適南旋中辍。其后元视学江、浙，萃诸名宿为经籍篡诂，其凡例犹宗梿所手订也。生平敦实，寡嗜好，惟以著述为乐。尝撰左氏补注三卷，博徵汉、魏诸儒之说，不苟同立异。所著别有毛郑诗诂训考证、周礼郑注疏证、穀梁传疏证、说文字义广证、战国策地理考、南海郁林合浦苍梧四郡沿革考、岭南诗钞，共数十卷，校经堂诗钞二卷。
子瑞辰，字元伯。嘉庆十五年进士，选翰林院庶吉士。散馆，改工部营缮司主事。擢郎中，因事罣误，发盛京效力。旋赏主事，奏留工部，补员外郎。复坐事发往黑龙江，未几释归。历主江西白鹿洞、山东峄山、安徽庐阳书院讲席。发逆陷桐城，众惊走，贼胁之降，瑞辰大言曰：“吾前翰林院庶吉士、工部都水司员外郎马瑞辰也！吾命二子团练乡兵，今仲子死，少子从军，吾岂降贼者耶？”贼执其发爇其背而拥之行。行数里，骂愈厉，遂死，年七十九。事闻，恤廕如例，敕建专祠。
瑞辰勤学著书，耄而不倦。尝谓：“诗自齐、鲁、韩三家既亡，说诗者以毛诗为最古。据郑志答张逸云：‘注诗宗毛为主，毛义隐略，则更表明。’是郑君大旨，本以述毛，其笺诗改读，非尽易传。而正义或误以为毛、郑异义。郑君先从张恭祖受韩，凡笺训异毛者，多本韩说。其答张逸亦云：‘如有不同，即下己意。’而正义又或误合传、笺为一。毛诗用古文，其经字多假借，类皆本於双声、叠韵，而正义或有未达。”於是乃撰毛诗传笺通释三十二卷，以三家辨其异同，以全经明其义例，以古音、古义证其譌互，以双声、叠韵别其通借。笃守家法，义据通深。同时长洲陈奂著毛诗传疏，亦为专门之学。由是治毛诗者多推此两家之书。
子三俊，字命之。优贡生。举孝廉方正，学宗程、硃。以国难家仇，愤欲杀贼。咸丰四年六月，率练勇追贼至周瑜城，力战死，年三十五。著有马徵君遗集。
张惠言，字皋闻，武进人。少受易经，即通大义。年十四为童子师，修学立行，敦礼自守，人皆称敬。嘉庆四年进士，时大学士硃珪为吏部尚书，以惠言学行特奏改庶吉士，充实录馆纂修官。六年，散馆，改部属，珪复特奏授翰林院编修。七年，卒，年四十有二。
惠言乡、会两试皆出硃珪门，未尝以所能自异，默然随群弟子进退而已。珪潜察得之，则大喜，故屡进达之，而惠言亦龂龂相诤不敢隐。珪言天子当以宽大得民，惠言言：“国家承平百年馀，至仁涵育，远出汉、唐、宋之上，吏民习於宽大，故奸孽萌芽其间，宜大伸罚以肃内外之政。”珪言天子当优有过大臣，惠言言：“庸猥之辈，幸致通显，复坏朝廷法度，惜全之当何所用？”珪喜进淹雅之士，惠言言“当进内治官府、外治疆埸者”，与同县洪亮吉於广坐诤之。
惠言少为词赋，拟司马相如、扬雄之文。及壮，又学韩愈、欧阳修。篆书初学李阳冰，后学汉碑额及石鼓文。尝奉命诣盛京篆列圣加尊号玉宝，惠言言於当事，谓旧藏宝不得磨治；又谓翰林奉命篆列圣宝，宜奏请驰驿，以格於例不果行。
生平精思绝人，尝从歙金榜问故，其学要归六经，而尤深易、礼。著有周易虞氏义、虞氏消息，序曰：“自汉成帝时，刘向校书，考易说，以为诸易家皆祖田何、杨叔、丁将军，大义略同，惟京氏为异。而孟喜受易家阴阳，其说易本於气，而后以人事明之。八卦六十四象，四正七十二候，变通消息，诸儒祖述之，莫能具。当汉之季年，扶风马融作易传，授郑康成作易注。而荆州牧刘表、会稽太守王朗、颍川荀爽、南阳宋忠皆以易名家，各有所述。唯翻传孟氏学，既作易注，奏上之献帝。翻之言易，以阴阳消息六爻，发挥旁通，升降上下，归於乾元用九而天下治。依物取类，贯穿比附，始若琐碎，及其沉深解剥，离根散叶，暢茂条理，遂於大道，后儒罕能通之。自魏王弼以虚空之言解易，唐立之学官，而汉世诸儒之说微，独资州李鼎祚作周易集解，颇采古易家言，而翻注为多。其后古书尽亡，而宋道士陈抟以意造为龙图，其徒刘牧以为易之河图、洛书也，河南邵雍又为先天、后天之图，宋之说易者翕然宗之，以至於今，牢不可拔，而易阴阳之大义，盖尽晦矣。大清有天下，元和徵士惠栋，始考古义孟、京、荀、郑、虞氏，作易汉学，又自为解释，曰周易述。然掇拾於亡废之后，左右采获，十无二三。其所述大氐宗祢虞氏，而未能尽通，则旁徵他说以合之。盖从唐、五代、宋、元、明朽坏散乱千有馀年，区区修补收拾，欲一旦而其道复明，斯固难也。翻之学既邃，又具见马、郑、荀、宋氏书，考其是否，故其义为精。又古书亡，而汉、魏师说可见者十馀家，然唯郑、荀、虞三家略有梗概可指说，而虞尤较备。然则求七十子之微言，田何、杨叔、丁将军之所传者，舍虞氏之注，其何所自焉？故求其条贯，明其统例，释其疑滞，信其亡阙，为虞氏义九卷；又表其大旨，为消息二卷。”又著有虞氏易礼二卷，虞氏易候一卷，虞氏易言二卷。
初，惠栋作周易述，大旨遵虞翻，补以郑、荀诸儒，学者以未能专一少之。仪徵阮元谓汉人之易，孟、费诸家，各有师承，势不能合。惠言传虞氏易，即传汉孟氏易矣，孤经绝学也。惠言又