瑀皆分给诸宗子弟，唯留庙堂一所，以奉烝尝。及平王世充，瑀以预军谋之功，加邑二千户，拜尚书右仆射。内外考绩皆委之司会，为群僚指南，庶务繁总。瑀见事有时偏驳，而持法稍深，颇为时议所少。瑀尝荐封伦于高祖，高祖以伦为中书令。太宗即位，迁尚书左仆射，封伦为右仆射。伦素怀险诐，与商量将为可奏者，至太宗前尽变易之。于时房玄龄、杜如晦既新用事，疏瑀亲伦，瑀心不能平，遂上封事论之，而辞旨寥落。太宗以玄龄等功高，由是忤旨，废于家。俄拜特进、太子少师。未几，复为尚书左仆射，赐实封六百户。太宗常谓瑀曰：“朕欲使子孙长久，社稷永安，其理如何？”瑀对曰：“臣观前代国祚所以长久者，莫若封诸侯以为盘石之固。秦并六国，罢侯置守，二代而亡；汉有天下，郡国参建，亦得年余四百。魏、晋废之，不能永久。封建之法，实可遵行。”太宗然之，始议封建。寻坐与侍中陈叔达于上前忿诤，声色甚厉，以不敬免。岁余，授晋州都督。明年，征授左光禄大夫，兼领御史大夫。与宰臣参议朝政，瑀多辞辩，每有评议，玄龄等不能抗。然心知其是，不用其言，瑀弥怏怏。玄龄、魏徵、温彦博尝有微过，瑀劾之，而罪竟不问，因此自失。由是罢御史大夫，以为太子少傅，不复预闻朝政。六年，授特进，行太常卿。八年，为河南道巡省大使，人有坐当推劾苦未得其情者，遂置格置绳，以至于死，太宗特免责之。九年，拜特进，复令参预政事。太宗尝从容谓房玄龄曰：“萧瑀大业之日，进谏隋主，出为河池郡守。应遭割心之祸，翻见太平之日，北叟失马，事亦难常。”瑀顿首拜谢。太宗又曰：“武德六年以后，太上皇有废立之心而不之定也，我当此日，不为兄弟所容，实有功高不赏之惧。此人不可以厚利诱之，不可以刑戮惧之，真社稷臣也。”因赐瑀诗曰：“疾风知劲草，版荡识诚臣。”又谓瑀曰：“卿之守道耿介，古人无以过也。然而善恶太明，亦有时而失。”瑀再拜谢曰：“臣特蒙诫训，又许臣以忠谅，虽死之日，犹生之年也。”魏徵进而言曰：“臣有逆众以执法，明主恕之以忠；臣有孤特以执节，明主恕之以劲。昔闻其言，今睹其实，萧瑀不遇明圣，必及于难！”太宗悦其言。
十七年，与长孙无忌等二十四人并图形于凌烟阁。是岁，立晋王为皇太子，拜瑀太子太保，仍知政事。太宗之伐辽东也，以洛邑冲要，襟带关、河，以瑀为洛阳宫守。车驾自辽还，请解太保，仍同中书门下。太宗以瑀好佛道，尝赉绣佛像一躯，并绣瑀形状于佛像侧，以为供养之容。又赐王褒所书《大品般若经》一部，并赐袈裟，以充讲诵之服焉。瑀尝称：“玄龄以下同中书门下内臣，悉皆朋党比周，无至心奉上。”累独奏云：“此等相与执权，有同胶漆，陛下不细谙知，但未反耳。”太宗谓瑀曰：“为人君者，驱驾英材，推心待士，公言不亦甚乎，何至如此！”太宗数日谓瑀曰：“知臣莫若君，夫人不可求备，自当舍其短而用其长。朕虽才谢聪明，不应顿迷臧否。”因数为瑀信誓。瑀既不自得，而太宗积久衔之，终以瑀忠贞居多而未废也。会瑀请出家，太宗谓曰：“甚知公素爱桑门，今者不能违意。”瑀旋踵奏曰：“臣顷思量，不能出家。”太宗以对群臣吐言，而取舍相违，心不能平。瑀寻称足疾，时诣朝堂，又不入见，太宗谓侍臣曰：“瑀岂不得其所乎，而自慊如此？”遂手诏曰：
朕闻物之顺也，虽异质而成功；事之违也，亦同形而罕用。是以舟浮楫举，可济千里之川；辕引轮停，不越一毫之地。故知动静相循易为务，曲直相反难为功，况乎上下之宜、君臣之际者矣。朕以无明于元首，期托德于股肱，思欲去伪归真，除浇反朴。至于佛教，非意所遵，虽有国之常经，固弊俗之虚术。何则？求其道者，未验福于将来；修其教者，翻受辜于既往。至若梁武穷心于释氏，简文锐意于法门，倾帑藏以给僧祗，殚人力以供塔庙。及乎三淮沸浪，五岭腾烟，假余息于熊蹯，引残魂于雀谷。子孙覆亡而不暇，社稷俄顷而为墟，报施之征，何其缪也！而太子太保、宋国公瑀践覆车之余轨，袭亡国之遗风。弃公就私，未明隐显之际；身俗口道，莫辩邪正之心。修累叶之殃源，祈一躬之福本，上以违忤君主，下则扇习浮华。往前朕谓张亮云：“卿既事佛，何不出家？”瑀乃端然自应，请先入道，朕即许之，寻复不用。一回一惑，在于瞬息之间；自可自否，变于帷扆之所。乖栋梁之大体，岂具瞻之量乎？朕犹隐忍至今，瑀尚全无悛改。宜即去兹朝阙，出牧小籓，可商州刺史，仍除其封。
二十一年，征授金紫光禄大夫，复封宋国公。从幸玉华宫，遘疾薨于宫所，年七十四。太宗闻而辍膳，高宗为之举哀，遣使吊祭。太常谥曰“肃”。太宗曰：“易名之典，必考其行。瑀性多猜贰，此谥失于不直，更宜摭实。”改谥曰贞褊公。册赠司空、荆州都督，赐东园秘器，陪葬昭陵。临终遗书曰：“生而必死，理之常分。气绝后可著单服一通，以充小敛。棺内施单席而已，冀其速朽，不得别加一物。无假卜日，惟在速办。自古贤哲，非无等例，尔宜勉之。”诸子遵其遗志，敛葬俭薄。
子锐嗣，尚太宗女襄城公主，历太