。八月，恭亲王奕留守，再议和。九月，和议成，所得通商、军费、权利与英等，而传教、建堂初无限制。十月，始定传教之人须薙须服中国衣冠，其入内地，预领中、法合同护照，向所过地方官钤印，以为信据。法人以江南为新许商埠，欲早通商，请助剿粤贼，不许。十一年二月，法公使布尔布隆偕英使普鲁斯由津如京，此为各国公使驻京之始。先是条约有还清军费始行退出广东省城之议。至是，法人哥士耆来言，原先撤兵退出粤城，并求广东籓署赁作领事署，又索还京城及各省天主堂旧基，均许之。九月，交还广东省城。
同治元年正月，粤贼陷苏、松、常、太等郡，朝议募洋将助剿，法人与焉。是年，贵州提督田兴恕杀教民，毁天主堂，法使哥士耆以为言，朝廷命崇实、骆秉章、劳崇光及张亮基入黔查办，久不决。会哥士耆回国，新公使柏尔德密至，始允照中律拟结。同治四年，法请开江宁商埠。五年，议招工章程。七年冬，四川酉阳州有杀伤教士案，又有贵州遵义民教仇杀事。法使罗淑亚上书称远臣，归咎于中国官吏，且言当离京往津，候本国水师提督到后偕行，以为要挟。命湖广总督李鸿章查办，久之始结。十二月，始遣钦使总理各国事务衙门章京志刚、孙家穀偕美前使蒲安臣至法递国书，见其国主那波仑第三，复见其后，各致颂词，成礼而退。
九年夏五月，天津民击杀法领事丰大业。初，天津喧传天主教堂迷拐幼孩，抉眼割心为药料，人情汹汹。三口通商大臣崇厚等诣法领事丰大业赴堂同讯，观者麕集。偶与教堂人违言，砖石相抛击，丰大业怒，径至崇厚署忿詈，至拟以洋枪。出遇刘杰，复以枪击伤某仆，遂群起殴毙丰大业，鸣锣集众，焚毁教堂、洋房数处，教民及洋人死者数十人。事闻，命大学士直隶总督曾国籓赴津查办。国籓至津，示谕士民，宣布怀柔外国、息事安民之意。法公使罗淑亚来见，以四事相要：曰赔修教堂；曰埋葬丰大业；曰查办地方官；曰惩究凶手。寻牒请将府、县官及提督陈国瑞抵罪，国籓拒之。与崇厚会奏，称：“仁慈堂查出男女，讯无被拐情事，恳降谕各省，俾士民咸知谣传多系虚诬，请将道、府、县三员均撤任查办。”奏入，报可。遂于八月拟结，办为首十数人，天津府、县减戍黑龙江。
十一年，法遣全权大臣热福里如京换约，并进书籍。十二年，穆宗亲政，各国请觐见，法与焉。是年法人侵越南，入河内省城。光绪四年，始遣兵部左侍郎郭嵩焘以英使兼法使。明年，代以太常寺少卿曾纪泽。
越南向隶籓属，自法据西贡，胁越人订约，许于红江通舟。曾纪泽与法外部言：“法、越私立之约，中国不能认。”不省。八年二月，法兵船由西贡驶至海防进口。三月，陷河内省。朝议始遣提督黄桂兰等军出关。既而法公使宝海向北洋大臣李鸿章要求中国退兵，及通商保胜，驱逐盗贼，画红江南北为界。朝廷下各督抚议。法人见不允所求，遂欲增军撤使以相恫喝。
九年三月，战事起。法据南定，旋为刘永福所败。会越王薨，法以兵胁嗣王立新约二十七条，尽攘其兵权、利权、政权，并申明越境全归保护，中国不得干预。中国闻之，乃命唐炯、徐延旭出关，彭玉麟办粤防，张佩纶会办军务。会山西、北宁连陷，官军退守太原，法乘势扰浙、闽，陷基隆、澎湖，至是始宣战。十年二月，谅山大捷，法忽请和，帝命吴大澂、陈宝琛、张佩纶会办海防，以议和全权任李鸿章。先是福禄诺所拟五条，仅允不索兵费，不入滇境，而要挟中国不再与闻越事。议久不决。五月，法兵以巡防为名，忽攻谅山，败走。藉口中国不能如约退师，责赔费，不允。法使巴德诺出京。六月，攻台北基隆，为刘铭传所败。秋七月，法水师提督孤拔等率兵船入闽，泊马尾等处，迫交船厂，欲据为质。时张佩纶以会办海防兼船政大臣，漫不设备，法遂开砲毁船厂。复分兵扰东京、台湾，陷基隆，窥谅山。十一年春正月，犯镇南关，杨玉科战没。旋收复，大创之，并砲毙孤拔于南洋。法人乃请和，原照天津原约，不索偿款。李鸿章与议新约十条：一，法自行弭乱，华不派兵赴北圻；二，法与越自立约，或已定或续立，中、越往来，不碍中国威望体面，亦不违此次约；三，六个月会勘界，北圻界处或稍改正，以期两益；四，法保护人民欲过界入中国，边员给照，华人入越，请法给照；五，保胜以西、谅山以北通商，华设关，法设领事，北圻亦可驻华领事；六，三个月内会定商款，法运越货税照他处较减；七，法在北圻造铁路，中国若造铁路，雇法工；八，此约十年再修；九，法即退基隆，二月内台湾、澎湖全退，中、法前约照旧等语。旋法派戈可当代为驻华公使，欲改前约，出所拟二十四条。鸿章以与原约不符，不许。戈使又欲办滇、粤矿务，及制造土货，运越南食盐，复拒之。又欲于云南省城及广西内地设领事。时正遣邓承修、周德润与法勘界，鸿章谓宜俟边界勘明，方能指定通商码头。戈使又要求税则减半，鸿章祗允五分减一。又另拟通商章程十八款，并将互交逃犯、洋药进出口各条亦拟在内。法使复援咸丰八年约内第七款有“工作”二字，仍要求增入在口制造，许之。
时云南