相继失守。辅清率宁国寇围攻徽州、休宁两城，伪成天安窜休宁之屯谿，寻又窜篁墩。十二月，总兵张运桂坚守徽城待援，乘间出击破寇垒。寇复踞屯谿、市街、潜口一带，以绝徽军粮道。国籓调总兵硃品隆驰赴休宁，与唐义训先破屯谿街口寇卡，毁河边四垒，进平石桥、潜口寇巢，寻派军护粮赴徽。寇由万安街分股包抄，我军奋击之，寇不敢遏。张运桂以严市街为寇踞，粮道梗阻，与休宁军会商兜剿，毁寇十馀垒，辅清受伤。值除夕大雪，寇掠无所得，悉遁去，围立解。
是月提督李世忠克复天长、六合。寇自八年踞六合，屡攻不下。黄雅冬思反正，潜约世忠先削其外垒，而己为内应。世忠自滁州至六合，遂大破寇垒，斩冯匊林，直造城下。黄雅冬倒戈，纵火拔关，我军拥入城，擒斩冲天福林国安、顶天燕江玉城、攀天福魏正福五十馀人，皆悍党也。诏黄雅冬更名朝栋。世忠以黄朝栋密约天长寇陈世明为内应，朝栋所部未尽薙发，诈为援寇进城下，世明拔关纳军，遂克之。
是岁汀州寇窜陷连城，分窜上杭。江西寇复阑入武平境，时寇谋分股：一图窥龙、岩，一由清流、宁化扰延平、邵武。总督庆端以延平为全省关键，驰往驻{札糸}；克连城，进攻汀州，创洪容海，克之。而江西续窜武平之寇，亦为副将林文察等击败。国籓疏请饬庆端严守浦城，俾寇不得由闽境窜江西。
同治元年正月，是时浙、苏两省膏腴尽为寇有，全浙所存，尚有湖州、海宁两城，又孤悬贼中，独衢州一府尚可图存。国籓疏荐福建延邵建宁道李鸿章署理江苏巡抚，别立一军，由沪图苏；以围攻金陵属曾国荃，以浙事属左宗棠。於是东南寇势日就衰熄。世忠攻江浦，约刘元成、单玉功为内应，杀伪报王、伪宗王、操天福等七十馀名，立复江浦；至浦口，复克其城。自江、浙两省寇纠众数十万，并力东犯，连陷奉贤、南汇、川沙等县，烽火遍浦东，逼上海。各隘防军遇寇辄溃走。寇既为法船所击退，踞天马山陈防桥，复为李恆嵩所破，败入青浦城中。其浦东大股踞高桥，欲断我要隘。美人华尔、白齐文扑寇巢，毁其壁，进攻浦东、浦南，大破之。寻嘉定、青浦寇进逼七宝，以窥上海围防军郭太平营。薛焕督军解其围，甫还军，寇复大至。
李鸿章率湘淮军援江苏，营上海城南。黄翼升统水师相继至。宗棠出岭攻开化，杨辅清纠众踞张村、银坑、石佛岭，窥伺衢州，连战走之，阵斩蓝以道，开化肃清。九洑洲寇窜江浦、浦口、和州，分党犯桥林。二月，嘉善、平湖寇水陆犯金山、洙泾，七日，陷之。松江、上海俱震。东梁山伪爱王黄崇发、西梁山伪亲王某、裕谿口伪善王陈观意纠合雍家镇寇，分股上窜五显庙、水家村、汤家沟，水师李成谋登岸破之，斩黄崇发。初，宗棠既克开化，进军常山璞石，侦李侍贤嗾寿昌兰谿寇纠遂安恭天义赖连绣犯开化马金，谋长围困我。宗棠回攻遂安，乘援寇未集，先剿克之。
三月，李元度败寇於江山碗窑，再败小青湖援寇。江山贼进陷峡口闽军曾元福垒，踞之，连营数十里。宗棠自常山遣军进剿。林文察之克遂昌也，寇并聚松阳，蔓延云和、景宁，寻以次击退，进规处州，破寇松阳平港头寇垒，寇奔处州碧湖。上年国籓檄鲍超平青阳城外寇垒，作长围困之。伪奉王古隆贤潜纠浙江死党三万馀人进扑铜陵，分我军势。超率援军尽扫横塘等处百馀卡三十六垒。古隆贤侦知大军北出，阴统泾、太悍寇筑九垒於青阳猪婆店阻我师，以通粮道。適超凯旋，进逼青阳，克之。
国荃既募湘勇回安庆，国籓饬令攻取巢县、含山、和州、西梁山等处，以为欲制寇死命，先自巢始，遂进屯县城东北。刘连捷等赴望山冈以扼南路，寇乘我垒未定来犯，拒败之。初，寇踞江岸以北，上援庐州，下卫江宁，分布坚城，拒守要塞，通上下之气，杜我进兵要路。至是攻破巢县铜城闸、雍家镇，旋收巢县，复含山，再会水师大破裕溪口寇屯。
寇之踞金陵也，以全力扼东西梁山，两山对峙，大江至此一束，水急流洄，视小孤山尤为形胜。国荃以此关为金陵锁钥，循江上逼西梁山而阵。寇走江州，水陆争起搏击，遂克之。自是金陵重镇已失其半。伪匡王赖文鸿窜繁昌县，纠约踞寇扑我三山峡营。曾贞幹乘寇未逼，督军分道驰剿，寇大乱，殪其渠吴大嘴，遂克繁昌。芜湖援寇潜屯鲁港以图抗拒，贞幹会同水师夺其船百馀艘，夷三垒十馀卡，馀悉遁芜湖；贞幹督各军驰抵南陵，立复其城。鲍超既克青阳，议先取石埭、太平以固徽州之防，继取泾县以达宁国之路；乃分军五路，由龙口直抵石埭，寇矢石交下，总兵娄云庆从西、北二门攻入，立复县城。寇大惧，纠集南陵援寇大至，屯甘棠镇阻我师。我军分三路进击，破十七垒，遂复太平，擒斩伪主将徐国华等三十七人。先是超攻青阳时，有伪佐将张遇春率众万馀乞降，超纳之，令暂屯景德三谿。至是太平贼寇将北走，张遇春骤起歼之。超回军挟之，进攻泾县，复其城，遂东渡清弋江，进规宁国。
李侍贤自陷常山，与龙游寇同扑衢州，总兵李定泰等败之，复常山，解衢州之围。宗棠驰至常山，攻克招贤关，以通衢州粮道。其扑江山之寇，檄李元度会攻