本书小引言：“东海，西海之人，异地同天，异文同理，莫能脱于公师之教焉，”即以普遍性的理（“人类之公师”）作为诀择是非的依据，来解决天地万物真本原的问题。书可以分为以下四大部分：第一部分说明 “物皆有始” ，“物不能自生”，不能由天地所生，不能由元气或理所生，论述唯有天主自有自然，无始无终；唯有天主能生万物，赋给万物以性理（第一、二、三、四、五节）。第二部分是在“论凡事宜据理而不可据目”（第六节）的论证基础上讨论天地万物必有主宰者（第七、八节）。第三部分描述的是天主“无始无终”、“绝无声息”、“无所不在”、“元无名象、不涉思议”的特性（第九节）。第四部分说明天主造成天地的过程、目的及天主自身的性质，综述天主是“万有无原之原”（第十、十一节）。本书，即在从一般理性出发，推证天地万物必有主宰创造之本原，而此主宰创造之本原必非同万物一样有所从生。故而天地万物的真本原乃是万物的无原之原（“无所从生者”）。
万物真原编目录
万物真原题解
万物真原编目录
万物真原小引
一、据理以求归一
二、著述以求归一
第一节 论物皆有始
一、天地有始
二、有始者必出于无始者
第二节 论物不能自生
一、物不能自生
二、物非自有
三、唯天主自然自有
第三节 论天地不能自生人物
一、天地不能自生人物
二、地不能生禀性完全之物
三、生长万物非尽犬地之功
四、当感谢生万物之主
第四节 论元气不能自分天地
一、元气不能自己造物
二、元气不能自然生物
第五节 论理不能造物
一、理无知觉以造物
二、理依于物而非能生物
三、造物乃造物主明理之功
四、造物者赋理于物
五、当以理推其所以然
第六节 论凡事宜据理而不可据目
一、目不得见不可谓无
二、据义理之目能见天主
三、以目所不睹为无是心瞽
第七节 论天地万物有大主宰造之
一、造化之妙使人知天地主宰
二、从被造之物类推天地被造
第八节 论天地万物主宰摄治之
一、天地万物运行不爽证天主立法
二、天地万物运行不爽证天主运旋
三、万物各有本性证天主定其性
四、人有形有神证天地有天主
五、万国人心皆知有天主
第九节 论造物主非拟议所尽
一、天主之理不可名言
二、天主可解以非而不可解以是
三、天主性体不可穷尽
四、姑称造物主为天主
第十节 论天主造成天地
一、天主造物与人不同
二、天主造天地万物之序
三、天主造天地之大要领
第十一节 论天主为万有无原之原
一、天主为万有之元有
二、天主为无始无终者
三、当感谢天主恩泽
万物真原小引
一、据理以求归一
凡论一事而有相反之说，既不能俱真，必有一确法以定之。如论物之轻重，必须定以权衡；如辨金之真伪，必须定以B石。论道亦然，每遇相反之论，惟藉一理为衡石。人能不是己是，而独是理之是，则决万疑亦易易耳。盖未有理之所是者而非、理之所非者而是、理之所既非既是者而可疑是可疑非。但彼一种似是实非之论，于理远又复弥近，故令人难辨。以此愈当寻认真理，击排到底以求归一。
以理释日远近之疑
譬如，童子辨日。其一以大小验之，谓早近午远矣；其一以寒暖验之，谓晨远而午近。二说相反，又俱似是，而实俱非也。以理究之，天包大地在中，如圈中之有一点。日月星辰丽天周绕，大地如一轮旋转于中枢。其上下四傍（石版）相距俱等，更无晨午、远近、彼此之分。所以早似大、午似小者，由早间湿气弥漫，地面重重辉映开日之光。午间则日在天中，无湿气遮映以开散日之光者，故早大而午则小也。所以早寒午暖者，因早间阴气甚盛，又日斜照无力，不能一时顿消。到午日力正旺，消化阴气，又能直照。所以早则寒、午则暖也。亦由于此。
以理证万物之原
今人论天地万物之原，其说不同。或云天地无始无终，或云天地有始而能自生，或云天地有始而有所以生。所谓天地有所以生者，又或曰理，或曰气，或曰主宰。穷究主宰之说，又各议论不一，以致人心茫然，莫知所向。而人伦之至业，亦不得不大废矣。此天地间一大事。众务之先，正学之宗，岂容置而不明论哉？必须逐端以理论之。理者，人类之公师。东海、西海之人，异地同天，异文同理，莫能脱于公师之教焉。故君子当姑置旧闻，虚其心，而独以理为主。理在，则顺而心服；理所不在，则逆而非焉可也。
二、著述以求归一
余述此编非敢好辨，聊就敝土所传公论与夫穷理所得之学，请证