锥刀，将此益国。徇目前之近利，忘经久之远图，所谓错之毫厘，失之千里者也。且黔首虽微，不可欺以得志，瞻望恩泽，必因事而生心。既有所因，须应之以实，岂得悬不信之令，设虚赏之科？比者师出无功，未必不由于此。文子曰：“同言而信，信在言前；同令而行，诚在令外。”故商君移木以表信，曹公割发以明法，岂礼也哉，有由然也。自苏定方定辽东，李勣破平壤，赏绝不行，勋仍淹滞，数年纷纭，真伪相杂，纵加沙汰，未至澄清。臣以吏不奉法，慢自京师，伪勋所由，主司之过。其则不远，近在尚书省中，不闻斩一台郎，戮一令史，使天下知闻，天皇何能照远而不照近哉！神州化首，万国共尊，文昌政本，四方是则，轨物宣风，理乱攸在。臣是以披露不已，冒死尽言。
且明镜所以照形，往事所以知今，臣识不稽古，请以近事言之。贞观年中，万年县尉司马玄景舞文饰智，以邀乾没，太宗审其奸诈，弃之都市。及征高丽也，总管张君乂击贼不进，斩之旗下。臣以伪勋之罪，多于玄景；仁贵等败，重于君乂。向使早诛薛仁贵、郭待封，则自余诸将，岂敢失利于后哉？韩子云：“慈父多败子，严家无格虏。”此言虽小，可以喻大。公孙弘有言：“人主病不广大，人臣病不节俭。”臣恐天皇病之于不广大，过在于慈父，斯亦日月之一蚀也。又今之将吏，率多贪暴，所务唯狗马，所求唯财物，无赵奢、吴起散金养士之风，纵使行军，悉是此属。臣恐吐蕃之平，未可旦夕望也。
帝甚叹异之，授秘书省正字，令直中书省，仗内供奉。寻除监察御史。
文明年，迁殿中侍御史。其年，徐敬业据扬州作乱，左玉钤卫大将军李孝逸督军讨之，则天诏元忠监其军事。孝逸至临淮，而偏将雷仁智为敬业先锋所败，敬业又攻陷润州，回兵以拒孝逸。孝逸惧其锋，按甲不敢进。元忠谓孝逸曰：“朝廷以公王室懿亲，故委以阃外之事，天下安危，实资一决。且海内承平日久，忽闻狂狡，莫不注心倾耳，以俟其诛。今大军留而不进，则解远近之望，万一朝廷更命他将代公，其将何辞以逃逗挠之罪？幸速进兵以立大效，不然，则祸难至矣。”孝逸然其言，乃部勒士卒以图进讨。
时敬业屯于下阿溪，敬业弟敬猷率偏师以逼淮阴。元忠请先击敬猷，诸将咸曰：“不如先攻敬业，敬业败，则敬猷不战而擒矣。若击敬猷，则敬业引兵救之，是腹背受敌也。”元忠曰：“不然，贼之劲兵精卒，尽在下阿，蚁聚而来，利在一决，万一失捷，则大事云矣。敬猷本出博徒，不习战斗，其众寡弱，人情易摇，大军临之，其势必克。既克敬猷，我之乘胜而进。彼若引救淮阴，计程则不及，又恐我之进掩江都，必邀我于中路。彼则劳倦，我则以逸待之，破之必矣。譬之逐兽，弱者先擒，岂可舍必擒之弱兽，趋难敌之强兵？恐未可也。”孝逸从之，乃引兵击敬猷，一战而破之，敬猷脱身而遁。孝逸乃进军，与敬业隔溪相拒。前军总管苏孝祥为贼所破，孝逸又惧，欲引退。初，敬业至下阿，有流星坠其宫，及是，有群乌飞噪于阵上，元忠曰：“验此，即贼败之兆也。风顺荻乾，火攻之利。”固请决战，乃平敬业。元忠以功擢司刑正，稍迁洛阳令。
寻陷周兴狱，诣市将刑，则天以元忠有讨平敬业功，特免死配流贵州。时承敕者将至市，先令传呼，监刑者遽释元忠令起，元忠曰：“未知敕虚实，岂可造次。”徐待宣敕，然始起谢，观者咸叹其临刑而神色不挠。圣历元年，召授侍御史，擢拜御史中丞。又为来俊臣、侯思止所陷，再被流于岭表。复还，授御史中丞。元忠前后三被流，于时人多称其无罪。则天尝谓曰：“卿累负谤铄，何也？”对曰：“臣犹鹿也，罗织之徒，有如猎者，苟须臣肉作羹耳。此辈杀臣以求达，臣复何辜。”
圣历二年，擢拜凤阁侍郎、同凤阁鸾台平章事，检校并州长史。未几，加银青光禄大夫，迁左肃政台御史大夫，兼检校洛州长史。政号清严。长安中，相王为并州元帅，元忠为副。时奉宸令张易之尝纵其家奴凌暴百姓，元忠笞杀之，权豪莫不敬惮。时突厥与吐蕃数犯塞，元忠皆为大总管拒之。元忠在军，唯持重自守，竟无所克获，然亦未尝败失。
中宗在春宫时，元忠检校太子左庶子。时张易之、昌宗权宠日盛，倾朝附之。元忠尝奏则天曰：“臣承先帝顾眄，受陛下厚恩，不徇忠死节，使小人得在君侧，臣之罪也。”则天不悦。易之、昌宗由是含怒。因则天不豫，乃谮元忠与司礼丞高戩潜谋曰：“主上老矣，吾属当挟太子而令天下。”则天惑其言，乃下元忠诏狱，召太子、相王及诸宰相，令昌宗与元忠等殿前参对，反复不决。昌宗又引凤阁舍人张说令执证元忠。说初伪许之，及则天召说验问，说确称元忠实无此语。则天乃悟元忠被诬，然以昌宗之故，特贬授端州高要尉。
中宗即位，其日驿召元忠，授卫尉卿、同中书门下三品。旬日，又迁兵部尚书，知政事如故。寻进拜侍中，兼检校兵部尚书。时则天崩，中宗居谅暗，多不视事，军国大政，独委元忠者数日。未几，迁中书令，加授光禄大夫，累封齐国公，监修国史。神龙二年，元忠与武三思、祝钦明