入补鸿胪丞，迁殿中侍御史、膳部员外郎，出为忠州刺史。至荆南，谒节度使卫伯玉，伯玉不悦。杞移病归京师，历刑部员外郎、金部吏部二郎中。
杞貌陋而色如蓝，人皆鬼视之。不耻恶衣粝食，人以为能嗣怀慎之清节，亦未识其心。颇有口辩。出为虢州刺史。建中初，征为御史中丞。时尚父子仪病，百官造问，皆不屏姬侍。及闻杞至，子仪悉令屏去，独隐几以待之。杞去，家人问其故，子仪曰“杞形陋而心险，左右见之必笑。若此人得权，即吾族无类矣。”及居纠弹顾问之地，论奏称旨，迁御史大夫。旬日，为门下侍郎、同中书门下平章事。既居相位，忌能妒贤，迎吠阴害，小不附者，必致之于死，将起势立威，以久其权。杨炎以杞陋貌无识，同处台司，心甚不悦，为杞所谮，逐于崖州。德宗幸奉天，崔宁流涕论时事，杞闻恶之，谮于德宗，言宁与硃泚盟誓，故至迟回，宁遂见杀。恶颜真卿之直言，令奉使李希烈，竟殁于贼。初，京兆尹严郢与杨炎有隙，杞乃擢郢为御史大夫以倾炎；炎既贬死，心又恶郢，图欲去之。宰相张镒忠正有才，上所委信，杞颇恶之。会硃滔、硃泚弟兄不睦，有泚判官蔡廷玉者离间滔，滔论奏，请杀之。廷玉既贬，殿中侍御史郑詹遣吏监送，廷玉投水而卒。杞因奏曰：“恐硃泚疑为诏旨，请三司按鞠詹；又御史所为，禀大夫命，并令按郢。”詹与张镒善，每伺杞昼眠，辄诣镒，杞知之。他日，杞假寝佯熟，伺詹果来，方与镒语，杞遽至镒阁中，詹趋避杞，杞遽言密事，镒曰：“殿中郑侍御在此。”杞佯愕曰：“向者所言，非他人所宜闻。”时三司使方按詹、郢，狱未具而奏杀詹，贬郢为驩州刺史。镒寻罢相，出镇凤翔。其阴祸贼物如此。李揆旧德，虑德宗复用，乃遣使西蕃，天下无不扼腕痛愤，然无敢言者。户部侍郎、判度支杜佑，甚承恩顾，为杞媒孽，贬饶州刺史。
初，上即位，擢崔祐甫为相，颇用道德宽大，以弘上意，故建中初政声蔼然，海内想望贞观之理；及杞为相，讽上以刑名整齐天下。初，李希烈请讨梁崇义，崇义诛而希烈叛，尽据淮右、襄、邓之郡邑。恆州李宝臣死，其子惟岳邀节钺，遂与田悦缔结以抗王师，由是河北、河南连兵不息。度支使杜佑计诸道用军月费一百余万贯，京师帑廪不支数月；且得五百万贯，可支半岁，则用兵济矣。杞乃以户部侍郎赵赞判度支，赞亦无计可施，乃与其党太常博士韦都宾等谋行括率，以为泉货所聚，在于富商，钱出万贯者，留万贯为业，有余，官借以给军，冀得五百万贯。上许之，约以罢兵后以公钱还。敕即下，京兆少尹韦祯督责颇峻，长安尉薛萃荷校乘车，搜人财货，意其不实，即行搒箠，人不胜冤痛，或有自缢而死者，京师嚣然如被贼盗。都计富户田宅奴婢等估，才及八十八万贯。又以僦柜纳质积钱货贮粟麦等，一切借四分之一，封其柜窖，长安为之罢市，百姓相率千万众邀宰相于道诉之。杞初虽慰谕，后无以遏，即疾驱而归。计僦质与借商，才二百万贯。德宗知下民流怨，诏皆罢之，然宿师在野，日须供馈。
明年六月，赵赞又请税间架、算除陌。凡屋两架为一间，分为三等：上等每间二千，中等一千，下等五百。所由吏秉笔执筹，入人第舍而计之。凡没一间，杖六十，告者赏钱五十贯文。除陌法，天下公私给与贸易，率一贯旧算二十，益加算为五十，给与物或两换者，约钱为率算之。市主人牙子各给印纸，人有买卖，随自署记，翌日合算之。有自贸易不用市牙子者，验其私簿，投状自其有私簿投状。其有隐钱百，没入；二千，杖六十；告者赏钱十千，出于其家。法既行，主人市牙得专其柄，率多隐盗，公家所入，百不得半，怨讟之声，嚣然满于天下。及十月，泾师犯阙，乱兵呼于市曰：“不夺汝商户僦质矣！不税汝间架除陌矣！”是时人心悉怨，泾师乘间谋乱，奉天之奔播，职杞之由。故天下无贤不肖，视杞如仇。
德宗在奉天，为硃泚攻围，李怀光自魏县赴难。或谓王翃、赵赞曰：“怀光累叹愤，以为宰相谋议乖方，度支赋敛烦重，京尹刻薄军粮，乘舆播迁，三臣之罪也。今怀光勋业崇重，圣上必开襟布诚，询问得失，使其言入，岂不殆哉！”翃、赞白于杞，杞大骇惧，从容奏曰：“怀光勋业，宗社是赖。臣闻贼徒破胆，皆无守心。若因其兵威，可以一举破贼；今若许其朝觐，则必赐宴，赐宴则留连，使贼得京城，则从容完备，恐难图之。不如使怀光乘胜进收京城，破竹之势，不可失也。”帝然之，乃诏怀光率众屯便桥，克期齐进。怀光大怒，遂谋异志，德宗方悟为杞所构。物议喧腾，归咎于杞，乃贬为新州司马，白志贞恩州司马，赵赞为播州司马。
遇赦，移吉州长史。在贬所谓人曰：“吾必再入用。”是日，上果用杞为饶州刺史。给事中袁高宿直，当草杞制，遂执以谒宰相卢翰、刘从一曰：“杞作相三年，矫诬阴贼，排斥忠良，朋附者亥唾立至青云，睚眦者顾盼已挤沟壑。傲很背德，反乱天常，播越銮舆，疮痍天下，皆杞之为也。幸免诛戮，唯示贬黜，寻已稍迁近地，更授大郡，恐失天下望，惟相公执奏之，事尚可救。”翰、从一不悦，遂改命舍人草制。明日诏下，袁高执奏