句结城寇绝我军归路，我军左右荡决，寇分路而遁，重围始解。是役也，秀成自苏，侍贤自浙，先后围攻大营四十六昼夜。国荃率诸将居围中，设奇破之，弟贞幹力顾饷道，将士狞目髹面，皮肉几尽。
大营解围后，秀成仍屯秣陵关、六郎桥一带。侍贤谓秀成曰：“今江北方空虚，出其不料，驰攻扬州、六合，括其粮以济军；复分兵攻国籓於安庆，彼必分军驰救。我今屯秣陵、溧水之师，乘虚击之，鲜不济矣。”秀成纳之，别遣伪纳王郜永宽、伪对王洪元春等自九洑洲渡江，窜越江浦、浦口者五六万。洪元春陷巢县、含山、和州，遂踞运漕镇、铜城徬、东关各隘，知无为州米足兵单，径扑州城。提督萧庆衍攻运漕、铜城，会彭玉麟水师焚毁三石卡，进破运漕镇，连覆陶家嘴、昆山冈寇垒，绕出铜城徬后。徬口寇冲围而出，冈东、徬西寇皆遁走。国荃遣军守东西梁山顾江隘，令李昭庆带五营自芜湖北渡援无为，以保皖南各军运道。国籓调李续宜、毛有铭移防庐州。赖文鸿、古隆贤等自广德、宁国窜入旌德，总兵硃品隆败之，解围去。其攻泾县之寇，亦被援军击退。先是昌化寇率众数万窜入绩溪，冀绝旌德防军粮路。唐义训会浙军克之。
十月，我军连复上虞、嵊县、新昌。宗棠屡攻龙游、汤谿、兰谿、严州诸处，破垒卡三十馀，惟附城诸垒不可破。寇以死守城，穴墙开砲，军士多伤亡。龙游、汤谿两城为金华要道，必两城下，后路清，而后可攻金华。兰谿一水直达严州，必兰谿下，饷道通，而后可收严郡。此三城者，所谓如骨之梗在喉也。十一月，寇窜太平、黟县，进陷祁门，将窥伺江西饶州、景德。宗棠恐阻粮路，檄军助剿，未至而祁门已克。魏喻义攻严州，严州形势，外通怀宁，内达杭州。宗棠援浙，谋首下严州，而寇在三衢，图犯江西，断我饷道。乃先清衢郡，饬刘典攻兰谿以分寇势，踞寇伪朝将谭富与兰谿谭星为兄弟，互相首尾。喻义屯铜关，据险设卡。谭富纠桐庐、浦江诸寇屡来犯，喻义伏兵钟岭脚，歼寇前锋，寇惊还，闭城固守。是夜我军梯城而入，歼寇万馀，立克府城，焚船三百馀艘，获伪印二百九十三颗，馀弃械投诚。
是时绍兴伪首王范汝增、伪戴王黄呈忠、伪梯王练业绅率大股由诸暨、东阳、义乌、永康西窜金华，号称十万，以援汤谿、龙游。分党窜武义，林文察败之。丹阳、句容寇窜镇江，冯子材督军大破於丁村、薛村诸处。寇踞常熟、昭文二县以窥江北。距城十八里有福山者，为江南重镇，与江北狼山镇对峙，由江入海之锁钥也。二县守寇钱桂仁、骆国忠、董正勤与太仓酋钱寿仁密通款我军，李鹤年攻城，寇约内应。国忠夜饮桂仁酒，就座斫杀伪冯天安钱嘉仁、伪逮天福姚得时，以城降。明日，会水师周兴隆破平福山浒，白、徐六泾诸海口寇垒，进规太仓，而苏州内应事泄。谭永光悉众争常熟，招江阴、无锡寇六七万来会，又令杨舍寇乘隙陷福山。官军固守常、昭。
十二月，寇围而攻之，团勇溃。周兴隆告急，鸿章遣援，而江阴杨厙寇已窜福山各口阻援师；遣常胜军及水师攻福山口河西寇垒不下。寇攻常熟急，西北门营垒已失，常胜军阻寇福山不得达。李鹤年攻太仓，寇援甚众，亦难骤进。鸿章增调浦东军由海道绕赴福山，会师援剿。鹤年等自望仙桥进攻太仓，败之。时蒋益澧攻汤谿不下，刘璈会攻兰谿寇垒亦失利，刘典合水陆进攻，寇坚伏不出。龙游、汤谿援寇適大至，乘间西趋扰江、皖，益澧等迎击汤谿援寇於金华白龙桥，大创之。伪扶王陈得才、伪端王蓝成春、伪增王赖文光、伪顾王梁成富、伪主将马融初，皆陈玉成悍党也。玉成命北犯牵掣官军，而得才见庐州被围急，欲南援，为防军所扼，奔窜於河南、湖北、山、陕之间，与诸捻合，遂成流寇。
二年正月，秀成调集常州、丹阳诸寇屯江宁下关、中关，号二十万，自九洑洲陆续渡江，意欲假道皖北，窜扰鄂疆，截断江、皖各军运道，图解江宁之困，盖近攻不如取远势也。既渡江，陷浦口，李世忠退入江浦。伪匡王赖文鸿、伪奉王古隆贤、伪襄王刘官方纠合花旗广寇数万围泾县。鲍超自宁国驰援，诱之入伏，寇败还垒，而垒已为我军所焚，寇大奔，立解城围。及还军，而西河寇乘虚犯垒，见超帜，仓皇遁去。蒋益澧、康国器克汤谿，金华寇恃汤谿、龙游、兰谿三城为犄角，我军攻汤谿，寇势渐蹙。伪朝将彭禹兰诣营乞降，益澧令内应，诱诛伪天将李尚扬等八名。是夜彭禹兰启西门纳军，杀九千馀，城寇遂尽。伪戴王黄呈忠、伪首王范汝增、伪梯王练业绅自白龙桥退奔金华，龙游寇闻风而遁，左宗棠收之，刘典收兰谿，高连升等收金华，而武义、永康、东阳、义乌、浦江皆相继收复。
浙东败寇从於潜、昌化越丛山关，窜皖南绩溪，复逾箬岭，归旌德，并句容、太平大股麕集石埭，谋西上。建德大震，江西饶州、九江边亦急。刘典等克诸暨，谭星自浦江败后，窜踞桐庐，宗棠饬刘培元会水军合击之，遏其西趋。蒋益澧乘势进攻绍兴，提督叶炳忠会英、法军克之。败寇万馀，与桐庐踞寇沿江筑垒抗拒，我军水陆合攻，遂复桐庐。萧山寇亦窜走，浙东肃清。
左宗棠遣益澧进攻杭州。先是杨辅清