五年，武昌复陷，赴援，胡林翼拔充营官。击贼於汉阳小河口、鲇鱼套，屯沌口，破宗关贼垒，擢都司。会金口陆军溃，贼聚攻胡林翼於高庙。超飞棹往救，力战卻之。德安、应城之贼复由涢口来犯，火其舟，拔林翼於重围。进捣贼营，右肋中砲，裹创而战，复金口。论功最，擢游击，赐号壮勇巴图鲁。
六年，林翼疏荐超勇敢冠军，晓暢兵略，以水师总兵记名。夏，会攻汉阳，扼沙口，断贼往来，江面肃清，擢参将。武昌既复，林翼令赴长沙募勇三千，创立霆字五营，改领陆军。七年，补陕西宜君营参将。攻小池口，破贼於孔垅，援黄梅。时总兵王国才战殁濯港，贼甚张。众议水陆暂扼守，超不可，主速战，多隆阿赞之，以骑兵助攻亿生寺贼垒。战一日夜，伤左膝右臂，不退，遂破黄蜡山贼巢，生擒贼渠，斩馘五千有奇。擢副将，加总兵衔。乘胜焚黄梅后山，进屯宿松二郎河，平凉亭、祝家塝贼垒。陈玉成拥众数万踞枫香驿，连破之，夺其十三垒。八年，援麻城，克黄安，偕多隆阿进规太湖。超攻北门，烧贼火药库，破雷公埠、石牌贼营，斩馘万馀，授湖南绥靖镇总兵。进攻安庆省城，而三河军败，陈玉成纠捻众上犯，都兴阿令超退守二郎河，遏贼冲。超偕多隆阿大破贼於宿松东北花凉亭，斩伪成天侯韦广新以下渠目三百馀，歼贼八千，散胁从数万。捷闻，优叙。
九年，会诸军围太湖，陈玉成纠众十馀万来援。多隆阿总统诸军，撤围分屯，备大战。超壁小池驿，十二月，贼至，压超军而垒，凡百馀座。超破其十馀垒，贼悉锐更番环逼，昼夜力御，棚帐皆为砲裂，士卒伤痍，粮道将断，超志气弥奋，相持二十馀日。十年正月，援军自潜山天堂出，诸军乃约期夹击。超空壁而出，贼围之数重，为方阵拒战，四路贼皆破。合诸军尽焚贼垒，斩馘无算，遂克太湖。官文等奏捷，谓：“非超勇鸷坚强，以二千人独御前敌，血战兼旬，则援应各师，必有缓不济急之势。”诏加提督衔。超与多隆阿不相下，为胡林翼故，勉屈听节制。临危，多隆阿复不力救，虽成功，颇觖望，林翼慰解之，遂乞假省亲去军。
曾国籓方规皖南，奏令超增募万人以从，未至，悍贼黄文金由浙入赣，李秀成亦由芜湖上犯，取包围远势。诏促超赴军，而宁国陷，褫勇号，责图克复。贼已直犯祁门大营，国籓兵单，誓死守。超至休宁，闻警，日驰百馀里，连战皆捷，驱贼出岭，国籓亦不意超军遽至也。诏嘉其神速，赐号博通额巴图鲁。进援江西景德镇，与左宗棠会剿，因雨迟至。宗棠假霆军旗帜，贼见之卻走。复回踞洋塘、谢家滩。十一年正月，超至，大战破之。黄文金负创遁，追败之黄麦铺，复建德。曾国籓奏请以超军为江、皖游击之师。陈玉成与安庆城贼夹攻官军，颇为所困。超渡江援之，大破贼於赤冈岭，生擒悍党刘瑲琳。既而李秀成犯江西，连陷二十馀城。超破之於樟树镇，斩馘万馀，被珍赉。又进解抚州围。调援江北，至南昌，闻安庆已克复，回军战於贵溪、双港、湖坊河口，大破贼，遂克铅山，解广信围，李秀成遁走。命遇提督缺出侭先题奏。规取青阳，败援贼，尽毁城外贼垒。
同治元年，诏推恩诸将，嘉超屡著战功，赐黄马褂，授浙江提督。时贼聚皖南，东连苏、浙，西濒江，上自建德、东流，下至铜陵、芜湖。超东西策应，解铜陵围，克青阳、石埭、太平、泾县，大破杨辅清於宁国，复其城，予云骑尉世职。贼首洪容海、张遇春先后投诚，受降，编其众为启化营、春字营，从战皆有功。是年冬，丁母忧，请终制，诏夺情留军。二年，战泾县。贼设伏来诱，超亦潜伏山坳以伺，断贼后路，夹击，大破之，遂克西河，湾沚。黄文金窜鄱阳，方欲赴援，李秀成又陷江浦、浦口，超驰救，破贼青溪镇，连克巢县、含山，和州、江浦、浦口，北岸肃清；遂会水师克九洑洲，而青阳又被围，驰至，贼遁，追破之於曹塘，进攻东坝贼巢，克之。贼酋先后率众降者数万，建平、溧水皆复。曾国籓奏以东坝为重隘，令超驻守，以备游击。
三年春，克句容、金坛。时苏、浙败贼聚於江西，命超驰援，破贼於丰城。会江宁克复，论功，予一等轻车都尉世职。七月，破许湾贼巢，连克崇仁、宜黄、东乡、奎谿、南丰。贼酋陈炳文以六万人降，受之。追贼赣南，解宁都围，歼贼万计，赐双眼花翎。贼酋汪海洋遣党诈降，整军以待，骤击之，溃，入瑞金，城下尸积为阜，城贼亦遁，追至福建境。洪秀全幼子福瑱为赣军所擒，诏锡封超一等子爵。
先是，超请回籍葬亲，赐银五百两，命俟江、皖肃清后予假。是年冬，申前请，允之，复命假满率旧部出关援新疆。所部多南人，畏远征，疆臣多以为言，请留剿粤匪馀孽，曾国籓亦请先留甘肃内地。超已令部将宋国永率八千人先发，四年春，至湖北金口，军溃。诏急起超於家，免其出关，改赴福建，命沿途招抚溃勇。溃勇多降众，仍由江西趋粤与匪合，超由赣州进剿。时粤匪馀党聚踞嘉应州，汪海洋已为闽军所歼，贼中推谭体元为首。十二月，战於平成铺，贼踞岭而阵。超合闽、粤诸军大破之，追至城下，宵遁。预设伏於黄沙障及北溪、白沙坝，五路兜击，谭体元中枪坠崖死，诸酋擒斩无