府转车骑参军，仍转府主簿，江州治中从事史。世祖起义，版琬为辅国将军、南海太守，率军伐萧简于广州，攻围逾年，乃克。以臧质反，为江州刺史宗悫所执，值赦原。琬弟璩，与臧质同逆，质败从诛；琬弟环亦坐诛。琬在远，又有功，免死远徙，仍停广州。久之，得还，除给事中，尚书库部郎，都水使者，丹阳丞，本州大中正。大明七年，车驾幸历阳，追思在籓之旧，下诏曰：“故光禄勋、前征虏长史邓胤之体局沈隐，累任著绩。朕昔当籓重，首先佐务，心力款尽，弗忘于怀。往岁息璩凶悖，自取诛翦，沿恩及琬，特免衅戮。今可擢为给事黄门侍郎，以旌胤之宿诚。”
明年，出为晋安王子勋镇军长史、寻阳内史，行江州事。前废帝狂悖无道，以太祖、世祖并第数居三以登极位，子勋次第既同，深构嫌隙，因何迈之谋，乃遣使赍药赐子勋死。使至，子勋典签谢道遇、斋帅潘欣之、侍书褚灵嗣等驰以告琬，泣涕请计。琬曰：“身南土寒士，蒙先殊恩，以爱子见托，岂得惜门户百口，其当以死报效。幼主昏暴，社稷危殆，虽曰天子，事犹独夫。今便指率文武，直造京邑，与群公卿士，废昏立明。”景和元年十一月十九日，称子勋教，即日戒严。子勋戎服出听事，集僚佐，使潘欣之口宣旨曰：“少主昏狂悖戾，并是诸君所见闻。顾命重臣，悉皆诛戮。驱逼王公，幽辱太后。不逞之徒，共成其衅。京师诸王，并见囚逼，委厄虎口，思奋莫因。身义兼家国，岂可坐视横流！今便欲举九江之众，驰檄近远，以谋王室。于诸君何如？”四座未答，录事参军陶亮曰：“少主昏狂，丑毒已积。伊、霍行之于古，殿下当之于今。鄙州士子，世习忠节，况属千载之会，请效死前驱。”众并奉旨。文武普进位一阶。转亮为谘议参军事，领中兵，加宁朔将军，总统军事。功曹张沈为谘议参军，统作舟舰。参军事顾昭之、沈伯玉、荀道林等参管书记。南阳太守沈怀宝、岷山太守薛常宝之郡，始至寻阳，与新蔡太守韦希直并为谘议参军，领中兵，及彭泽令陈绍宗并为将帅。
初，废帝使荆州录送前军长史、荆州行事张悦下至盆口，琬称子勋命，释其桎梏，迎以所乘之车，以为司马，加征虏将军。加琬冠军将军，二人共掌内外众事。遣将军俞伯奇率五百人出断大雷，禁绝商旅，及公私使命。遣使上诸郡民丁，收敛器械。十日之内，得甲士五千人，出顿大雷，于两岸筑垒。巴东、建平二郡太守孙冲之之郡，始至孤石，琬以冲之为子勋谘议参军，领中兵，加辅国将军，与陶亮并统前军。使记室参军荀道林造檄文，驰告远近。
会太宗定乱，进子勋号车骑将军、开府仪同三司。令书至，诸佐吏并喜，造琬曰：“暴乱既除，殿下又开黄阁，实为公私大庆。”琬以子勋次第居三，又以寻阳起事，有符世祖，理必万克。乃取令书投地曰：“殿下当开端门，黄阁是吾徒事耳！”众并骇愕。琬与陶亮等缮治器甲，征兵四方。郢州刺史安陆王子绥、荆州刺史临海王子顼、会稽太守寻阳王子房、雍州刺史袁顗、梁州刺史柳元怙、益州刺史萧惠开、广州刺史袁昙远、徐州刺史薛安都、青州刺史沈文秀、冀州刺史崔道固、湘州行事何慧文、吴郡太守顾琛、吴兴太守王昙生、晋陵太守袁标、义兴太守刘延熙并同叛逆。
先是，废帝以邵陵王子元为冠军将军、湘州刺史，中兵参军沈仲玉为道路行事。至鹊头，闻寻阳兵起，停住，白太宗进止之宜。太宗以子勋起兵，本在幼主，虽疑其不即解甲，不欲先彰同异，敕令进道。信未报，琬闻子元停鹊头不进，遣数百人劫迎之。乃建牙于桑尾，传檄京师曰：
阳六数艰，云雷相袭。高皇受历，时乘云辔，顿于促路。文祖定祥，系昭睿化，翦于中年。二凶纵祸，三纲理灭，宗王俯首，姑息逆朝，枕戈无闻，偷荣有秩。孝武皇帝释位泣血，纠义入讨，投袂戎首，亲戮鲸鲵，九服还辉，两仪更造。而穹旻不惠，弃离万国，皇运重替，嗣王荒淫。孤以不才，任居籓长，大惧宗稷，歼覆待日。故招徒楚郢，飞檄京甸，志遵前典，黜幽陟明，庶七庙复安，海昏有绍。岂图宋未悔祸，弑乱奄臻，遂矫害明茂，篡窃天宝，反道效尤，蔑我皇德，干我昭穆，寡我兄弟，恣鸱鸮之心，蹈伦、颖之志，覆移鼎祚，诬罔天人。藐孤同气，犹有十三，圣灵何辜，而当乏飨。
昔隆周弛御，晋、郑是依；盛汉中陵，居、章抗节。支苗轻属，犹或忘驱，况孤忝惟臣子，情地兼切，号感一隅，心与事痛。是用饮血衽金，誓复宗祀。今遣辅国将军谘议领中直兵孙冲之、龙骧将军陈绍宗，率螭虎之士，组甲二万，沿流电发，径取白下。龙骧将军领中直兵薛常宝、建威将军领中直兵沈怀宝，长戟万刃，羽骑千群，径出南州，直造硃雀。宁朔将军谘议领中直兵陶亮、龙骧将军焦度，总中黄之旅，枭雄三万，风掩江介，云临石头。建威将军张冽，龙骧将军何休明，提育、获之徒，劲悍之卒，邪趋金陵，北指阊阖。龙骧将军张系伯、龙骧将军陈庆，勒轻锐五千，强弩一万，飞锋班渎，齐会西明。冠军将军、寻阳内史邓琬，撮湘、雍之兵，勇敢四万，授律总威，飙集京邑。征虏将军领府司马张悦，苍兕千艘，水军五万，大董群校，