滞。既不追尊祖曾，疑其礼义，问于群臣。散骑常侍徐广据晋典宜追立七庙，又敬其父则子悦，位弥高者情理得申，道愈广者纳敬必普也。玄曰：“《礼》云三昭、三穆，与太祖为七，然则太祖必居庙之主也，昭穆皆自下之称，则非逆数可知也。礼，太祖东向，左昭右穆。如晋室之庙，则宣帝在昭穆之列，不得在太祖之位。昭穆既错，太祖无寄，失之远矣。”玄曾祖以上名位不显，故不欲序列，且以王莽九庙见讥于前史，遂以一庙矫之，郊庙斋二日而已。秘书监卞承之曰：“祭不及祖，知楚德之不长也。”又毁晋小庙以广台榭。其庶母蒸尝，靡有定所，忌日见宾客游宴，唯至亡时一哭而已。期服之内，不废音乐。玄出游水门，飘风飞其仪盖。夜，涛水入石头，大桁流坏，杀人甚多。大风吹硃雀门楼，上层坠地。
玄自篡盗之后，骄奢荒侈，游猎无度，以夜继昼。兄伟葬日，旦哭晚游，或一日之中屡出驰骋。性又急暴，呼召严速，直官咸系马省前，禁内哗杂，无复朝廷之体。于是百姓疲苦，朝野劳瘁，怨怒思乱者十室八九焉。于是刘裕、刘毅、何无忌等共谋兴复。裕等斩桓脩于京口，斩桓弘于广陵，河内太守辛扈兴、弘农太守王元德、振威将军童厚之、竟陵太守刘迈谋为内应。至期，裕遣周安穆报之，而迈惶遽，遂以告玄。玄震骇，即杀扈兴等，安穆驰去得免。封迈重安侯，一宿又杀之。
裕率义军至竹里，玄移还上宫，百僚步从，召侍官皆入止省中。赦扬、豫、徐、兗、青、冀六州，加桓谦征讨都督、假节，以殷仲文代桓脩，遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷北距义军。裕等于江乘与战，临阵斩甫之，进至罗落桥，与敷战，复枭其首。玄闻之大惧，乃召诸道术人推算数为厌胜之法，乃问众曰：“朕其败乎？”曹靖之对曰：“神怒人怨，臣实惧焉。”玄曰：“人或可怨，神何为怒？”对曰：“移晋宗庙，飘泊失所，大楚之祭，不及于祖，此其所以怒也。”玄曰：“卿何不谏？”对曰：“辇上诸君子皆以为尧舜之世，臣何敢言！”玄愈忿惧，使桓谦、何澹之屯东陵，卞范之屯覆舟山西，众合二万，以距义军。裕至蒋山，使羸弱贯油帔登山，分张旗帜，数道并前。玄侦侯还云：“裕军四塞，不知多少。”玄益忧惶，遣武卫将军庾颐之配以精卒，副援诸军。于时东北风急，义军放火，烟尘张天，鼓噪之音震骇京邑。刘裕执钺麾而进，谦等诸军一时奔溃。玄率亲信数千人声言赴战，遂将其子升、兄子浚出南掖门，西至石头，使殷仲文具船，相与南奔。
初，玄在姑孰，将相星屡有变；篡位之夕，月及太白，又入羽林，玄甚恶之。及败走，腹心劝其战，玄不暇答，直以策指天。而经日不得食，左右进以粗饭，咽不能下。升时年数岁，抱玄胸而抚之，玄悲不自胜。
刘裕以武陵王遵摄万机，立行台，总百官。遣刘毅、刘道规蹑玄，诛玄诸兄子及石康兄权、振兄洪等。
玄至寻阳，江州刺史郭昶之给其器用兵力。殷仲文自后至，望见玄舟，旌旗舆服备帝者之仪，叹息曰：“败中复振，故可也。”玄于是逼乘舆西上。桓歆聚党向历阳，宣城内史诸葛长民击破之。玄于道作起居注，叙其距义军之事，自谓经略指授，算无遗策，诸将违节度，以致亏丧，非战之罪。于是不遑与群下谋议，唯耽思诵述，宣示远近。玄至江陵，石康纳之，张幔屋于城南，署置百官，以卞范之为尚书仆射，其余职多用轻资。于是大修舟师，曾未三旬，众且二万，楼船器械甚盛。谓其群党曰：“卿等并清涂翼从朕躬，都下窃位者方应谢罪军门，其观卿等入石头，无异云霄中人也。”
玄以奔败之后，惧法令不肃，遂轻怒妄杀，人多离怨。殷仲文谏曰：“陛下少播英誉，远近所服，遂扫平荆雍，一匡京室，声被八荒矣。既据有极位，而遇此圮运，非为威不足也。百姓喁喁，想望皇泽，宜弘仁风，以收物情。”玄怒曰：“汉高、魏武几遇败，但诸将失利耳！以天文恶，故还都旧楚，而群小愚惑，妄生是非，方当纠之以猛，未宜施之以恩也。”玄左右称玄为“桓诏”，桓胤谏曰：“诏者，施于辞令，不以为称谓也。汉魏之主皆无此言，唯闻北虏以苻坚为‘苻诏’耳。愿陛下稽古帝则，令万世可法。”玄曰：“此事已行，今宣敕罢之，更为不祥。必其宜革，可待事平也。”荆州郡守以玄播越，或遣使通表，有匪宁之辞，玄悉不受，仍乃更令所在表贺迁都。
玄遣游击将军何澹之、武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭就郭铨以数千人守湓口。又遣辅国将军桓振往义阳聚众，至弋阳，为龙骧将军胡譁所破，振单骑走还。何无忌、刘道规等破郭铨、何澹之、郭昶之于桑落洲，进师寻阳。玄率舟舰二百发江陵，使苻宏、羊僧寿为前锋。以鄱阳太守徐放为散骑常侍，欲遣说解义军，谓放曰：“诸人不识天命，致此妄作，遂惧祸屯结，不能自反。卿三州所信，可明示朕心，若退军散甲，当与之更始，各授位任，令不失分。江水在此，朕不食言。”放对曰：“刘裕为唱端之主，刘毅兄为陛下所诛，并不可说也。辄当申圣旨于何无忌。”玄曰：“卿使若有功，当以吴兴相叙。”放遂受使，入无忌军。
魏咏之破桓歆于历阳