将军。调李世杰为四川总督，以书麟为两江总督，陈用敷为安徽巡抚。
十二月丁未，福康安等败贼于仑仔顶庄等处，解嘉义围，晋封福康安、海兰察公爵，各赏红宝石顶、四团龙补褂。己酉，迁常青福州将军。以舒常为湖广总督，福长安为工部尚书。以福康安劾柴大纪、蔡攀龙战守之功多不确实，谕：“柴大纪坚持定见，竭力固守。蔡攀龙奋勇杀贼，竟抵县城。或在福康安前礼节不谨，致为所憎。岂可转没其功，遽加无名之罪？”以孙士毅调兵运械，不分畛域，赏双眼花翎。戊午，以德成奏称柴大纪贪纵废弛，命福康安、李侍尧据实参奏，并以喀什噶尔办事大臣雅德在福建时徇隐，逮之。庚申，伍拉纳护福建巡抚。以永铎为盛京将军，尚安为乌鲁木齐都统。
五十三年春正月丁卯，免兵差经过之福建晋江等二十县本年额赋有差。辛未，明兴奏山西永宁等处河清。丙戌，柴大纪褫职逮问。福州将军常青以徇隐柴大纪褫职。
二月甲午朔，获林爽文，赏福康安、海兰察御用佩囊，议叙将弁有差。晋封大学士和珅三等伯爵。大学士阿桂、王杰，尚书福长安、董诰议叙。予孙士毅轻车都尉世职。乙未，释黄仕简、任承恩。壬寅，伊犁参赞大臣海禄以劾奎林失实褫职，与奎林俱罚在拜唐阿上效力。乙巳，立先贤有子后裔五经博士。辛亥，上巡幸天津。庚申，获台湾贼首庄大田，议叙提督许世亨等有差。辛酉，免天津府属逋赋。壬戌，上御阅武楼阅兵。
三月戊辰，命侍郎穆精阿赴湖北，会同舒常查案。壬申，林爽文伏诛。癸未，再赏福康安、海兰察紫缰、金黄辫珊瑚朝珠及福康安金黄腰带。
夏四月辛丑，以旱命刑部减徒以下罪。丙午，上阅健锐营兵。庚戌，免江苏清河等十八州县、淮安等五卫上年水灾额赋有差。己未，富勒浑、雅德以失察柴大纪论绞。
五月丁卯，蠲河南商丘等六州县上年水灾额赋有差。癸酉，蠲直隶保安等七州县上年水灾民田旗地额赋。庚辰，上秋狝木兰。癸未，宥常青罪。庚寅，赈台湾难民。
六月丙申，富纲奏缅甸孟陨差头目业渺瑞洞等赍金叶表文进贡，谕护送迅来行在。戊戌，赈湖南溆浦县水灾。免安徽凤阳等四府州卫上年水灾额赋有差。辛丑，赈湖北长阳县水灾。丁未，免陕西华州等三州县五十一年水灾额赋。戊申，安南人阮惠等叛逐其国王黎维祁，维祁来求援。命孙士毅赴广西抚谕之。免山西大同等九州县上年旱灾额赋。
秋七月辛酉朔，以安南牧马官阮辉宿奉黎维祁之母及子来奔，谕孙士毅等抚恤之。壬戌，赈山东胶州、寿光水灾。湖北荆州江溢，府城及满城均浸没，谕舒常等查勘抚恤。丁丑，赏还闽浙总督李侍尧伯爵，予现袭之李奉尧提督衔。戊寅，湖北武昌、汉阳江溢。以毕沅为湖广总督，伍拉纳为河南巡抚，明兴为乌什办事大臣。赈安徽怀宁等州县水灾。柴大纪处斩。召姜晟来京，以惠龄为湖北巡抚。戊子，廓尔喀据后藏济咙、聂拉木，命成德与穆克登阿剿之。
八月甲辰，赈湖北监利、石首水灾。丙午，上幸木兰。庚戌，以木兰大水，停行围。癸丑，廓尔喀复陷宗喀，以鄂辉为将军、成德为参赞大臣剿之。丙辰，安南阮岳等遁，命孙士毅督许世亨进剿，命富纲统兵进驻蒙自。戊午，上回驻避暑山庄。
九月壬戌，缅甸番目细哈觉控等入觐，谕暹罗、缅甸现均内附，二国应修好，不得仍前构兵。戊辰，赈湖北沔阳、黄冈水灾。癸酉，免安徽宿州等二十一州县卫上年水灾额赋。
冬十月庚寅，廓尔喀侵后藏萨喀。命孙士毅出关督剿。甲午，赈湖北潜江水灾。丙申，赈湖北江夏等三十六州县水灾。己亥，以黎维祁闇弱，谕孙士毅选择黎裔入京朝贡。庚子，命云南提督乌大经统兵出关，檄谕阮惠等来归。癸卯，调舒濂为驻藏大臣，以恆瑞为伊犁参赞大臣。调都尔嘉为盛京将军，恆秀为吉林将军。改嵩椿为西安将军，以兴兆代之。琳宁为黑龙江将军。乙卯，李侍尧病，命福康安署闽浙总督。
十一月辛酉，免安徽望江等二十六州县卫本年被水额赋有差。癸亥，李侍尧卒，以福康安代之。以勒保为陕甘总督，海宁为山西巡抚。丙子，修湖北江陵、公安各堤。免湖北江陵等三十六州县本年水灾额赋有差。
十二月己丑，释富勒浑、雅德。孙士毅奏败贼于寿昌江。癸巳，又败贼于市球江。丙申，收复黎城，复封黎维祁安南国王，封孙士毅为一等谋勇公，许世亨为一等子。戊申，命孙士毅班师。
五十四年春正月己未，以元旦受贺，朝班不肃，褫纠仪御史等职，尚书德保摘翎顶，都察院、鸿胪寺堂官均下部严议。庚申，成德以收复宗喀、济咙，克聂拉木奏闻。癸酉，礼部尚书德保卒，以常青代之。甲戌，以缅甸孟陨悔罪投诚，谕令睦邻修好，并赐暹罗国王郑华纟采币，令其解仇消衅。免福建淡水等六县灾欠额赋。癸未，阮惠复陷黎城，广西提督许世亨等死之。召孙士毅来京，削公爵。调福康安为两广总督。以伍拉纳为闽浙总督，梁肯堂为河南巡抚。以海禄为广西提督。甲申，安南国王黎维祁复来奔，命安插广西。丙戌，褫孙士毅职，命仍以总督顶戴在镇南关办事。