骥讨妖贼李弘，皆破之，传首京都。温还军之后，司、豫、青、兗复陷于贼。升平中，改封南郡公，降临贺为县公，以封其次子济。
隆和初，寇逼河南，太守戴施出奔，冠军将军陈祐告急，温使竟陵太守邓遐率三千人助祐，并欲还都洛阳，上疏曰：
巴蜀既平，逆胡消灭，时来之会既至，休泰之庆显著。而人事乖违，屡丧王略，复使二贼双起，海内崩裂，河洛萧条，山陵危逼，所以遐迩悲惶，痛心于既往者也。伏惟陛下禀乾坤自然之姿，挺羲皇玄朗之德，凤妻外籓，龙飞皇极，时务陵替，备彻天听，人之情伪，尽知之矣。是以九域宅心，幽遐企踵，思伫云罗，混网四裔。诚宜远图庙算，大存经略，光复旧京，疆理华夏，使惠风阳泽洽被八表，霜威寒飙陵振无外，岂不允应灵休，天人齐契！今江河悠阔，风马殊邈，故向义之徒履亡相寻，而建节之士犹继踵无悔。况辰极既回，众星斯仰，本源既运，枝泒自迁；则晋之余黎欣皇德之攸凭，群凶妖逆知灭亡之无日，骋思顺之心，鼓雷霆之势，则二竖之命不诛而自绝矣。故员通贵于无滞，明哲尚于应机，砎如石焉，所以成务。若乃海运既徒，而鹏翼不举，永结根于南垂，废神州于龙漠，令五尺之童掩口而叹息。
夫先王经始，玄圣宅心，画为九州，制为九服，贵中区而内诸夏，诚以晷度自中，霜露惟均，冠冕万国，朝宗四海故也。自强胡陵暴，中华荡覆，狼狈失据，权幸扬越，蠖屈以待龙伸之会，潜蟠之俟风云之期，盖屯圮所钟，非理胜而然也。而丧乱缅邈，五十余载，先旧徂没，后来童幼，班荆辍音，积习成俗，遂望绝于本邦，宴安于所托。眷言悼之，不觉悲叹！臣虽庸劣，才不周务，然摄官承乏，属当重任，愿竭筋骨，宣力先锋，翦除荆棘，驱诸豺狼。自永嘉之乱，播流江表者，请一切北徙，以实河南，资其旧业，反其土宇，劝农桑之务，尽三时之利，导之以义，齐之以礼，使文武兼宣，信顺交暢，井邑既修，纲维粗举。然后陛下建三辰之章，振旂旗之旌，冕旒锡銮，朝服济江，则宇宙之内谁不幸甚！
夫人情昧安，难与图始；非常之事，众人所疑。伏愿陛下决玄照之明，断常均之外，责臣以兴复之效，委臣以终济之功。此事既就，此功既成，则陛下盛勋比隆前代，周宣之咏复兴当年。如其不效，臣之罪也，褰裳赴镬，其甘如荠。
诏曰：“在昔丧乱，忽涉五纪，戎狄肆暴，继袭凶迹，眷言西顾，慨叹盈怀！知欲躬率三军，荡涤氛秽，廓清中畿，光复旧京，非夫外身殉国，孰能若此者哉！诸所处分，委之高算。但河洛丘墟，所营者广，经始之勤，致劳怀也。”于是改授并、司、冀三州，以交广辽远，罢都督，温表辞不受。又加侍中、大司马、都督中外诸军事、假黄钺。温以既总督内外，不宜在远，又上疏陈便宜七事：其一，朋党雷同，私议沸腾，宜抑杜浮竞，莫使能植。其二，户口凋寡，不当汉之一郡，宜并官省职，令久于其事。其三，机务不可停废，常行文案宜为限日。其四，宜明长幼之礼，奖忠公之吏。其五，褒贬赏罚，宜允其实。其六，宜述遵前典，敦明学业。其七，宜选建史官，以成晋书。有司皆奏行之。寻加羽葆鼓吹，置左右长史、司马、从事中郎四人。受鼓吹，余皆辞。复率舟军进合肥。加扬州牧、录尚书事，使侍中颜旄宣旨，召温入参朝政。温上疏曰：
方攘除群凶，扫平祸乱，当竭天下智力，与众共济，而朝议咸疑，圣诏弥固，事异本图，岂敢执遂！至于入参朝政，非所敢闻。臣违离宫省二十余载，鞸奉戎务，役勤思苦，若得解带逍遥，鸣玉阙廷，参赞无为之契，豫闻曲成之化，虽实不敏，岂不是愿！但顾以江汉艰难，不同曩日，而益梁新平，宁州始服，悬兵汉川，戍御弥广，加强蛮盘牙，势处上流，江湖悠远，当制命侯伯，自非望实重威，无以镇御遐外。臣知舍此之艰危，敢背之而无怨，愿奋臂投身造事中原者，实耻帝道皇居仄陋于东南，痛神华桑梓遂埋于戎狄。若凭宗庙之灵，则云彻席卷，呼吸荡清。如当假息游魂，则臣据河洛，亲临二寇，广宣皇灵，襟带秦赵，远不五载，大事必定。
今臣昱以亲贤赞国，光辅二世，即无烦以臣疏钝，并是机务。且不有行者，谁捍牧圉？表里相济，实深实重。伏愿陛下察臣所陈，兼访内外，乞时还屯，抚宁方隅。
诏不许，复征温。温至赭圻，诏又使尚书车灌止之，温遂城赭圻，固让内录，遥领扬州牧。属鲜卑攻洛阳，陈祐出奔，简文帝时辅政，会温于洌洲，议征讨事，温移镇姑孰。会哀帝崩，事遂寝。
温性俭，每燕惟下七奠柈茶果而已。然以雄武专朝，窥觎非望，或卧对亲僚曰：“为尔寂寂，将为文景所笑。”众莫敢对。既而抚枕起曰：“既不能流芳后世，不足复遗臭万载邪！”尝行经王敦墓，望之曰：“可人，可人！”其心迹若是。时有远方比丘尼名有道术，于别室浴，温窃窥之。尼倮身先以刀自破腹，次断两足。浴竟出，温问吉凶，尼云：“公若作天子，亦当如是。”
太和四年，又上疏悉众北伐。平北将军郗愔以疾解职，又以温领平北将军、徐兗二州刺史，率弟南中郎冲、西中郎袁真步骑五万北伐