决砀山石将军庙、萧县九里沟。辅乃议设减水坝，於萧、砀、宿迁、桃源、清河诸县河南北两岸为坝十三，坝七洞，水盛藉以宣泄。辅复察清口淮、黄交会，黄涨侵灌运河，乃自新庄闸西南开新河至太平坝；又自文华寺开新河至七里闸，复折向西南，亦至太平坝；改以七里闸为运口，由武家墩烂泥浅转入黄河。运口距黄、淮交会处约十里，自此无淤垫之患。疏报，并议行。辅勘清水潭决口屡塞屡冲，乃弃深就浅，筑东西长堤二道，并挑新河八百四十丈，疏积水。山阳、高邮等七州县民田，至是皆出水可耕。
十八年，辅疏报，并请名新河曰永安河，报闻。翟家坝淮河决口成支河九道，辅饬淮扬道副使刘国靖等督堵塞，至是工竟，辅诣勘疏报，并言：“山阳、宝应、高邮、江都四州县潴水诸湖，逐渐涸出。臣今广为招垦，俾增赋足民，上下均利。”屯田之议自此起。
漕船自七里闸出口，行骆马湖达窑湾。夏秋盛涨，冬春水涸，重运多阻。辅议濬湖旁皁河故道，上接泇河通运。疏入，下廷议，上问诸臣意若何，左都御史魏象枢曰：“辅请大修黄河，上发帑二百五十一万，计一劳永逸。前奏堤坝已筑十之七，今又欲别开河道，所谓一劳永逸者安在？臣等虑漕运有阻，故议从其请。”上曰：“象枢言良是。河虽开，必上流浩瀚，方免淤滞。今雨少水涸，恐未必有济。即已成诸工，亦以旱易修，岂得恃为永固耶？”十九年五月，辅丁忧，命在任守制。秋，河复决，辅疏请处分，上趣辅修筑。二十年三月，辅疏言：“臣前请大修黄河，限三年水归故道。今限满，水未归故道，请处分。”下部议，当夺官，上命戴罪督修。
二十一年五月，上遣尚书伊桑阿、侍郎宋文运、给事中王曰温、御史伊喇喀勘工。候补布政使崔维雅奏上所著书，议尽罢辅所行减水坝诸法，大兴工，日役夫四十万，筑堤以十二丈为率。上命从伊桑阿等往与辅议之。伊桑阿等遍勘诸工，至徐州，令辅与维雅议，辅疏言：“河道全局已成十八九。萧家渡虽有决口，而海口大辟，下流疏通，腹心之害已除。断不宜有所更张，隳成功，酿后患。”伊桑阿等还京师，下廷议，工部尚书萨穆哈等请以萧家渡决口责辅赔修，上以赔修非辅所能任，未允；又议维雅条奏，伊桑阿请召辅询之。十一月，辅入对，言萧家渡工来岁正月当竟，维雅所议日用夫四十万、筑堤以十二丈为率，皆不可行。维雅议乃寝。上命塞决口，仍动正项钱粮。二十二年四月，辅疏报萧家渡合龙，河归故道，大溜直下，七里沟等四十馀处险汛日加，并天妃坝、王公堤及运河闸座，均应修筑。别疏请饬河南巡抚修筑开封、归德两府境河堤，防上流疏失。上均如所请。十二月，命复辅官。
二十三年十月，上南巡，阅河北岸诸工，谕辅曰：“萧家渡堤坝当培薄增卑，随时修筑。减水坝原用以泄水，遇泛溢横流，安知今日减水坝不为他年之决口？且减水旁流，浸灌民田，朕心深不忍。当筹画措置。”上见堤夫作苦，驻辔慰劳久之，谕辅戒官役侵蚀工食。复视天妃闸，谕辅宜改草坝，并另设七里、太平二闸杀水势。舟过高邮，见田庐在水中，恻然愍念。遣尚书伊桑阿、萨穆哈察视海口。还跸，复阅高家堰，至清口，阅黄河南岸诸工，谕辅运口当添建闸座，防黄水倒灌；复召辅入行宫慰谕，书阅河堤诗赐之。
辅以上念减水淹民，因议於宿迁、桃源、清河三县黄河北岸堤内开新河，谓之中河。於清河西仲家庄建闸，引拦马河减水坝所泄水入中河。漕船初出清口浮於河，至张庄运口，中河成，得自清口截流，迳渡北岸，度仲家庄闸，免黄河一百八十里之险。伊桑阿等还奏，议疏濬车路、串场诸河至白驹、丁溪、草堰诸口，引高邮等处减水坝所泄水入海。上命安徽按察使于成龙董其事，仍受辅节制，奏事由辅疏报。
二十四年正月，辅疏请徐州迤上毛城铺、王家山诸处增建减水闸，下廷议。上谕减水闸益河工无益百姓，不可不熟计，命遣官与辅详议，若分水不致多损民田，即令兴工。九月，辅疏报赴河南勘黄河两岸，请筑考城、仪封、封丘、荥泽堤埽，下部议行。成龙议疏海口泄积水，辅谓下河地卑於海五尺，疏海口引潮内侵，害滋大；议自高邮东车逻镇筑堤，历兴化白驹场，束所泄水入海，堤内涸出田亩，丈量还民，馀招民屯垦，取田价偿工费。疏闻，上谓取田价恐累民，未即许。
寻召辅、成龙驰驿诣京师廷议，成龙议开海口故道，辅仍主筑长堤高一丈五尺，束水敌海潮。大学士、九卿从辅议，通政使参议成其范、给事中王又旦、御史钱鎯从成龙议，议不决。上命宣问下河诸州县人官京师者，侍读宝应乔莱等乃言：“从成龙议，工易成，百姓有利无害；从辅议，工难成，百姓田庐坟墓多伤损，且堤高一丈五尺，束水至一丈，高於民居，伏秋溃决，为害不可胜言。”上颇右成龙，遣尚书萨穆哈、学士穆称额诣淮安会漕督徐旭龄、巡抚汤斌详勘。二十五年正月，萨穆哈等还奏，谓民间皆言濬海口无益。寻授成龙直隶巡抚，罢濬海口议。四月，召斌为尚书，入对，上复举其事以问，斌言濬海口必有益於民。上责萨穆哈、穆称额还京时不以实奏，夺官。召大学士九卿及莱等定议濬海