请分米雇民船仍由运河行转搬之法。马政废弛，请令营马量减数成，牧马除借营用，令变价解库。各省营兵应调赴战，请饬将伤病撤回。空粮缺伍，实力整顿。军兴各省州县仓穀或遭蹂躏，或备供亿，实存綦少，请令地方官劝富民纳粟入仓，量予奖励。”又疏陈江防五事，曰：扼要津，联陆路，断岸奸，议火攻，增小船，并下部议行。琦善卒，托明阿为钦差大臣，同书仍留佐军事。粤匪再陷扬州，托明阿坐罢，德兴阿代之，诏同书帮办军务。德兴阿连复扬州、浦口，进规瓜洲、镇江，军事日有起色，多出同书赞画。克瓜洲，命以侍郎候补，赐黄马褂。
八年六月，授安徽巡抚。时庐州再陷，粤匪、捻匪相勾结，淮南北蹂躏殆遍。上命同书帮办钦差大臣胜保军务，安徽境各军均归节制。同书移军定远，贼自天长犯三河集，击破之，复天长。捻匪扰定远，粤匪亦来犯，同书督兵击卻之。九年，捻匪大举陷六安，攻定远，同书与胜保夹击，大破之，复六安。捻匪复合粤匪数万人来犯，定远陷，同书移军寿州，下吏议，革职留任。同书奏：“近来可用之兵，莫如楚师。谍闻楚师顺江而下，已破石牌。倘别遣劲旅间道急趋英、霍，徐图怀、定，此上策也。如楚师转战未能深入，用苗沛霖辅以官军，先拔怀远，此中策也。若二者皆不能行，则以胜保攻明光，李世忠逾清流关以保东路，臣守寿州，与傅振邦、关保相应援，制孙葵心、刘添福二巨捻以保西路，此下策也。”葵心攻颍州，同书遣兵击之，败走，复霍山。十年，遣兵攻炉桥，焚贼垒，进击舒城援贼，破王家海贼圩。胜保议招葵心，上谘同书，同书言师方攻程家圩贼巢，不必曲意招抚。俄拔程家圩。
英法联军犯京师，胜保请召苗沛霖练勇入援，命同书传旨；同书亦自请开巡抚缺，率之同行：寻并谕止之。粤匪陈玉成攻寿州，同书力御，寻退。苗沛霖本怀反侧，见时方多故，益猖恣，因与寿州团练徐立壮、孙家泰等有嫌，会其所部数人为立壮所杀，遂围攻寿州。同书密疏陈沛霖跋扈，诏饬会袁甲三查办。沛霖抗不听命，围攻益急，纵兵四扰。立壮所部多旧捻，素骚扰为民怨，十一年，坐其通捻，杀之。又下孙家泰於狱，家泰自杀。以蒙时中付沛霖，沛霖仍不息兵。召同书还京，以贾臻代署巡抚。同书令署布政使张学鹏劝谕沛霖，始撤围。奏言：“沛霖过犹知改，请量加抚慰，责剿捻赎罪，俾袁甲三、贾臻筹办善后事宜。”
同治元年，曾国籓奏劾同书於定远失守时弃城走寿州，复不能妥办，致绅练有仇杀之事。迨寿州城陷，奏报情形前后矛盾，命褫职逮问。王大臣会鞫，拟大辟。父心存病笃，暂释侍汤药。心存卒，复命持服百日仍入狱。二年，改戍新疆。三年，都兴阿请留甘肃军营效力，以花马池战捷，获贼渠孙义保，赐四品顶戴。寻卒，复原官，赠右都御史，谥文勤。
严树森，初名澍森，字渭春，四川新繁人，原籍陕西渭南。道光二十年举人，入赀为内阁中书。改知县，铨授湖北东湖，捐升同知。以防剿功，晋秩知府，署武昌府。巡抚胡林翼荐之，八年，擢荆宜施道，迁按察使。十年，迁布政使，擢河南巡抚。
时皖捻纵横於河南境内，又有汝宁土匪陈大喜、金楼教匪郜永清皆猖獗。十一年正月，捻匪姜台凌自归德犯省城，援军集，遂南趋陷唐县，攻南阳府城，围邓州、裕州，三月，始回巢。孙葵心犯光州、陈州，亦至三月始出境。苗沛霖党勾结陈大喜等扰陈州、汝宁边境。五月，雷彦等围鹿邑，经月始回巢。七月，刘狗大股分黑、白、花三旗扰归德，结金楼教匪攻马牧寨。树森出驻陈州督剿。八月，刘狗窜硃仙镇，犯省城。树森率兵回援，贼窜汜水、巩县，掠黑石关，回窜郑州，仍由归德回巢。姜台凌亦犯沈丘、裕州，越樊城，复入荆子关，扰南、汝两郡，由柘城、鹿邑回巢。十月，刘狗复大举援金楼寨，为官军所阻，未得逞。时苗沛霖复叛，结张洛行，与汝宁、正阳、息县诸匪连络，将犯河南。树森偕团练大臣毛昶熙合疏请调宜昌镇总兵李续焘及鲍超部将陈由立，各募楚勇三千赴豫，又调吉林马队一千，以资防剿，请增兵之后，山西、陕西月协银各二万两，允之。树森老於吏事，在湖北从胡林翼治兵久，坚愎自是，与毛昶熙不合，事相掣肘。治河南年馀，御贼虽有擒斩，军事不得要领，迄无起色，调湖北巡抚。
同治元年，粤匪陈得才自南阳趋陕边，捻匪窜永宁，延及雒南。树森疏言：“当今贼势，不患其并力南趋，特虑其潜窥陕境。西、同、凤三府为全陕菁华所萃，宜急驱出关，会合夹击，以保完善之区。”五月，贼犯郧西，令总兵何绍彩败之何家店。会道员金国琛赴郧策应，令周凤山分兵剿正阳、罗山，破贼巢，克邢家集、龙井、陡沟、明港。叙、捻诸匪合陷随州，陈大喜陷京山，马融和陷德安，令舒保击败德安贼，穆正春复京山、应城，襄北稍定。因星变，奏劾钦差大臣胜保。又奏言：“籓、臬任重，不得以军功擅请记名。标兵缺额，请以战勇充补。阵亡恤赏欠发，许作子孙捐项，叙给官阶职衔贡监。京官五品以下，官俸实发不折。”下部分别议行。
二年，捻匪窜城，树森赴黄州视师，督舒保、穆正春等击走之。