付银，互换条约。于是大久保往琅軿，命领事福岛九成谒沈葆桢陈五事：一，请派人受代；一，请撤销两国大臣来往公文；一，请被害遗骸于收埋处建碑表墓，并许日人以后登岸扫祭；一，请以后台湾交涉事件，由中国官交厦门领事。葆桢以抚局已成，允之。惟于登岸扫祭一节，覆以须有领事官钤印执照，祭毕即归。遂各遣员交代。事讫，西乡从道率兵去。
光绪元年八月，日本署公使郑永宁牒中国，请补正前约。李鸿章令津、沪两道详议，复将各条逐加查核，因致总署云：“通商章程第二十八款，进出口税未便一例，及日本进口税则第八十三条(毛曷)布类，又日入至日出不准开封锁舱，应行更正补载等事，可以照准。但换定之约，不便改写，祗可由总署另给照覆，附刊章程之后。至鸦片严定罚款一条，彼国既有各国贸易通例，或可权宜照办，无须补列。查曾国籓预筹日本议约奏内亦云，彼国严禁传教与鸦片，中国犯者即由中国驻员惩办，或解回本省审办，而郑署使照会末段，华民归彼地方官照料，是中国遣理事官一端，实有难再从缓之势。查横滨、长崎、神户三处华民最多，总理事官驻最要之口，各口即选各帮公正司事，俾为副理事官，遇事妥商办理，实与中外大局有裨，应主持早办。”总署亦以为然。会日使议改章，欲于鸦片进口照西例加倍严罚，李鸿章亦援西例与争。议久不决。
是秋，日本派使臣带兵船往朝鲜攻毁砲台，以朝鲜砲击日船，特遣森有礼为驻华公使，要求总署发给护照，派人前往，又欲代递文信。总署坚拒。李鸿章谓宜由总署致书朝鲜政府，劝其以礼接待，或更遣使赴日本报聘，辨明开砲轰船原委，以释疑怨，为息事宁人之计。总署即派办理大臣往问朝鲜政府。朝鲜政府颇不原与日本通商往来，而日使森有礼往谒李鸿章，则以高丽非中国属邦为词。因提出条件三：一，高丽以后接待日本使臣；一，日本或有被风船只，代为照料；一，商船测量海礁，不要计较。鸿章答以高丽系中国属国。事既显违条约，中国岂能不问，森使急求与高丽通好，鸿章请徐之。
二年八月，始命直隶候补道许钤身出使日本，拟设理事、副理事各员。日使森有礼诣李鸿章，谓中国商民向由日本地方官管理。中国若派领事官前往，恐日本不肯承认。鸿章答以同治十年修好条规第八条云，两国指定各口，彼此均可设理事官。兹照约选派理事，日本何能不认？日本自订约后，在上海、厦门、天津设立领事，中国无不照约招待。彼此一例，何能稍有区别？森使乃不复言。
是年，日本屯兵琉球。福建巡抚丁日昌以琉球距台北鸡笼，水程不过千里，请统筹全局以防窥伺，报可。三年三月，日本因内乱，来借士乃得枪子百万，政府以十万应之。五月，琉球国王密遣陪臣赍咨赴闽，诉日本阻贡物。闽浙总督何璟等以闻，并出使日本大臣何如璋。如璋乃往日本外务寺岛宗则商议，并照会其外务卿，延不答覆。五年正月，日人驱遣琉球官员之在日本者，令回琉球，并派内务大丞松田往琉球，废琉球为郡县，并令改用纪元。如璋函报总署，复亲往见其内务卿伊藤博文及外务卿，皆不得要领。时有美前总统格兰忒者，游历来华，又将有日本之行。鸿章因以琉球事相讬，格兰忒慨然以调处自任。及至日本，以琉球各岛本分三部，商拟将中部归球立君复国，中、东两国各设领事保护，其南部近台湾，为中国属地，割隶中国，北部近萨摩岛，为日本属地，割隶日本，冀可息事。而日本总称琉球为己属国，改球为县，系其内政。格兰忒请另派大员会商。李鸿章因达总署，请照会日本外务省，请其另派大员来华会商。而日本则欲中国另派大员前往东京，或如光绪二年在烟台会议。李鸿章执不许。
会俄因废约事，与中国肇衅。詹事府左庶子张之洞奏：“俄人恃日本为后路，宜速联络日本。所议商务，可允者早允，但得彼国两不相助，俄事自沮。”政府得奏，因徇日使户玑之请，以南部宫古、八重山二岛归中国，而加入内地通商照各国利益均霑之条。户玑又以本国现与西洋各国商议增加关税、管辖商民两事，美国已允，请一并加入条约。总署以日本既与各国商议，俟日本与各国订定后，再彼此酌议，暂不并加入约。已定议矣，而右庶子陈宝琛以俄事垂定，球案不宜遽结，日约不可轻许上言。两江总督刘坤一、出使日本大臣黎庶昌、内阁学士黄体芳各有建议，皆不果行。八年十二月，李鸿章复与总署议球案，欲就前议中国封贡议结，仍不决。
十年九月，日本公使榎本武扬请于登州、牛庄二口运豆饼。政府以非条约所有。李鸿章谓：“同治元年总署徇英使之请，暂弛豆禁，而已开竟难禁止。同治八年，沪上洋商雇用轮船径从牛庄装豆运往长崎，当经总署饬总税司查禁议罚，不果。以后豆石渐多流入东洋，旋值中、日订约，其时豆禁开已十年。日使援例为请，但允以通商别口买运，至登、牛两处，仍坚持不许。榎使所请，仅豆饼一项。中日通商章程载明年限届满，两国方可会商酌改。今尚未订改期，若婉辞以缓，至重修商办，似无不可。如仍哓渎，应予通融，声明原约其馀各款照旧信守，庶于羁縻之中，仍寓限制之义。”<