陛下以为务，愚臣所不愿也。”因奏：“刘晔佞谀不忠，阿顺陛下过戏之言。昔梁丘据取媚於遄台，晔之谓也。请有司议罪以清皇庙。”帝怒作色，罢还，即出勋为右中郎将。
黄初四年，尚书令陈群、仆射司马宣王并举勋为宫正，宫正即御史中丞也。
帝不得已而用之，百寮严惮，罔不肃然。六年秋，帝欲征吴，群臣大议，勋面谏曰：“王师屡征而未有所克者，盖以吴、蜀唇齿相依，凭阻山水，有难拔之势故也。往年龙舟飘荡，隔在南岸，圣躬蹈危，臣下破胆。此时宗庙几至倾覆，为百世之戒。今又劳兵袭远，日费千金，中国虚耗，令黠虏玩威，臣窃以为不可。”
帝益忿之，左迁勋为治书执法。
帝从寿春还，屯陈留郡界。太守孙邕见，出过勋。时营垒未成，但立标埒，邕邪行不从正道，军营令史刘曜欲推之，勋以堑垒未成，解止不举。大军还洛阳，曜有罪，勋奏绌遣，而曜密表勋私解邕事。诏曰：“勋指鹿作马，收付廷尉。”
廷尉法议：“正刑五岁。”三官駮：“依律罚金二斤。”帝大怒曰：“勋无活分，而汝等敢纵之！收三官已下付刺奸，当令十鼠同穴。”太尉锺繇、司徒华歆、镇军大将军陈群、侍中辛毗、尚书卫臻、守廷尉高柔等并表“勋父信有功於太祖”，求请勋罪。帝不许，遂诛勋。勋内行既脩，廉而能施，死之日，家无馀财。后二旬，文帝亦崩，莫不为勋叹恨。
司马芝字子华，河内温人也。少为书生，避乱荆州，於鲁阳山遇贼，同行者皆弃老弱走，芝独坐守老母。贼至，以刃临芝，芝叩头曰：“母老，唯在诸君！”
贼曰：“此孝子也，杀之不义。”遂得免害，以鹿车推载母。居南方十馀年，躬耕守节。
太祖平荆州，以芝为菅长。时天下草创，多不奉法。郡主簿刘节，旧族豪侠，宾客千馀家，出为盗贼，入乱吏治。顷之，芝差节客王同等为兵，掾史据白：“节家前后未尝给繇，若至时藏匿，必为留负。”芝不听，与节书曰：“君为大宗，加股肱郡，而宾客每不与役，既众庶怨望，或流声上闻。今调同等为兵，幸时发遣。”兵已集郡，而节藏同等，因令督邮以军兴诡责县，县掾史穷困，乞代同行。芝乃驰檄济南，具陈节罪。太守郝光素敬信芝，即以节代同行，青州号芝“以郡主簿为兵”。迁广平令。征虏将军刘勋，贵宠骄豪，又芝故郡将，宾客子弟在界数犯法。勋与芝书，不著姓名，而多所属讬，芝不报其书，一皆如法。
后勋以不轨诛，交关者皆获罪，而芝以见称。
迁大理正。有盗官练置都厕上者，吏疑女工，收以付狱。芝曰：“夫刑罪之失，失在苛暴。今赃物先得而后讯其辞，若不胜掠，或至诬服。诬服之情，不可以折狱。且简而易从，大人之化也。不失有罪，庸世之治耳。今宥所疑，以隆易从之义，不亦可乎！”太祖从其议。历甘陵、沛、阳平太守，所在有绩。黄初中，入为河南尹，抑强扶弱，私请不行。会内官欲以事讬芝，不敢发言，因芝妻伯父董昭。昭犹惮芝，不为通。芝为教与群下曰：“盖君能设教，不能使吏必不犯也。
吏能犯教，而不能使君必不闻也。夫设教而犯，君之劣也；犯教而闻，吏之祸也。
君劣於上，吏祸於下，此政事所以不理也。可不各勉之哉！”於是下吏莫不自励。
门下循行尝疑门幹盗簪，幹辞不符，曹执为狱。芝教曰：“凡物有相似而难分者，自非离娄，鲜能不惑。就其实然，循行何忍重惜一簪，轻伤同类乎！其寝勿问。”
明帝即位，赐爵关内侯。顷之，特进曹洪乳母当，与临汾公主侍者共事无涧神系狱。卞太后遣黄门诣府传令，芝不通，辄敕洛阳狱考竟，而上疏曰：“诸应死罪者，皆当先表须报。前制书禁绝淫祀以正风俗，今当等所犯妖刑，辞语始定，黄门吴达诣臣，传太皇太后令。臣不敢通，惧有救护，速闻圣听，若不得已，以垂宿留。由事不早竟，是臣之罪，是以冒犯常科，辄敕县考竟，擅行刑戮，伏须诛罚。”帝手报曰：“省表，明卿至心，欲奉诏书，以权行事，是也。此乃卿奉诏之意，何谢之有？后黄门复往，慎勿通也。”芝居官十一年，数议科条所不便者。其在公卿间，直道而行。会诸王来朝，与京都人交通，坐免。
后为大司农。先是诸典农各部吏民，末作治生，以要利入。芝奏曰：“王者之治，崇本抑末，务农重谷。王制：‘无三年之储，国非其国也。’管子区言以积谷为急。方今二虏未灭，师旅不息，国家之要，惟在谷帛。武皇帝特开屯田之官，专以农桑为业。建安中，天下仓廪充实，百姓殷足。自黄初以来，听诸典农治生，各为部下之计，诚非国家大体所宜也。夫王者以海内为家，故传曰：‘百姓不足，君谁与足！’富足之田，在於不失天时而尽地力。今商旅所求，虽有加倍之显利，然於一统之计，已有不赀之损，不如垦田益一亩之收也。夫农民之事田，自正月耕种，耘锄条桑，耕种麦，获刈筑场，十月乃毕。治廪系桥，运输租赋，除道理梁，墐涂室屋，以是终岁，无日不为农事也。今诸典农，各言‘留者为行者宗田计，课其力，势不得不尔。不有所废，则当素有馀力。’臣愚以为不宜复以商事杂乱，专以农桑为务，於国计为便。”明帝从之。
每上官有