省城，毓宝击败之，震鹏负创遁。进攻杨林，毓英鼻受枪伤，回军省城，连破石虎关贼垒，擒贼渠李洪勋，擢授巡抚。附省贼垒犹繁，与之相持。总督刘岳昭初至滇，由马龙进剿寻甸，失利，贼势复炽。
毓英疏陈军事、饷事，略曰：“杜文秀窃踞迤西十有三载，根深蒂固。今拟三路进兵，一出迤南牵贼势，一出三姚、永北断贼援，大军由楚雄、镇南直捣中坚，使贼面面受敌，不能兼顾。臣选精锐六万，更番战守，既无停兵之时，亦免师老之患。兵勇无须外募，以本省兵剿本省贼，既习地利，复熟贼情。现在滇省兵勇乡团已调集八万有奇，拟俟附省逆垒肃清，认真裁汰，选定精锐，以资得力。滇省绿营额设马步兵三万七千数百名，承平日久，训练多疏，将不知兵，兵不知战。仓卒有事，则募勇以代兵；饷需支绌，不能不后兵而先勇。於是兵丁愈困，营务益弛。通省营兵所存不及十一，臣拟即此六万人中，择补营额，目前仍令随征，事竣再饬归伍。既有常业，自有恆心，责以成功，收效必速。滇省近年用兵，多藉乡勇之力，拟按州县之大小，定徵调之多寡，共编乡勇四十营，分两班随营征讨，饷银仍由各地筹捐。两年之内，迤西肃清，即可裁撤归农。滇省兵勇，向於饷银之外，每名月支米三斗。现拟用兵六万，每年共需米二十馀万石，为数甚钜。历年皆按成熟田亩酌抽釐穀，约十分取其一二，资助军食，与川之津贴，黔之义穀，名异实同。今请照旧抽收，并将近年可徵地丁抽粮，全数改徵粮米，如不敷用，再行筹价采买接济，一俟军事肃清，分别裁止。滇省绿营官兵俸饷，有闰之年，需银七十万两有奇，无闰需银六十四万数千两。现既易勇为兵，则饷银较勇粮稍厚。倘因筹饷维艰，每月先给半饷，加以赏需军火各费，约共需银八万两。盐课、地丁、釐税之外，每月所短不过三四万两，应由外省协拨，较之向例协饷，有减无增。若发全饷，则每月应由外省拨银六万，较常例所增亦属无几。现在部臣指拨各省协滇军饷，如浙江、广东、江西，距滇较远，筹拨起解，往返经年，缓难济急。请饬改作京饷，另由川、楚等省应解京饷，改拨济滇，两无窒碍。至於选任镇将，宜不拘资格，不惜情面，凡有能将三千兵以上，才当一面者，虽其名位尚卑，亦宜委署要职。其谋勇平常，仅止熟习营务，纵系实缺，另予差遣，勿使幸位。”疏入，下部如所议行。
八年春，贼酋杨荣率众数万踞杨林长坡，分党踞小偏桥、十里铺、羊芳凹、牛街、兴福寺，省城大震。毓英督诸军分剿，夺回小偏桥诸处，复连败之於萧家山、鹦鹉山，擒斩逾万，划除省东贼垒百馀。西北两方贼仍负隅拒守，毓英令副将杨玉科、总兵李维述等规迤西，与腾越义兵约期并进。於是副将张保和等克富民、昆阳，总兵马忠等克呈贡、晋宁、易门、澂江、禄丰，玉科等克武定、禄劝、元谋、罗次、定远、大姚，维述等克广通、楚雄、南安及黑琅、元水诸井。凡悍酋剧匪，擒斩殆尽，省城解严，被诏嘉奖。
九年，澂江回复叛，踞府城，毓英率军往剿，围其郛，十年二月，克之。并拔竹园、江那诸贼巢，迤西军亦克丽江、剑川、永北、鹤庆、宾川、姚州、镇南诸城。疏言：“滇省前事之误，东南未定，遽议西征，屡致丧师失地。今通筹全局，必先扫荡东南两迤，然后全军西上，方无后顾之忧。”
十一年，迤东、迤西两路悉平，西军亦先后克复永昌、邓川、浪穹、赵州、云南、永平、蒙化及上下两关，而大理贼犹坚守，恃腾越、顺宁互为应援。十一月，毓英亲往督战，先断贼援，直薄城下，掘隧道，陷城垣数十丈，夺东南两门入。贼守内城，昼夜环攻，守陴贼多死。杜文秀穷蹙服毒，其党舁之出城诈降，斩首传示，勒缴军械，贼党犹请缓期。毓英令杨玉科率壮士二百入城受降，布重兵城外夹击之，斩酋目三百馀名，生擒杨荣、蔡廷栋、马仲山，磔於市。大理肃清，赐黄马褂，予骑都尉世职。十二年，顺宁、云州、腾越皆下，全滇底定，加太子少保，晋一等轻车都尉世职。
十三年，兼署云贵总督。光绪二年，丁继母忧。五年，服阕，授贵州巡抚，加兵部尚书衔。七年，调福建督办台湾防务，开山抚番，濬大甲溪，筑台北城。八年，署云贵总督，九年，实授。
法越兵事起，自请出关赴前敌，屯兴化。十年，命节制关外粤、楚各军。会广西军溃於北宁、太原，毓英全师退屯保胜，以未奉命，降二级留任。七月，命进军决战，连复越南馆司、镇安、清波、夏和诸县，屯馆司关，规取河内诸省。令丁槐、何秀林攻宣光，以地雷毁其城，擒斩甚众。十一年，京察，开复降级处分，令覃修纲攻克缅旺、清水、清山。法兵援宣光，掘地营延袤十馀里扼之。破法兵於临洮府，夺梅枝关。连克不拔、广威、永祥，进捣山西、河内，广西军亦收复谅山。越南兴安、宁平、南定、兴化、太原各省闻风响应。会和议成，诏班师。五月，回驻边关。十二年，会勘边界，兼署巡抚。十三年，剿顺宁倮黑夷匪张登发，平之。十四年，京察，议叙。十五年，皇太后归政，晋太子太保。寻卒，赠太子太傅，入祀贤良祠，云南、贵州建专祠，谥襄勤。子春煊，官至四川总督。