得城池，发各万户部曲士卒以戍之，久而亡命死伤者众，续至者多不着行伍，至是纵还各营，以备屯戍。安西王相府言：“川蜀既平，城邑山寨洞穴凡八十三所，其渠州礼义城等处凡三十三所，宜以兵镇守，余悉撤去。”从之。九月，诏发东京、北京军四百人，往戍应昌府，其应昌旧戍士卒，悉令散归。十一月，定军民异属之制，及蒙古军屯戍之地。先是，以李鋋叛，分军民为二，而异其属，后因平江南，军官始兼民职，遂因之。凡以千户守一郡，则率其麾下从之，百户亦然，不便。至是，令军民各异属，如初制。士卒以万户为率，择可屯之地屯之，诸蒙古军士，散处南北及还各奥鲁者，亦皆收聚。令四万户所领之众屯河北，阿术二万户屯河南，以备调遣，余丁定其版籍，编入行伍，俾各有所属，遇征伐则遣之。
十六年二月，命万户孛术鲁敬，领其麾下旧有士卒守湖州。先是，以唐、邓、均三州士卒二百八十八人属敬麾下，后迁戍江陵府，至是还之。四月，定上都戍卒用本路元籍军士。国制，郡邑镇戍士卒，皆更相易置，故每岁以他郡兵戍上都，军士罢于转输。至是，以上都民充军者四千人，每岁令备镇戍，罢他郡戍兵。六月，碉门、鱼通及黎、雅诸处民户，不奉国法，议以兵戍其地。发新附军五百人、蒙古军一百人、汉军四百人，往镇戍之。七月，以西川蒙古军七千人、新附军三千人，付皇子安西王。命阇里铁木兒以戍杭州军六百九十人赴京师，调两淮招讨小厮蒙古军，及自北方回探马赤军代之。八月，调江南新附军五千驻太原，五千驻大名，五千驻卫州。又发探马赤军一万人，及夔府招讨张万之新附军，俾四川西道宣慰使也罕的斤将之，戍斡端。
十七年正月，诏以他令不罕守建都，布吉守长河西之地，无令迁易。三月，同知浙东道宣慰司事张铎言：“江南镇戍军官不便，请以时更易置之。”国制，既平江南，以兵戍列城，其长军之官，皆世守不易，故多与富民树党，因夺民田宅居室，蠹有司政事，为害滋甚。铎上言，以为皆不迁易之弊，请更其制，限以岁月迁调之。庶使初附之民，得以安业也。五月，命枢密院调兵六百人，守居庸关南、北口。七月，敕更代广州镇戍士卒。初以丞相伯颜等麾下合必赤军二千五百人，从元帅张弘范征广王，因留戍焉。岁久皆贫困，多死亡者。至是，命更代之。复以扬州行省四万户蒙古军，更戍潭州。十月，发砲卒千人入甘州，备战守。十二月，八番罗甸宣慰司请增戍卒。先是，以三千人戍八番，后征亦奚不薛，分摘其半。至是师还，宣慰司复请益兵，以备战守，从之。
十八年正月，命万户张珪率麾下往就潭州，还其祖父所领亳州士卒，并统之。二月，以合必赤军三千戍扬州。十月，高丽王并行省皆言，金州、合浦、固城、全罗州等处，沿海上下，与日本正当冲要，宜设立镇边万户府屯镇，从之。十一月，诏以征东留后军，分镇庆元、上海、澉浦三处上船海口。
十九年二月，命唐兀于沿江州郡，视便宜置军镇戍，及谕鄂州、扬州、隆兴、泉州等四省，议用兵戍列城。徙浙东宣慰司于温州，分军戍守江南，自归州以及江阴至三海口，凡二十八所。四月，调扬州合必赤军三千人镇泉州。又潭州行省以临川镇地接占城及未附黎洞，请立总管府，一同镇戍，从之。七月，以隆兴、西京军士代上都戍卒，还西川。先是，上都屯戍士卒，其奥鲁皆在西川，而戍西川者，多隆兴、西京军士，每岁转饷，不胜劳费，至是更之。
二十年八月，留蒙古军千人戍扬州，余悉纵还。扬州所有蒙古士卒九千人，行省请以三分为率，留一分镇戍。史塔剌浑曰：“蒙古士卒悍勇，孰敢当，留一千人足矣。”从之。十月，发乾讨虏军千人，增戍福建行省。先是，福建行省以其地险，常有盗负固为乱，兵少不足战守，请增蒙古、汉军千人。枢密院议以刘万奴所领乾讨虏军益之。
二十一年四月，诏潭州蒙古军依扬州例，留一千人，余悉放还诸奥鲁。十月，增兵镇守金齿国，以其地民户刚狠，旧尝以汉军、新附军三千人戍守，今再调探马赤、蒙古军二千人，令药剌海率赴之。
二十二年二月，诏改江淮、江西元帅招讨司为上、中、下三万户府，蒙古、汉人、新附诸军，相参作三十七翼。上万户：宿州、蕲县、真定、沂郯、益都、高邮、沿海，七翼。中万户：枣阳、十字路、邳州、邓州、杭州、怀州、孟州、真州，八翼。下万户，常州、镇江、颍州、庐州、亳州、安庆、江阴水军、益都新军、湖州、淮安、寿春、扬州、泰州、弩手、保甲、处州、上都新军、黄州、安丰、松江、镇江水军、建康，二十二翼。每翼设达鲁花赤、万户、副万户各一人，以隶所在行院。
二十四年五月，调各卫诸色军士五百人于平滦，以备镇戍。十月，诏以广东系边徼之地，山险人稀，兼江西、福建贼徒聚集，不时越境作乱，发江西行省忽都铁木兒麾下军五千人，往镇守之。
二十五年二月，调扬州省军赴鄂州，代镇戍士卒。三月，诏黄州、蕲州、寿昌诸军还隶江淮省。始三处旧置镇守军，以近鄂州省，尝分隶领之，至是军官以为言，遂仍其旧。辽阳行省言，懿州地接