李太后、帝母宣德陈太后祔于宣郑太后之庙。
元兴三年三月，宗庙神主在寻阳，已立新主于太庙，权告义事。四月，辅国将军何无忌奉送神主还。丙子，百官拜迎于石头。戊寅，入庙。安帝崩，未及禘，而天禄终焉。
宋武帝初受晋命为宋王，建宗庙于彭城，依魏、晋故事，立一庙。初祠高祖开封府君、曾祖武原府君、皇祖东安府君、皇考处士府君、武敬臧后，从诸侯五庙之礼也。既即尊位，及增祠七世右北平府君、六世相国掾府君为七庙。永初初，追尊皇考处士为孝穆皇帝，皇妣赵氏为穆皇后。三年，孝懿萧皇后崩，又祔庙。高祖崩，神主升庙，犹从昭穆之序，如魏、晋之制，虚太祖之位也。庙殿亦不改构，又如晋初之因魏也。文帝元嘉初，追尊所生胡婕妤为章皇太后，立庙西晋宣太后地。孝武昭太后、明帝宣太后并祔章太后庙。
晋元帝太兴三年正月乙卯，诏曰：“吾虽上继世祖，然于怀、愍皇帝，皆北面称臣。今祠太庙，不亲执觞酌，而令有司行事，于情礼不安。可依礼更处。”太常华恆议：“今圣上继武皇帝，宜准汉世祖故事，不亲执觞爵。”又曰：“今上承继武帝，而庙之昭穆，四世而已。前太常贺循、博士傅纯以为惠、怀及愍宜别立庙。然臣愚谓庙室当以客主为限，无拘常数。殷世有二祖三宗，若拘七室，则当祭祢而已。推此论之，宜还复豫章、颍川，全祠七庙之礼。”骠骑长史温峤议：“凡言兄弟不相入庙，既非礼文。且光武奋剑振起，不策名于孝平，豫神其事，以应九世之谶；又古不共庙，故别立焉。今上以策名而言，殊于光武之事，躬奉烝尝，于经既正，于情又安矣。太堂恆欲还二府君以全七世，峤谓是宜。”骠骑将军王导从峤议。峤又曰：“其非子者，可直言皇帝敢告某皇帝。又若以一帝为一世，则不祭祢，反不及庶人。”于是帝从峤议，悉施用之。孙盛《晋春秋》曰：“《阳秋传》云，‘臣子一例也’。虽继君位，不以后尊，降废前敬。昔鲁僖上嗣庄公，以友于长幼而升之，为逆。准之古义，明诏是也。”
穆帝永和二年七月，有司奏：“十月殷祭，京兆府君当迁祧室。昔征西、豫章、颍川三府君毁主，中兴之初，权居天府，在庙门之西。咸康中，太常冯怀表续奉还于西储夹室，谓之为祧，疑亦非礼。今京兆迁入，是为四世远祖，长在太祖之上。昔周室太祖世远，故迁有所归。今晋庙宣皇为主，而四祖居之，是屈祖就孙也。殷袷在上，是代太祖也。”领司徒蔡谟议：“四府君宜改筑别室，若未展者，当入就太庙之室。人莫敢卑其祖，文、武不先不窋。殷祭之日，征西东面，处宣皇之上。其后迁庙之主，藏于征西之祧，祭荐不绝。”护军将军冯怀表议：“《礼》，‘无庙者，为坛以祭’。可别立室藏之，至殷禘，则祭于坛也。”辅国将军谯王司马无忌等议：“诸儒谓太王王季迁主藏于文、武之祧，如此，府君迁主，宜在宣皇帝庙中。然今无寝室，宜变通而改筑。又殷袷太庙，征西东面。”尚书郎孙绰与无忌议同，曰：“太祖虽位始九五，而道以从暢，赞人爵之尊，笃天伦之道，所以成教本而光百代也。”尚书郎徐禅议：“《礼》，‘去祧为坛，去坛为鸑，岁袷则祭之’。今四祖迁主，可藏之石室。有祷则祭于坛鸑。”又遣禅至会稽访处士虞喜。喜答曰：“汉世韦玄成等以毁主瘗于园。魏朝议者云应埋两阶之间。且神主本在太庙，若今别室而祭，则不如永藏。又四君无追号之礼，益明应毁而无祭。”于是抚军将军会稽王司马昱、尚书刘劭等奏：“四祖同居西祧，藏主石室，禘袷乃祭，如先朝旧仪。”时陈留范宣兄子问此礼。宣答曰；“舜庙所祭，皆是庶人。其后世远而毁，不居舜上，不序昭穆。今四君号犹依本，非以功德致礼也。若依虞主之瘗，则犹藏子孙之所；若依夏主之埋，则又非本庙之阶。宜思其变，别筑一室，亲未尽则禘袷，处宣帝之上；亲尽则无缘下就子孙之列。”其后太常刘遐等同蔡谟议。博士张凭议：“或疑陈于太祖者，皆其后毁之主。凭案古义，无别前后之文也。禹不先鲧，则迁主居太祖之上，亦可无疑矣。”
安帝义熙九年四月，将殷祭，诏博议迁毁之礼。大司马琅邪王司马德文议：“泰始之初，虚太祖之位，而缘情流远，上及征西，故世尽则宜毁，而宣皇帝正太祖之位。又汉光武帝移十一帝主于洛邑，则毁主不没，理可推矣。宜从范宣之言，筑别室以居四府君之主，永藏而不祀也。”大司农徐广议：“四府君尝处庙室之首，歆率土之祭。若埋之幽壤，于情理未必咸尽。谓可迁藏西储，以为远祧，而禘飨永绝也。”太尉谘议参军袁豹议：“仍旧无革。殷祠犹及四府君，情理为允。”祠部郎臧焘议：“四府君之主，享祀礼废，则亦神所不依。宜同虞主之瘗埋矣。”时高祖辅晋，与大司马议同。须后殷祀行事改制。
晋孝武帝太元十二年五月壬戌，诏曰：“昔建太庙，每事从俭约，思与率土，致力备礼。又太祖虚位，明堂未建。郊祀，国之大事，而稽古之制阙然。便可详议。”祠部郎徐邈议：“圆丘郊祀，经典无二，宣皇帝尝辨斯义。而检以圣典，爰及中兴，备加研极，以定南北二郊，诚非异学所可轻改也。谓仍旧为安