，仲堪至芜湖，忽闻王恭已死，刘牢之反恭，领北府兵在新亭，玄等三军失色，无复固志，乃回师屯于蔡洲。
时朝廷新平恭、楷，且不测西方人心，仲堪等拥众数万，充斥郊畿，内外忧逼。玄从兄修告会稽王道子曰：“西军可说而解也。修知其情矣。若许佺期以重利，无不倒戈于仲堪者。”道子纳之，乃以玄为江州，佺期为雍州，黜仲堪为广州，以桓修为荆州，遣仲堪叔父太常茂宣诏回军。仲堪恚被贬退，以王恭虽败，己众亦足以立事，令玄等急进军。玄等喜于宠授，并欲顺朝命，犹豫未决。会仲堪弟遹为佺期司马，夜奔仲堪，说佺期受朝命，纳桓修。仲堪遑遽，即于芜湖南归，使徇于玄等军曰：“若不各散而归，大军至江陵，当悉戮余口。”仲堪将刘系先领二千人隶于佺期，辄率众而归。玄等大惧，狼狈追仲堪，至寻阳，及之。于是仲堪失职，倚玄为援，玄等又资仲堪之兵，虽互相疑阻，亦不得异。仲堪与佺期以子弟交质，遂于寻阳结盟，玄为盟主，临坛歃血，并不受诏，申理王恭，求诛刘牢之、谯王尚之等。朝廷深惮之。于是诏仲堪曰：“间以以将军凭寄失所，朝野怀忧。然既往之事，宜其两忘，用乃班师回旆，祗顺朝旨，所以改授方任，盖随时之宜。将军大义，诚感朕心，今还复本位，即抚所镇，释甲休兵，则内外宁一，故遣太常茂具宣乃怀。”仲堪等并奉诏，各旋所镇。
顷之。桓玄将讨佺期，先告仲堪云：“今当人沔讨除佺期，已顿兵江口。若见与无贰，可杀杨广；若其不然，便当率军入江。”仲堪乃执玄兄伟，遣从弟遹等水军七千至江西口。玄使郭铨、苻宏击之，遹等败走。玄顿巴陵，而馆其谷。玄又破杨广于夏口。仲堪既失巴陵之积，又诸将皆败，江陵震骇。城内大饥，以胡麻为廪。仲堪急召佺期。佺期率众赴之，直济江击玄，为玄所败，走还襄阳。仲堪出奔酂城，为玄追兵所获，逼令自杀，死于柞溪，弟子道获、参军罗企生等并被杀。仲堪少奉天师道，又精心事神，不吝财贿，而怠行仁义，啬于周急，及玄来攻，犹勤请祷。然善取人情，病者自为诊脉分药，而用计倚伏烦密，少于鉴略，以至于败。
子简之，载丧下都，葬于丹徒，遂居墓侧。义旗建，率私僮客随义军蹑桓玄。玄死，简之食其肉。桓振之役，义军失利，简之没阵。弟旷之，有父风，仕至剡令。
杨佺期，弘农华阴人，汉太尉震之后也。曾祖准，太常。自震至准，七世有名德。祖林，少有才望，值乱没胡。父亮，少仕伪朝，后归国，终于梁州刺史，以贞干知名。佺期沈勇果劲，而兄广及弟思平等皆强犷粗暴。自云门户承籍，江表莫比，有以其门地比王珣者，犹恚恨，而时人以其晚过江，婚宦失类，每排抑之，恆慷慨切齿，欲因事际以逞其志。
佺期少仕军府。咸康中，领众屯成固。苻坚将潘猛距守康回垒，佺期击走之，其众悉降，拜广威将军、河南太守，戍洛阳。苻坚将窦冲率众攻平阳太守张元熙于皇天坞，佺期击走之。佺期自湖城入潼关，累战皆捷，斩获千计，降九百余家，归于洛阳，进号龙骧将军。以病，改为新野太守，领建威司马。迁唐邑太守，督石头军事，以疾去职。荆州刺史殷仲堪引为司马，代江绩为南郡相。
仲堪与恆玄举众应王恭、庾楷，仲堪素无戎略，军旅之事一委佺期兄弟，以兵五千人为前锋，与桓玄相次而下。至石头，恭死，楷败，朝廷未测玄军，乃以佺期代郗恢为都督梁雍秦三州诸军事、雍州刺史。仲堪、玄皆有迁换，于是俱还寻阳，结盟不奉诏。俄而朝廷复仲堪本职，乃各还镇。
初，玄未奉诏，欲自为雍州，以郗恢为广州。恢惧玄之来，问于众，咸曰：“佺期来者，谁不戮力！若桓玄来，恐难与为敌。”既知佺期代己，乃谋于南阳太守闾丘羡，称兵距守。佺期虑事不济，乃声言玄来入沔，而佺期为前驱。恢众信之，无复固志。恢军散请降，佺期入府斩闾丘羡，放恢还都，抚将士，恤百姓，缮修城池，简练甲卒，甚得人情。
佺期、仲堪与桓玄素不穆，佺期屡欲相攻，仲堪每抑止之。玄以是告执政，求广其所统。朝廷亦欲成其衅隙，故以桓伟为南蛮校尉。佺期内怀忿惧，勒兵建牙，声云援洛，欲与仲堪袭玄。仲堪虽外结佺期，内疑其心，苦止之，又遣从弟遹屯北塞以驻之。佺期势不独举，乃解兵。
隆安三年，桓玄遂举兵讨佺期，先攻仲堪。初，仲堪得玄书，急召佺期。佺期曰：“江陵无食，当何以待敌？可来见就，共守襄阳。”仲堪自以保境全军，无缘弃城逆走，忧佺期不赴，乃绐之曰：“比来收集，已有储矣。”佺期信之，乃率众赴焉。步骑八千，精甲耀日。既至，仲堪唯以饭饷其军。佺期大怒曰：“今兹败矣！”乃不见仲堪。时玄在零口，佺期与兄广击玄。玄畏佺期之锐，乃渡军马头。明日，佺期率殷道护等精锐万人乘舰出战，玄距之，不得进。佺期乃率其麾下数十舰，直济江，径向玄船。俄而回击郭铨，殆获铨，会玄诸军至，佺期退走，余众尽没，单马奔襄阳。玄追军至，佺期与兄广俱死之，传首京都，枭于硃雀门。弟思平，从弟尚保、孜敬，俱逃于蛮。刘裕起义，始归国，历位州郡。
孜敬为人剽