭告郊庙。辛酉，官军破贼姚黄于夷陵。壬戌，太原阳曲地震。丁卯，以觉罗科尔坤为吏部尚书。庚午，免麟游荒赋。壬申，以梁清标为兵部尚书。丁丑，尚可喜复揭阳、普宁、澄海三县。
五月辛卯，免大宁荒赋。癸巳，幸南苑。己亥，以罗讬为镶蓝旗满洲固山额真。觉罗郎球免。命明安达礼为理籓院尚书。以张悬锡为宣大总督