道琛、旧将福信率众复叛,立故王子扶余丰为王,引兵围仁愿于府城。诏仁轨检校带方州刺史,代文度统众,便道发新罗兵合势以救仁愿。转斗而前,仁轨军容整肃,所向皆下。道琛等乃释仁愿之围,退保任存城。寻而福信杀道琛,并其兵马,招诱亡叛,其势益张。仁轨乃与仁愿合军休息。时苏定方奉诏伐高丽,进围平壤,不克而还。高宗敕书与仁轨曰:“平壤军回,一城不可独固,宜拔就新罗,共其屯守。若金法敏藉卿等留镇,宜且停彼;若其不须,即宜泛海还也。”将士咸欲西归,仁轨曰:“《春秋》之义,大夫出疆,有可以安社稷、便国家、专之可也。况在沧海之外,密迩豺狼者哉!且人臣进思尽忠,有死无贰,公家之利,知无不为。主上欲吞灭高丽,先诛百济,留兵镇守,制其心腹。虽妖孽充斥,而备预甚严,宜砺戈秣马,击其不意。彼既无备,何攻不克?战而有胜,士卒自安。然后分兵据险,开张形势,飞表闻上,更请兵船。朝廷知其有成,必当出师命将,声援才接,凶逆自歼。非直不弃成功,实亦永清海外。今平壤之军既回,熊津又拔,则百济余烬,不日更兴,高丽逋薮,何时可灭?且今以一城之地,居贼中心,如其失脚,即为亡虏。拔入新罗,又是坐客,脱不如意,悔不可追。况福信凶暴,残虐过甚,余丰猜惑,外合内离,鸱张共处,势必相害。唯宜坚守观变,乘便取之,不可动也。”众从之。时扶余丰及福信等以真岘城临江高险,又当冲要,加兵守之。仁轨引新罗之兵,乘夜薄城。四面攀草而上,比明而入据其城,遂通新罗运粮之路。俄而余丰袭杀福信,又遣使往高丽及倭国请兵,以拒官军。诏右威卫将军孙仁师率兵浮海以为之援。仁师既与仁轨等相合,兵士大振。于是诸将会议,或曰:“加林城水陆之冲,请先击之。”仁轨曰:“加林险固,急攻则伤损战士,固守则用日持久,不如先攻周留城。周留,贼之巢穴,群凶所聚,除恶务本,须拔其源。若克周留,则诸城自下。”于是仁师、仁愿及新罗王金法敏帅陆军以进。仁轨乃别率杜爽、扶余隆率水军及粮船,自熊津江往白江,会陆军同趣周留城。仁轨遇倭兵于白江之口,四战捷,焚其舟四百艘,烟焰涨天,海水皆赤,贼众大溃。余丰脱身而走,获其宝剑。伪王子扶余忠胜、忠志等,率士女及倭众并耽罗国使,一时并降。百济诸城,皆复归顺。贼帅迟受信据任存城不降。
先是,百济首领沙吒相如、黑齿常之自苏定方军回后,鸠集亡散,各据险以应福信,至是率其众降。仁轨谕以恩信,令自领子弟以取任存城,又欲分兵助之。孙仁师曰:“相如等兽心难信,若授以甲仗,是资寇兵也。”仁轨曰:“吾观相如、常之皆忠勇有谋,感恩之士,从我则成,背我必灭,因机立效,在于兹日,不须疑也。”于是给其粮仗,分兵随之,遂拔任存城。迟受信弃其妻子走投高丽,于是百济之余烬悉平。孙仁师与刘仁愿振旅而还,诏留仁轨勒兵镇守。初,百济经福信之乱,合境凋残,僵尸相属。仁轨始令收敛骸骨,瘗埋吊祭之。修录户口,署置官长,开通途路,整理村落,建立桥梁,补葺堤堰,修复陂塘,劝课耕种,赈贷贫乏,存问孤老。颁宗庙忌讳,立皇家社稷。百济余众,各安其业。于是渐营屯田,积粮抚士,以经略高丽。仁愿既至京师,上谓曰:“卿在海东,前后奏请,皆合事宜,而雅有文理。卿本武将,何得然也?”对曰:“刘仁轨之词,非臣所及也。”上深叹赏之,因超加仁轨六阶,正授带方州刺史,并赐京城宅一区,厚赉其妻子,遣使降玺书劳勉之。仁轨又上表曰:
臣蒙陛下曲垂天奖,弃瑕录用,授之刺举,又加连率。材轻职重,忧责更深,常思报效,冀酬万一,智力浅短,淹滞无成。久在海外,每从征役,军旅之事,实有所闻。具状封奏,伏愿详察。臣看见在兵募,手脚沉重者多,勇健奋发者少,兼有老弱,衣服单寒,唯望西归,无心展效。臣问:“往在海西,见百姓人人投募,争欲征行,乃有不用官物,请自办衣粮,投名义征。何因今日募兵,如此伫弱?”皆报臣云:“今日官府,与往日不同,人心又别。贞观、永徽年中,东西征役,身死王事者,并蒙敕使吊祭,追赠官职,亦有回亡者官爵与其子弟。从显庆五年以后,征役身死,更不借问。往前渡辽海者,即得一转勋官;从显庆五年以后,频经渡海,不被记录。州县发遣兵募,人身少壮、家有钱财、参逐官府者,东西藏避,并即得脱;无钱参逐者,虽是老弱,推背即来。显庆五年,破百济勋,及向平壤苦战勋,当时军将号令,并言与高官重赏,百方购募,无种不道。洎到西岸,唯闻枷锁推禁,夺赐破勋,州县追呼,求住不得,公私困弊,不可言尽。发海西之日,已有自害逃走,非独海外始逃。又为征役,蒙授勋级,将为荣宠,频年征役,唯取勋官,牵挽辛苦,与白丁无别。百姓不愿征行,特由于此。”陛下再兴兵马,平定百济,留兵镇守,经略高丽。百姓有如此议论,若为成就功业?臣闻琴瑟不调,改而更张,布政施化,随时取适。自非重赏明罚,何以成功?臣又问:“见在兵募,旧留镇五年,尚得支济;尔等始经一年,何因如此单露?”并报臣道:“发家来日,唯遣作一年装束,自从离家,已经二年