给事中、黄门侍郎、散骑常侍。时王敦在芜湖，帝使亮诣敦筹事。敦与亮谈论，不觉改席而前，退而叹曰：“庾元规贤于裴顾远矣！”因表为中领军。
明帝即位，以为中书监，亮上书让曰：
臣凡庸固陋，少无殊操，昔以中州多故，旧邦丧乱，随侍先臣，远庇有道，爰容逃难，求食而已。不悟徼时之福，遭遇嘉运。先帝龙兴，垂异常之顾，既眷同国士，又申以婚姻，遂阶亲宠，累忝非服。弱冠濯缨，沐浴芳风，频烦省闼，出总六军，十余年间，位超先达。无劳受遇，无与臣比。小人禄薄，福过灾生，止足之分，臣所宜守。而偷荣昧进，日尔一日，谤讟既集，上尘圣朝。始欲自闻，而先帝登遐，区区微诚，竟未上达。
陛下践阼，圣政惟新，宰辅贤明，庶僚咸允，康哉之歌，实存于至公。而国恩不已，复以臣领中书。臣领中书，则示天下以私矣。何者？臣于陛下，后之兄也。姻娅之嫌，与骨肉中表不同。虽太上至公，圣德无私，然世之丧道，有自来矣。悠悠六合，皆私其姻，人皆有私，则天下无公矣。是以前后二汉，咸以抑后党安，进婚族危。向使西京七族、东京六姓皆非姻族，各以平进，纵不悉全，决不尽败。今之尽败，更由姻昵。
臣历观庶姓在世，无党于朝，无援于时，植根之本轻也薄也。苟无大瑕，犹或见容。至于外戚，凭托天地，连势四时，根援扶疏，重矣大矣。而或居权宠，四海侧目，事有不允，罪不容诛。身既招殃，国为之弊。其故何邪？由姻媾之私群情之所不能免，是以疏附则信，姻进则疑。疑积于百姓之心，则祸成于重闺之内矣。此皆往代成鉴，可为寒心者也。夫万物之所不通，圣贤因而不夺。冒亲以求一寸之用，未若防嫌以明至公。今以臣之才，兼如此之嫌，而使内处心膂，外总兵权，以此求治，未之闻也；以此招祸，可立待也。虽陛下二相明其愚款，朝士百僚颇识其情，天下之人安可门到户说使皆坦然邪！
夫富贵荣宠，臣所不能忘也；刑罚贫贱，臣所不能甘也。今恭命则愈，违命则苦，臣虽不达，何事背时违上，自贻患责邪？实仰览殷鉴，量己知弊，身不足惜，为国取悔，是以悾悾屡陈丹款。而微诚浅薄，未垂察谅，忧惶屏营不知所措。愿陛下垂天地之鉴，察臣之愚，则臣虽死之日，犹生之年矣。
疏奏，帝纳其言而止。
王敦既有异志，内深忌亮，而外崇重之。亮忧惧，以疾去官。复代王导为中书监。及敦举兵，加亮左卫将军，与诸将距钱凤。及沈充之走吴兴也，又假亮节、都督东征诸军事，追充。事平，以功封永昌县开国公，赐绢五千四百匹，固让不受。转护军将军。
及帝疾笃，不欲见人，群臣无得进者。抚军将军、南顿王宗，右卫将军虞胤等，素被亲爱，与西阳王羕将有异谋。亮直入卧内见帝，流涕不自胜。既而正色陈羕与宗等谋废大臣，规共辅政，社稷安否，将在今日，辞旨切至。帝深感悟，引亮升御座，遂与司徒王导受遗诏辅幼主。加亮给事中，徙中书令。太后临朝，政事一决于亮。
先是，王导辅政，以宽和得众，亮任法裁物，颇以此失人心。又先帝遗诏褒进大臣，而陶侃、祖约不在其例，侃、约疑亮删除遗诏，并流怨言。亮惧乱，于是出温峤为江州以广声援，修石头以备之。会南顿王宗复谋废执政，亮杀宗而废宗兄羕。宗，帝室近属，羕，国族元老，又先帝保傅，天下咸以亮翦削宗室。
琅邪人卞咸，宗之党也，与宗俱诛。咸兄阐亡奔苏峻，亮符峻送阐，而峻保匿之。峻又多纳亡命，专用威刑，亮知峻必为祸乱，征为大司农。举朝谓之不可，平南将军温峤亦累书止之，皆不纳。峻遂与祖约俱举兵反。温峤闻峻不受诏，便欲下卫京都，三吴又欲起义兵，亮并不听，而报峤书曰：“吾忧西陲过于历阳，足下无过雷池一步也。”既而峻将韩晃寇宣城，亮遣距之，不能制，峻乘胜至于京都。诏假亮节、都督征讨诸军事，战于建阳门外。军未及阵，士众弃甲而走。亮乘小船西奔，乱兵相剥掠，亮左右射贼，误中柂工，应弦而倒，船上咸失色欲散。亮不动容，徐曰：“此手何可使著贼！”众心乃安。
亮携其三弟怿、条、翼南奔温峤，峤素钦重亮，虽在奔败，犹欲推为都统。亮固辞，乃与峤推陶侃为盟主。侃至寻阳，既有憾于亮，议者咸谓侃欲诛执政以谢天下。亮甚惧，及见侃，引咎自责，风止可观。侃不觉释然，乃谓亮曰：“君侯修石头以拟老子，今日反见求耶！”便谈宴终日。亮啖薤，因留白。侃问曰：“安用此为？”亮云：“故可以种。”侃于是尤相称叹云：“非惟风流，兼有为政之实。”
既至石头，亮遣督护王彰讨峻党张曜，反为所败。亮送节传以谢侃，侃答曰：“古人三败，君侯始二。当今事急，不宜数耳。”又曰：“朝政多门，用生国祸。丧乱之来，岂独由峻也！”亮时以二千人守白石垒，峻步兵万余，四面来攻，众皆震惧。亮激厉将士，并殊死战，峻军乃退，追斩数百级。
峻平，帝幸温峤舟，亮得进见，稽颡鲠噎，诏群臣与亮俱升御坐。亮明日又泥首谢罪，乞骸骨，欲阖门投窜山海。帝遣尚书、侍中手诏慰喻：“此社稷之难，