福与洛州人王庆之等请立武承嗣为皇太子，皆请仁愿连名署表，仁愿正色拒之，甚为有识所重。寻而夏官尚书王孝杰为吐刺军总管，统众以御吐蕃，诏仁愿往监之。仁愿与孝杰不协，因人奏事，称孝杰军诬罔之状。孝杰由是免为庶人，仁愿遽迁侍御史。
万岁通天二年，监察御史孙承景监清边军，战还，书战图以奏。每阵必画承景躬当矢石、先锋御贼之状，则天叹曰：“御史乃能尽诚如此！”擢拜右肃政台中丞，令仁愿叙录承景下立功人。仁愿未发都，先问承景对阵胜负之状。承景身实不行，问之皆不能对，又虚增功状。仁愿廷奏承景罔上之罪，于是左迁崇仁令，擢仁愿为肃政台中丞、检校幽州都督。会突厥默啜入寇，攻陷赵、定，拥众回至幽州，仁愿勒兵出城邀击之，流矢中手，贼亦引退。则天遣使劳问，赐以医药。累迁并州大都督府长史。
神龙二年，中宗还京，以仁愿为左屯卫大将军，兼检校洛州长史。时都城谷贵，盗窃甚众，仁愿一切皆捕获杖杀之。积尸府门，远近震慴，无敢犯者。初，高宗时贾敦颐为洛州刺史，亦有政绩，与仁愿皆为一时之最。故时人为之语曰：“洛州有前贾后张，可敌京兆三王。”其见称如此。
三年，突厥入寇。朔方军总管沙吒忠义为贼所败。诏仁愿摄御史大夫，代忠义统众。仁愿至军而贼众已退，乃蹑其后，夜掩大破之。先，朔方军北与突厥以河为界，河北岸有拂云神祠。突厥将入寇，必先诣祠祭酹求福，因牧马料兵而后渡河。时突厥默啜尽众西击突骑施娑葛，仁愿请乘虚夺取漠南之地，于河北筑三受降城，首尾相应，以绝其南寇之路。太子少师唐休璟以为两汉已来，皆北守黄河，今于寇境筑城，恐劳人费功，终为贼虏所有，建议以为不便。仁愿固请不已，中宗竟从之。仁愿表留年满镇兵以助其功。时咸阳兵二百余人逃归，仁愿尽擒之，一时斩于城下，军中股忄栗，役者尽力，六旬而三城俱就。以拂云祠为中城，与东、西两城相去各四百余里，皆据津济，遥相应接，北拓地三百余里，于牛头朝那山北置烽候一千八百所。自是突厥不得度山放牧，朔方无复寇掠，减镇兵数万人。
仁愿初建三城，不置壅门及却敌、战格之具。或问曰：“此边城御贼之所，不为守备，何也？”仁愿曰：“兵贵在攻取，不宜退守。寇若至此，即当并力出战，回顾望城，犹须斩之，何用守备生其退恧之心也？”其后常元楷为朔方军总管，始筑壅门以备寇，议者以此重仁愿而轻元楷焉。仁愿在朔方，奏用监察御史张敬忠、何鸾、长安尉寇、泚、鄠县尉王易从、始平主簿刘体微分判军事，太子文学柳彦昭为管记，义乌尉晁良贞为随机。敬忠等皆以文吏著称，多至大官，时称仁愿有知人之鉴。
景龙二年，拜左卫大将军、同中书门下三品，累封韩国公。春还朝，秋复督军备边。中宗赋诗祖饯，赏赐不可胜纪。寻加镇军大将军。睿宗即位，以老致仕，特全给禄俸，又拜兵部尚书，加光禄大夫，依旧致仕。开元二年卒，赠太子少傅，傅物二百段，命五品官一人为监护使。子之辅，开元初为赵州刺史。
薛讷，绛州万泉人也，左武卫大将军仁贵子也。为蓝田令，有富商倪氏于御史台理其私债，中丞来俊臣受其货财，断出义仓米数千石以给之。讷曰：“义仓本备水旱，以为储蓄，安敢绝众人之命，以资一家之产？”竟报上不与。会俊臣得罪，其事乃不行。其后突厥入寇河北，则天以讷将门，使摄左武威卫将军、安东道经略。临行，于同明殿召见与语，讷因奏曰：“丑虏恁凌，以卢陵为辞。今虽有制升储，外议犹恐未定。若此命不易，则狂贼自然款伏。”则天深然其言。寻拜幽州都督，兼安东都护。转并州大都督府长史，兼检校左卫大将军。久当边镇之任，累有战功。
玄宗即位，于新丰讲武，讷为左军节度。时元帅与礼官得罪，诸部颇亦失序。唯讷及解琬之军不动。玄宗令轻骑召讷等，至军门，皆不得入。礼毕，上甚加慰劳。
时契丹及奚与突厥连和，屡为边患，讷建议请出师讨之。开元二年夏，诏与左监门将军杜宾客、定州刺吏崔宣道等率众二万，出檀州道以讨契丹等。杜宾客以为时属炎暑，将土负戈甲，赍资粮，深入寇境，恐难为制胜。中书令姚元崇亦以为然。讷独曰：“夏月草茂，羔犊生息之际，不费粮储，亦可渐进。一举振国威灵，不可失也。”时议咸以为不便。玄宗方欲威服四夷，特令讷同紫微黄门三品，总兵击奚、契丹，议者乃息。六月，师至滦河，遇贼，时既蒸暑，诸将失计会，尽为契丹等所覆。讷脱身走免，归罪于崔宣道及蕃将李思敬等八人，诏尽令斩之，特免杜宾客之罪。下制曰：“并州大都督府长史兼检校左卫大将军、和戎大武等诸军州节度大使、同紫微黄门三品薛讷，总戎御边，建议为首。暗于料敌，轻于接战，，张我王师，衄之虏境。观其畴昔，颇常输罄，每欲资忠报主，见义忘身。特缓严刑，俾期来效，宜赦其罪，所有官爵等并从除削。”
其年八月，吐蕃大将坌达延、乞力徐等率众十万寇临洮军，又进寇兰州及渭州之渭源县，掠群牧而去。诏讷白衣摄左羽林将军，为陇右防御使，与大仆